在1998年4月27日到29日召開的全國糧食流通體制改革工作會議上，朱鎔基總理向與會代表提出了一個令人不敢相信但又不得不信的數據：自1992年4月1日以來，我國糧食系統平均每個月產生29.7億元的窟窿，平均每天接近1個億！
對此，《財經》雜誌有一個詳細的披露：到1998年3月底，全國各地的糧食貸款餘額——也就是尚未收回的貸款高達5431億元；而查一查國家糧庫的家底，糧食庫存值加起來只有3291億元——兩者之間，整整虧空2140億元！這意味著2140億元之巨的資金或者被虧掉了，或者因擠占挪用甚至貪污腐敗而去向不明！
「要是不虧掉和不擠占這2000多億元，該能辦多少事！」朱鎔基向參加全國糧食流通體制改革工作會議的代表，發出深深的遺憾與痛心的感慨。
2140億元，佔全國糧食收購貸款總額的39.4%，是我國一年財政收入的一半，相當於改革開放以來投入中西部地區的外資總量，為1998年長江流域的特大洪澇災害損失的兩倍；用這筆錢，可以蓋100萬個希望小學，可以建上萬個工廠，甚至可以再修一個三峽工程；而如果將這筆錢分給全國糧食系統的職工，連續6年每人每月可分到近1000元……誰敢相信，日升日落就一天的時間，便有1個億的資金化為烏有，糧食系統400多萬職工6年的辛勞，換來的卻是2000多個億的虧損窟窿，人們不禁要問，這2000多億元錢哪裡去了？
為了查清這2140億的準確下落，國務院決定動用審計之劍。在全國糧食流通體制改革工作會議和總理辦公會上，朱鎔基三次點將國家審計署審計長李金華，要審計牽頭，財政等7個部門配合，清查審計1992年4月1日到1998年5月31日的糧食財務掛賬和其他不合理佔用糧油收購貸款情況，為下一步的糧改摸清家底。
5月份開始，全國5萬名審計人員厲兵秣馬迅速上陣，審計署、財政部、監察部、中國人民銀行、國家發展計畫委員會、國家糧食儲備局、中國農業發展銀行、中國農業銀行等八部委組成的16個國務院檢查組，分赴各地對糧食清查審計進行督察。「不斬樓蘭終不還」，建國以來參與人數最多、審計規模最大、歷時時間最長的一次特大審計行動開始了！
如此巨大的窟窿是怎樣產生的呢？說起這龐大的財務掛賬，財政部門有財政部門的說法，糧食系統有糧食系統的苦衷，以至現在到底是誰虧誰損，也成了一筆算不清的糊塗賬。
實際上，糧食系統不是一誕生就虧損的。從我們查閱的資料可以發現，在很長一段時間裡，糧食系統不僅沒有虧損的，而且還略有盈利。是什麼原因導致今天這一尷尬局面的呢？這裡有一個演變過程。
從1953年到1960年的8年里，據會計資料統計，糧食商業平均每年實現利潤1.89億元，加上糧油工業利潤0.88億元，利潤總額2.77億元。
這8年，糧食企業能夠做到對國家上繳一定的利潤，從前面我們對糧食補貼的介紹中可以看出，這主要得益於當時的糧油銷售價格高於收購價格，有合理的購銷差價。
從1961年到1978年18里，由於多次調高糧油統購價格，而統銷價格沒有相應調整，糧食購銷價格逐漸拉平，個別品種倒掛；食用油購銷價格普遍倒掛，企業經營由盈利變為虧損。這期間，糧油商品雖然還保留有一定的地區差價、原糧和成品糧差價以及品質差價，但遠遠不能彌補企業開支的商品流通費用，需要由國家財政給予補貼。這18年里，糧食商業經營平價糧油國家平均每年補貼24.06億元，用糧油工業、運輸企業和議價經營實現的利潤2.55億元抵頂後，國家凈補貼21.51億元。
在此期間，國家財政預算和企業財務，都是把糧油超購加價款和提高糧油統購價格而增加的政策性支出作為企業虧損處理，沒有同企業正常經營與實現的盈利劃分開來分別報賬。這樣做的結果，一是助長了這些企業不講核算，開支大手大腳；二是有些企業即使主觀很努力，經營管理很好也是虧損，政策性支出掩蓋了企業改善經營管理所取得的經濟效益，以至出現「只抓購、銷、調，不管賠多少」的錯誤認識。這便是政企不分的弊端。事上，除了一部分政策性虧損是糧食系統無法解決的，還有相當一部分虧損屬於企業內部經營出現的虧損，只要加強管理，改善經營，就完全能減少相當一部分的虧損。1977年糧食系統開展強化管理、增收節支的活動，結果到1978年，年虧損額下降到32億元，1977年、1978年兩年共扭虧20億元，其中13億元就完全是改善經營管理和增收節支而減少的虧損。但後來我們沒有認真總結經驗，加上不敢觸及政企不分的管理模式，購銷價格倒掛現象不但沒有解決，反而倒掛比例越來越大，以至國有糧食系統虧損越來越多，包袱越來越重。
