恭親王接到耆齡的第二篇摺子後，當即對著幾位大軍機說道：「耆九峰這件事做的卻是有些過了。左宗棠只是革職留任，以後怎麼樣還不知道，他怎麼就開始舉薦起浙撫的人選了呢？左宗棠到浙江後征剿還算得力，儘管他對援閩一事延誤不辦，也有他自家難處。他無非是想把浙省的事全部辦妥帖後，再全力去辦閩事。耆齡參他剿賊不能殲除也是有的，但把閩省的局面變壞全推在他一人的身上，也是錯的，他耆齡自己也有錯處。本王以為，耆齡舉薦曾國荃出任浙撫的這個摺子，還不能往上遞，先壓一壓，看看事情的進展再定。」
幾位大軍機互相看了看，誰也沒有言語，但每人心裡卻明鏡似的：耆齡的摺子，軍機處想壓，怕是壓不住的。
軍機大臣此時是文祥、寶鋆、李棠階、曹毓瑛，連同領班大臣恭親王，共是五位。在五位軍機大臣中，寶鋆、文祥是滿員，二人唯恭親王是聽；李棠階、曹毓瑛是漢員，這也沒的話說。但軍機章京就有十幾位，其中就有醇親王奕譞和慈禧太后安插的眼線，還有一些人和各地督撫走得較近。軍機大臣李棠階一直就和兩江總督曾國藩來往密切，軍機章京潘祖蔭不僅和曾國藩有來往，他與湘系的所有人都有來往。每逢有外地奏摺進京，到的第一站便是軍機處，而軍機處負責拆閱摺子的並非軍機大臣們，而是一些辦事的章京，最後才能到恭親王的手上。無關緊要的摺子，恭親王一般並不往宮裡遞，而是在早朝或者什麼時間，對著太后隨口說上一句也就是了，沒有人計較這些。但每逢有重大的摺子進京，恭親王想壓卻壓不住。慈禧太后不是在早朝，就是別的什麼空閑時間裡，向恭親王或其他的軍機大臣問起這事，往往又都是陰著臉子，口裡講出的話也特別刺耳：「摺子不遞進來，想怎麼著啊？皇上小，不懂事，總不濟我們也不懂事吧？」恭親王往往都很被動。這次也不例外。
慈禧太后先不發作，她先去見東太后慈安。慈安是滿洲鑲黃旗人，鈕祜祿氏，廣西右江道穆揚阿之女。咸豐未即帝位時即娶其為妻，登基後，晉孝慈皇貴妃，咸豐二年（公元1852年）立為皇后。同治帝即位，尊為皇太后，徽號慈安，與西太后慈禧共同垂簾聽政。慈安懦弱，不懂國事，名義上是共同聽政，其實權盡操於慈禧之手。
慈禧太后見了慈安太后，依禮先給慈安請了個安，口稱「姐姐」，然後才說道：「姐姐，我看這個小六子，是越來越不把我們姐妹當成個人了，他這是想幹什麼？」
慈安說道：「小六子就是那個脾氣，現在又是議政王。隨他怎麼折騰，只要不亂了綱紀就行，我們哪，樂得清閑。」
慈禧卻說道：「有些話呀，姐姐不說，我可不能不說。我不能任著他們瞎折騰。老祖宗這份基業呀，來得不容易，別人不心疼，我可不能不管！」
慈禧氣哼哼地走了。慈安討了個沒趣，倒也沒太往心裡去，畢竟自己於國事上不如慈禧懂得多。
慈禧太后回宮後也並沒有馬上發作，她在等待機會。耆齡參左宗棠這件事，她不信督撫會一點反應都沒有。
果然不久，協辦大學士兩江總督曾國藩的摺子到了。對於曾國藩的摺子，軍機處是從不敢壓的，幾乎是隨到隨遞，半點不敢耽擱。慈禧太后笑一笑，慢慢打開摺子讀起來。
曾國藩得知左宗棠遭耆齡參劾被革職留任後，用了不到十天的時間，便理清了耆齡上奏的起因和幕後黑手。
曾國藩不由動起真怒，當著一班幕僚的面罵起來：「若非季高督軍入浙，浙江能有今天的局面嗎？耆齡瞎參亂彈，朝廷如何就偏聽偏信呢？就算有心想懲處季高一下，也應該問問老夫的主意啊！也真難為了季高，咸豐九年就因樊夑事被人誣參過一次，如今已過了四年，還是有人不想放過他！」
曾國藩的這後一句話，顯然是在說官文了。但曾國藩畢竟是曾國藩，他做事有他自己的尺度。
官文時任文華殿大學士領湖廣總督，是真正的滿漢各官之首。當時的曾國藩雖手握重兵，但僅以協辦大學士領兩江總督。憑當時曾國藩的名望與地位，還無法與官文硬抗。但曾國藩仍要想個策略為左宗棠分解一下壓力，起碼不能讓官文的陰謀得逞。
曾國藩與幕僚們計議了兩天，兩天後，他給朝廷上了這樣一篇摺子。摺子名義上是向朝廷陳述近日軍情，其實是另有新意。
