左宗棠被革職的第二十天，太平天國忠王李秀成，趁各路官軍休整的時候，派兵再次攻佔了富陽，使剛剛好轉的局面，明顯有些惡化。
左宗棠聞報，不得不帶兵趕到富陽大營，親自指揮劉松山、劉培元兩路人馬攻城。為防李秀成從杭州來援，攻城前，左宗棠將蔣益澧所部調至餘杭，監視杭州城動靜。
官軍激戰兩晝夜，終將富陽城拿下。富陽離杭州最近，左宗棠為就近指揮官軍攻取杭州，遂決定將巡撫衙門移富陽駐節。
不久，左宗棠調在浙各路官軍齊聚杭州，按遠近疏密，將杭州城團團圍住，志在必得。
這一天，左宗棠帶著一應文武官員，趕到餘杭一帶察看形勢，尋找李秀成的破綻，但衙門的報事快馬卻飛至餘杭大營，請左宗棠急速回衙，言稱有旨遞到。左宗棠不敢怠慢，稍事布置即返回富陽接旨。
旨曰：「內閣奉上諭：照耆齡所奏，浙江巡撫著曾國荃補授，左宗棠毋庸留任。欽此。」
左宗棠心頭一動，他萬沒想到，朝廷將他撤任的聖諭來得這般快，他未及多想，急忙接旨面北謝恩，正要起身，不期二旨又到。
旨曰：「內閣奉上諭：福州將軍著耆齡暫行署理。賞左宗棠頭品頂戴兵部尚書銜、都察院右都御史實授閩浙總督。前已有旨浙江巡撫著曾國荃補授，曾國荃著仍統前敵之軍駐紮雨花台，一意相機進取以圖江寧，毋庸以浙事為念，浙江巡撫著左宗棠兼署。左宗棠身任閩浙總督，浙省系總督轄地，既兼署巡撫，尤責無旁貸，閩事防剿亦須左宗棠從速布置，莫負聖恩也。欽此。」
左宗棠未及傳旨差官將聖旨讀完，已是淚流滿面，哽咽出聲，感恩之情無法控制。
他接旨在手，面北連連叩頭謝恩不止，口裡哽咽著說道：「臣有何德何能，受朝廷如此倚重！」
當晚，左宗棠浮想聯翩，夜不成寐，一個人坐在書房裡，一邊流淚，一邊草擬謝恩折，無非是向朝廷表示一下自己的忠心。
摺子拜發不多幾日，耆齡委派護送總督關防的官員便到了：計送到閩浙總督關防一顆，福建鹽政印綬一顆。左宗棠於是恭設香案，望闕叩頭，接收印綬。
消息很快傳開，各路將領由四面八方各防地騎馬趕回，為左宗棠賀升遷之喜。
左宗棠一時高興，便把剛到任的富陽知縣傳來，吩咐道：「連日攻城，各路將官都疲勞過甚。你帶人籌辦一下，擺幾桌酒席吧，大家都樂一樂。」
富陽知縣諾諾連聲，退出去後，就讓人分頭去張羅，卻哪裡張羅得來？當時富陽新克，十室九空，百姓十去七八，雞、鴨、豬等一應牲畜，都被太平軍宰殺果腹，不要說一下子要籌辦十幾桌酒席，就是一桌，也辦不來。
富陽知縣派人東尋西找，整整忙亂了半日，眼看天將過午，才好歹在一條水溝里尋到了一條死狗。
富陽縣忙命人將死狗打撈上來，幸未腐爛，馬上便傳仵作就地剝皮破肚，又忙著領人出城去尋找蔬菜，倒真真難為了他。
正在這時，軍兵簇擁著一頂花轎進得城來，卻是胡雪岩背著左宗棠，派人把香姑娘接來了。
胡雪岩預料到富陽新克，一應吃食必奇缺，所以又特從嚴州拉了一車蔬菜和十幾頭豬過來。
富陽知縣聞報，當時把他喜得涕淚橫流，拉著胡雪岩就喊菩薩，當即命人宰豬洗菜，忙將起來。巡撫衙門的這頓喜酒，從午後未時開始喝起，直鬧到夜半子時才休。左宗棠被人扶進上房，香姑娘慌忙把他安頓到床上躺下，又忙著為他更衣、擦臉、濯足。
香姑娘嗔怪道：「老爺，您讓賤妾怎麼說呢？您已年過半百，又補授了總督大員，不比從前，還由著性子做事。傳出去，讓人笑話呢！」
左宗棠噴著酒氣說道：「香兒啊，你們女兒家，哪裡懂得男人的心事啊！沒有破格的天恩，一榜出身的人，是很難被拔擢到總督高位的呀！想那張石卿張大人，在雲南立了多少功勞，才有幸署理了雲貴總督。他老調授湖南巡撫後，正逢長毛攻到湖廣，他老在長沙一年，何曾睡過一個囫圇覺啊，這才又升署了湖廣總督。他老到湖廣還沒把關防捂熱，就轉補山東巡撫了。張大人兩次署理總督都沒得實授，何也？還不就是緣於他老是一榜出身嗎！香兒你說，我左季高有何德何能，敢同張大人比呀！朝廷卻把我從浙江巡撫，直接拔擢成總督，連署理這個環節都省了。這是真正的皇恩高厚啊！我出山這麼多年來，從未這麼高興過，我能不高興嗎？」