1979年至1984年的6年里，糧油購銷價格全面倒掛，加上購銷業務不斷擴大，超購比重相應增大，糧油價格倒掛補貼和經營費用以及超購加價等支出越來越多，糧食系統虧損日趨嚴重，糧油補貼居高不下。1992年全國國有糧食系統虧損230.17億元，1996年虧損380億元，1997年虧損480億元，而1998年僅第一季度就虧損了270億元。三年糧食豐收，三年糧食企業虧損，並且越是產糧區虧損問題越嚴重。1997年，湖北糧食系統貸款餘額為320億元，當年虧損37.23億元，成為國有糧食企業的沉重負擔，導致整個糧食系統的循環不暢。
如果把所有的虧損都記在糧食系統身上，顯然是有失公正的，而把所有的虧損都放在政策性虧損的籃子里，也是不符合事實的。那麼到底哪些是糧食系統的經營性虧損，哪些是國家的政策性虧損呢？到底誰虧得多誰虧得少呢？這在過去一直是一筆算不清的糊塗賬。這不怪財務人員做賬不清，也不能怪財政監督不嚴，糧食流通體制里的政企不分註定了這是一筆扯不清道不明的糊塗賬。
至今為止，我國的國有糧食系統仍然集三種行為於一身：一是宏觀調控功能，二是福利功能，三是經營功能。其中宏觀調控功能和福利功能屬於政府行為，而經營功能屬於企業行為。這也就是說，糧食系統既是政府管理部門也是企業經營單位。這種政企不分的狀況在過去的計畫經濟體制里是普遍存在的現象，但隨著社會主義市場經濟體制的實施，大部分國有企業都完成了政企分開的改革，但惟有國有糧食系統仍然保持著這種「官不官，商不商」的身份。因此有人把國有糧食系統稱為中國改革20年來計畫經濟碩果僅存的最後一個堡壘，它本身保留的計畫經濟特殊性和市場經濟的要求相互撞擊，從而暴露出許多弊端與缺陷。企業行為是以盈利為目的的，而政府行為又要求糧食部門以維持糧食的有效供給為目標，二者混在一起，從經營的角度上看，高政策性捆住了糧食系統的手腳，無法自主開展經營；而從管理的角度上看，盈利性又影響了政府行為的實施，兩方面都要兼顧，結果往往是兩方面都受到影響。
這種既要管理又要經營的體制，必然帶來職責不明、權益不清的情況，虧損掛賬便是其中最直接的後果。由於國有糧食系統擔負著為國家收、銷、存、調糧食的任務，其中因政策因素，必然出現一部分虧損，這就是所謂的「政策性虧損」；而糧食系統同時也是一個經營實體，在其經營中必然出現有盈有虧的現象，這便是所謂「經營性虧損」。雖然名字有兩個，財務制度也是要求政策性業務和經營性業務分開管理，獨立核算，但事實上是混在一起，你中有我，我中有你。經營上出現了虧損，往政策性虧損的籃子里一扔，讓國家財政和地方財政去背包袱，從而養成一些糧食企業吃大鍋飯的現象；而經營上出現了盈利，往往也會被政策性虧損沖抵，結果又嚴重影響了糧食企業的經營積極性，結果也走上了「不虧白不虧」的道路。這種體制不僅不利於國有糧食系統改善經營、增強活力，更加嚴重的是人為地造成許多漏洞，讓一些單位和個人利用政策性業務與政策性虧損大做文章。有的把以保護價收購來的糧食甚至國家糧食儲備庫的儲備糧，低價轉手賣給個體糧商，自己坐分紅利的同時，又把大量的虧損掛在國家的賬上；有的甚至挪用國家的糧油收購資金進行非糧油經營，盈了進自己的腰包，虧了由國家「買單」。由此看來，在這2000億元的財務窟窿里，既有屬於政策性因素導致的虧損，也有糧食系統自身商業性經營出現的虧損。二者有意無意地混在一起，便弄成了現在這本「外行看不懂，內行說不清」的糊塗賬。
但我們又不能不弄清楚。經過5萬審計幹部歷時6個多半月的專項審計，我們終於對這筆龐大的虧損窟窿有了一個比較明白的了解。12月3日，在國務院新聞辦舉行的新聞發布會上，國家審計署審計長李金華髮布了最後的審計結果：經過對全國30850萬個糧食企業和2499