同治六年（公元1867年）正月初一，左宗棠接到六百里快馬遞到的聖諭：「陝甘總督、一等恪靖伯左宗棠，著授為欽差大臣，督辦陝甘軍務。欽此。」
顯然，為事權歸一，朝廷經過反覆考慮之後，不得不把「欽差大臣」職銜授給左宗棠，以便左宗棠能在糧餉募勇之事料理完備後，儘早入陝，扭轉陝甘的被動局面。
接旨不久，左宗棠又收到楊岳斌及劉蓉快馬送到的信函各一件。
楊岳斌在函中向左宗棠通報，老湘軍統領劉松山所統帶部隊十七營，馬隊三起，已飛速抵陝並解除西安之圍，並通報鮑超各營，因糧餉尚未備齊加之鮑超本人舊病複發，全隊尚未開拔的實情。
劉蓉則向左宗棠講述了因喬松年掣肘，致使「月餉欠懸，饑寒交迫，死者無葬埋之費，傷者無醫藥之資，各軍將領日來弟寓泣訴」的窘境。讀過劉蓉的信，左宗棠氣得一夜未眠，他暗道：「陝省局面壞得如此之快，全系喬松年滯怠餉糈所至！」
所幸劉松山已抵西安，這總算能讓左宗棠松上一口氣。
左宗棠就陝甘目前的形勢以及如何辦理等事，給朝廷拜發了《敬陳籌辦情形》及《籌擬購練馬隊》，又附《懇恩敕下楊岳斌、劉蓉悉力支持》一片，懇請朝廷自己未到任前，仍由二人主持大局，自己可以從容展布；抵任後，與二人共同維持局面，把陝甘兩省的局勢穩定下來。
左宗棠以為，放劉蓉做陝西巡撫，一定比喬松年任巡撫更合適。劉蓉久經戰場，頗知兵事玄妙，而且籌餉有方。左宗棠擔心劉蓉革職回籍後，再難有出頭之日。於公於私，都該上摺奏留劉蓉、楊岳斌。
但朝廷並不這麼想，一個月後，聖旨下到大營，駁復了左宗棠奏留劉蓉的請求。聖旨以不容迴旋的口氣寫道：「楊岳斌迭經有旨，責成將甘肅軍務妥籌整理，准歸該督調遣。劉蓉於捻蹤入陝後，屢次催令出省，終以抗違，去冬灞橋之挫，已降旨將其革職，毋庸留陝，以為疲玩者戒。欽此。」左宗棠長嘆一口氣，只得作罷。
轉日，左宗棠著劉典統勇先期入陝，自己擬待馬匹、槍械以及糧餉辦理妥帖後，再拔營跟進。
劉典離開漢口第五天，左宗棠又收到朝廷十萬火急遞來的聖旨，告以據陝西巡撫喬松年奏報，陝西形勢危急，軍心、民心日漸渙散，著其迅速入陝，勿在鄂停留。
聖旨最後命令左宗棠：「該大臣務當先其所急，迅往鎮壓，並以屏蔽晉、豫，斷不令遽行入甘，致礙該大臣種種布置。」
左宗棠接旨色變，等傳旨差官離去，便大罵道：「這個喬鶴儕，他這是發得哪門子神經？陝甘糧餉無出，不把糧餉料理妥當，你讓幾萬大軍怎麼剿賊！陝省的事，是生生壞在他這個王八巡撫手裡！本部堂到陝後，看怎麼同他算賬！」
罵歸罵，氣歸氣，左宗棠又不敢不奉諭拔營。他只能一面西行，一面料理未盡事宜。途中，左宗棠陸續接到聖旨。
一旨曰：「楊岳斌奏八旬老母病重，自身病亦增劇，懇請開缺回籍。著寧夏將軍穆圖善暫署陝甘總督，准楊岳斌交篆回籍。」
左宗棠收到此旨苦笑不止，楊岳斌、劉蓉這兩位同鄉，他一位也沒有留住。
一旨曰：「裕瑞奉旨赴蒙古等地為入陝官軍採辦馬匹已成，現已分起解赴陝甘總督衙門，交穆圖善；富明阿奉旨已率麾下吉林馬隊五營，並新募年力精壯炮手千餘名，拔營向陝西進發。」
一旨曰：「兩江協餉已由曾國藩、李鴻章派人送抵西安，四川、福建浙協餉已啟運。」
同治六年（公元1867年）四月初八，左宗棠率軍抵達樊城。
在樊城，左宗棠收到穆圖善軍情快報，稱：「入侵新疆的中亞浩罕汗國帕夏阿古柏，已統率麾下安集延人，突然佔領庫爾勒以西地區，並趕走新疆偽回王布素魯克，公然建立『哲德沙爾』汗國，自封『畢條勒特汗』」。
左宗棠讀了穆圖善的茲文後，又是幾夜不得安枕。他私下對香姑娘說道：「這個阿古柏洋犢子，他是欺我大清無人嗎？待陝甘平靖，看本部堂怎麼收拾他！」
寧夏將軍穆圖善，字春岩，滿洲鑲黃旗人，那拉塔氏，是有名的攬權不干事的主兒，與軍機大臣寶鋆的關係最好。初以驍騎遷參領，同治二年（公元1863年），隨多隆阿阻擊太平軍陳得才部西進陝甘，戰敗之後，卻把責任推到多隆阿頭上。
多隆阿還沒來得及辯解，穆圖善已通過寶鋆的舉薦，升任西安左翼副都統，兩年後繼多隆阿署欽差大臣。同年夏，又是寶鋆說了話，賞一品頂戴補荊州將軍，與劉蓉會辦陝甘軍事。次年調任寧夏將軍，會同總督楊岳斌繼續辦理陝甘軍事。他自恃邊務老臣，聖恩又好，自然不肯屈尊於人下，劉蓉與楊岳斌竟全不放在他的眼裡。他要辦的事情，全陝甘沒有人敢道半個不字。按大清官制，總督與將軍雖是平行的，但地位，總督卻是高於將軍的。但在陝甘，無論總督楊岳斌辦理何事，若不徵得穆圖善同意，他就辦不成。明眼人一眼就能看出，陝甘的局面如此糟糕，全是總督、將軍、巡撫互相掣肘出現的結果。
六月十八日，左宗棠抵達陝西潼關。
在潼關，左宗棠接到穆圖善、喬松年十萬火急發來的咨文稱：「原定濟餉除兩江按額如期到陝，其他濟餉均未解到；如今糧餉不繼，入陝各路官軍人心浮動，均有嘩變之象。」
左宗棠接文大驚，不得不飛檄福州船政局胡雪岩，命其速赴上海向洋行借款二百萬兩以救急。左宗棠在信里交代胡雪岩，此次借款，長短局均可，仍用各省濟餉做抵押，拿陝甘的國課做擔保。給胡雪岩的信讓快馬送走後，左宗棠又飛檄喬松年，著喬松年加緊籌餉以穩軍心，並讓喬松年轉飭陝西藩台林壽圖，傾陝省現有銀額解營，不得有誤，如其不然，定當嚴參！
左宗棠當晚又緊急給朝廷拜發了《奏請商借洋款以急需》的摺子。在潼關耽擱了五日，左宗棠正要起程前行，不期賞二品頂戴候補巡守道劉錦棠，統率七營老湘軍人馬趕到這裡。
劉錦棠是奉劉松山與喬松年之命，特趕來潼關接應左宗棠的。一見劉錦棠，左宗棠分外高興，當即命令各營駐紮原地不動，決定和劉錦棠會商後再決定進止。