摺子開篇先大論江蘇、浙江、安徽、江西等省的「賊勢」，卻隻字未提閩事如何；然後又大講慈溪大捷對扭轉戰局所起的作用：「浙軍經慈溪大捷，連克富陽、紹興等城，杭州即有所圖。」但寫著寫著，老謀深算的曾國藩卻話鋒一轉，感嘆起來：「臣於咸豐二年（公元1852年）在湖南募勇至今已十有餘年。臣每與賊匪交戰，無不是能殲除則全部殲除，能驅散則力圖驅散，決不姑息。但每每驅散時多，殲除時少，蓋因敵眾我寡之故也。自古兵家，莫不如此，情理相通也。」
對太平軍能殲除就殲除，能驅散就驅散；偏偏驅散的時候多，殲除的時候少。什麼原因呢？因為敵眾我寡啊！曾國藩最後發的這通議論，看似與全篇無關，其實這才是曾國藩所要向朝廷表達的真正意圖。
慈禧太后把曾國藩上的摺子讀過兩遍之後，終於讀出了朝廷將左宗棠革職留任後，曾國藩對此事的不滿，這才又重新讓人找出耆齡上的那道參折，重新看起來。
慈禧太后當日把恭親王、侍衛大臣管神機營的醇親王及幾位大軍機，傳進宮來議事。
慈安太后照例被慈禧太后請到身邊坐下，年僅八歲的同治皇帝照例坐在兩宮的前頭。施禮請安畢，各王公大臣們依例退後一步。
慈禧太后在簾中徐徐說道：「你們幾位主事的都來了。有些話呀，我們早就想說，可有人不給機會，不讓我們說話，想一手遮天！我呀，有些話還是要說。為什麼呢？就為了這份祖宗的基業！」
慈禧太后的語氣大異於以往，不僅幾位軍機大臣聽得發獃，連恭親王也有些吃不住勁，只有奕譞不動聲色地洗耳恭聽。
慈禧太后接著說道：「耆齡糊裡糊塗上了個摺子，說了左宗棠許多的不是，我們哪，也聽了你們的話，認為左宗棠的確有負朝廷對他的厚望。按說呢，將左宗棠革職留任對他懲戒一下也好，可耆齡隨後又上了個摺子，你們為什麼壓下不遞呢？恭親王啊，你說說看，耆齡保舉曾國荃出任浙江巡撫，有什麼不對呀？」
恭親王跨前一步答道：「稟太后，臣和幾位軍機大臣以為，曾國荃目前正在圍困江寧，耆齡之保舉有諸多不妥之處。」
慈禧太后厲聲道：「恭親王啊，你說明白些。是你自以為耆齡的保舉有不妥之處呢，還是其他大臣也這樣認為？」
文祥見恭親王囁嚅不能答，於是急忙跨前一步道：「稟太后，耆齡的摺子沒有遞上來，的確是王爺同我們幾位商量來著。奴才當時也以為，耆齡要說的也不是什麼大事，就算不遞，太后和皇上也能體諒。請太后明察。」
醇親王這時跨前一步稟道：「稟太后，奴才也想說句話。奴才大膽以為，祖宗設立軍機處，怕的就是各部院對下面的奏稟隱匿不報，貽誤軍機。把大臣的摺子壓下不遞，軍機處實有不妥之處。」
文祥等四位大軍機一見醇親王講出這話，知道事情已經嚴重，於是互相看了看，一起跪下道：「臣等失察，請太后、皇上降罪！」
恭親王一見如此，也只得說道：「稟太后，這件事全是臣一人之錯。太后和皇上要責罰，就請責罰臣一人吧。」
慈禧太后緩緩說道：「我們也並不是非要問是誰的錯，這件事你們幾個做得也實在太荒唐了。耆齡這是沒什麼事，真要有什麼事，你們把摺子壓下不遞，一旦出了事故，該算誰的？你們幾個也都起來吧。軍機處里的事情，我心裡有數。恭親王啊，曾國藩的摺子，想必你和他們都看了吧？」
恭親王答道：「稟太后，臣看了。曾國藩講的也是實情，他那裡也的確有些兵單。」
慈禧太后道：「恭親王啊，你最近怎麼總犯糊塗啊？曾國藩究竟是在訴苦，還是在替左宗棠鳴不平，你難道看不出來嗎？」
恭親王忙道：「太后聖明！經太后一提醒，臣忽然也有所悟。不過臣以為，左宗棠入浙系他所薦，兩個人又是同鄉，他為左宗棠說幾句話，也在情理之中。請太后明察。」
慈禧太后在簾內點點頭道：「你這話說得還算明白。我這幾天哪，反覆想了想。左宗棠入浙後固然有督剿不利之處，但耆齡把福建的局面變壞，全推到左宗棠的身上，也有錯處。在福建的畢竟是耆齡而不是左宗棠，往左宗棠身上推是過於牽強了些，朝廷不問青紅皂白就將左宗棠革職，的確有些不妥。」
恭親王忙答道：「太后說的是，臣和一些大臣們也以為，朝廷全聽耆齡一面之詞，似有失公允。」
慈禧太后想了想，道：「依我看，耆齡這個閩浙總督，是不能再做下去了，可究竟放誰合適，我還沒有想好。你們幾個是怎麼想的呀？」