香姑娘小聲說道：「老爺高興歸高興，可也不能喝這麼多酒啊。朝廷升授您老做總督，是讓您老去辦大事，可不是讓您老盡著性子喝酒啊！您老口裡常說曾滌生曾大人，他老不僅是兩江總督，還是協辦大學士呢。他就這樣拚命地喝酒嗎？」
左宗棠閉著兩眼，搖頭說道：「香兒此言差矣！左季高無論有多大的能耐，也比不過曾滌生啊！曾滌生是兩榜出身，又是天子門生，不僅可做我大清國的總督，還能入閣拜相。我左老三就不一樣了，我是一榜，按我大清體制，一榜是不準入閣拜相的，滿漢皆然。香兒，我這麼說你還不明白嗎？我率勇援浙不久即署理巡撫，旋又實授，這已是破格；在巡撫任上未及兩年，又升授總督，成了一品大員，這又是破格。要知道，一榜出身得授總督，便已是官至極致，我多喝幾杯不可以嗎？」
香兒無奈地嘆息道：「老爺說的是，老爺多喝幾杯是該的，是香兒多嘴多慮了！」左宗棠滿意地一笑，竟很快睡去。
香姑娘卻小聲嘟囔了一句：「將相本無種，還要看出身！想不到這一榜、兩榜，竟有這麼大的差別！」不久，左宗棠收到軍機處章京潘祖蔭的密函，這才得知他得授總督的實情。
左宗棠看罷潘祖蔭的信，忽然冷笑一聲道：「伯寅倒很會為滌生做人情，朝廷若聽他的話，也就不讓恭親王在軍機處領班了！滌生一心想讓老九補授浙撫才是真的！」
左宗棠馬上含毫命簡，給軍機大臣李棠階書函一封，探問實情。
李棠階很快復函。左宗棠看畢，這才知道潘祖蔭果然所言不虛，他能被朝廷破格拔擢至總督高位，的確是曾國藩上的一篇摺子起了作用；而將曾國荃實授浙江巡撫，卻恰恰與曾國藩無關，反倒是耆齡舉薦的結果。
左宗棠握信的手有些發抖，苦苦思索，卻無論如何都想不出其中的奧妙。
當晚，他給曾國荃寫信這樣說道：「麾下所承恩命，撫治是邦，諭旨仍以江寧大端見屬，暫可無須兼顧。具仰聖慮淵深，於緩急輕重之衡，曲盡其理。異時移平吳節，南渡錢江，或者此邦其終有望乎。弟則殫慮竭忠，亦終靡補。」左宗棠在信末接著寫道：「時局方艱，官職愈高，責任愈重。總制之命不敢辭，而亦未敢任，且盡吾心力所能到者赴之。」
左宗棠也想給曾國藩寫一函過去，但思慮許久，卻無從下筆，不知該怎樣寫才好。良久，左宗棠擲筆於案，只將給曾國荃的信封緘，傳人交快馬送走。
左宗棠已經切實感受到，曾國藩不僅是大清國的護身，還是他左宗棠的護身。
同治三年（公元1864年）二月十二日，左宗棠將中軍大帳移至餘杭橫溪頭駐紮，並下令圍城各軍，實施近距離攻城，同時著打援人馬綁紮雲梯，對杭州實行強攻。
左宗棠用兵，愛打巧仗，不喜硬拼，但杭州城守城太平軍防守嚴密，無論如何引誘，堅不開城，左宗棠無奈之下，只好行此下策。
其實，此時守杭州城的太平軍只有兩萬餘人，早在三個月前，李秀成便將在浙的大部太平軍調去解江寧之圍；李秀成、李世賢、汪海洋等首領，也已經離開浙江多時。
杭州城裡的兩萬餘太平軍，其實就是在浙太平軍的全部。
左宗棠一直以為守杭州城的太平軍不少於十萬眾，所以不敢強取，只能圍困，想通過消耗彼軍糧食的方法取勝。後來左宗棠駐節餘杭後，經反覆觀察，終於發現，守衛杭州城的太平軍，並不像傳聞的那樣多，這才下定決心硬取。
太平軍此時已糧草殆盡，目前正在城裡靠宰馬殺牛賴以生存。儘管這樣，當各路官軍強取城池時，太平軍仍拚死抵抗，城頭倒下一批，很快又補充一批，整整激戰了三天兩夜，不僅護城河裡落滿了屍體，連城牆都被染成了紅色，這才啟北門撤退，卻又遭到劉培元所部炮轟、截殺，幾乎無一存活。
劉松山統軍由正門進城，在城內搜剿太平軍余部；左宗棠則委員隨軍入城，張貼安民告示，穩定杭州局面。
杭州，原本是浙江省省城，住有人口八十餘萬，是閩浙乃至江西一帶最繁華的商埠。此役過後，居民僅存八萬，牛馬亦被宰殺殆盡，不抵湖南一縣城矣。
原浙江巡撫衙門已被太平軍改作侍王府，面積不僅比原來擴大了一倍，各屋的牆上還都被畫上了猴子，極其不倫不類。劉松山命兵勇先將各房屋牆上的猴子圖像全部剷除，又一一粉刷乾淨，重新掛上巡撫衙門的金匾，這才請左宗棠入城視事。