雖然，在朱元璋的懷柔政策下，有不少蒙古官民歸順了明朝，甚至在官僚隊伍中有韃官，軍隊中有韃軍；雖然由於明軍的打擊，由於蒙古內部的紛爭，蒙古勢力有所削弱，但從整體上說，蒙古韃靼、瓦剌、兀良哈三部並未正式置於明朝的統治之下。明人說：「成祖以武定天下，欲威制萬方。」對於不肯歸順的蒙古勢力是不會置之不問的。但是，朱棣即位之初，百廢待舉，而處於紛爭中的蒙古各部，一時也還難以給明朝構成威脅，因而，朱棣對蒙古的政策在永樂初期是以懷柔為主，以防守為主，即所謂「來者不拒，去則不追」。凡來歸附的，均以禮接納，不願歸或歸而復叛者，也不強求。
洪武三十五年(建文四年，1402年)十二月「有邊地降虜叛去者，寧夏總兵官左都督何福「請舉兵追之」。朱棣說，「但今朝廷大體，當以誠待之。春秋馭夷之道，來者不拒，去則不追。蓋彼之來，既無益於我，則其去也亦何足置意！況其同類頗眾，其間必有相與為親戚者，今若以兵討叛，其未叛者亦將置疑。不若姑聽其去，但嚴兵備、固疆圉，養威觀釁，順天行事。如造次輕舉，後悔無及。」
對於邊外用兵，朱棣還舉漢武帝以為戒。他說：「漢武帝窮兵黷武以事夷狄，漢家全盛之力遂至凋耗。當時雖得善馬，豈足償中國萬一之費？朕今休息天下，惟望時和歲豐，百姓安寧。至於外夷，但思有以備之，必不肯自我擾之以罷弊生民。」
可見，這時朱棣對於邊外用兵十分謹慎，他的這種決策，顯然受到實力的制約。
既然一時還不能臣服韃靼、瓦剌諸部，那麼，只有先求與之通好。朱棣一即位便遣使赴和林敕諭諸部酋長。永樂元年(1403年)蒙古諸部推奉鬼力赤為可汗。朱棣又遣使致意，諭之曰：「比聞北地推奉可汗正位，特差指揮朵兒只恍惚等齎織金文綺四端，往致朕意。今天下大定，薄海內外皆來朝貢。可汗能遣使往來通好，同為一家，使邊城萬里烽堠無警，彼此熙然，共享太平之福，豈不美哉！」
這位鬼力赤可汗，對於已經分裂的蒙古，並不能做到實際的控制，特別是無法控制西部蒙古的瓦剌部。朱棣承認鬼力赤在全蒙古的統治權，也是限於力量無法向北伸延。但朱棣並不是不想對蒙古進行控制，他在永樂二年便向瓦剌等地派出使節，爭取不戰而屈之。其諭瓦剌頭目馬哈木、太平、把禿孛羅及和林等處頭目說：「朕承天命，主宰生民，惟體天心為治，海內海外，一視同仁。今天下底定，四方萬國無不來廷，皆已厚加撫綏，勸忻感戴。惟迤北諸部猶觀望進退，出沒邊境，未有歸誠。今遣指揮完者先那海、百戶亦剌思等往諭朕意。夫天下一統，華夷一家，何有彼此之間？爾其遣人往來相好，朕即授以官賞，今還本地射獵畜牧，安生樂業，永享太平之福。」
我們對比永樂元年和永樂二年的兩通敕書，便會發現其中的矛盾。朱棣既然承認鬼力赤為蒙古可汗，要求通好，便不該再遣使瓦剌頭目及和林等處頭目，望其歸誠；反之，要求瓦剌頭目及和林等處頭目歸誠明廷，便是對其可汗的不友好。朱棣推行如此矛盾的政策，正反映了他的尷尬處境與矛盾心態。他希望統治全蒙古，做個主宰華夷的君主，但沒有力量；他遣使蒙古可汗鬼力赤要求通好，但不真誠，因為他有臣服蒙古之心。這種矛盾的政策使他無法處理好與鬼力赤的關係，鬼力赤等人對朱棣的心計看得一清二楚。另外，可以斷定，朱棣一旦認為自己的力量強大到足以臣服蒙古，便會拋棄這種矛盾的政策。
朱棣一再遣使鬼力赤，但鬼力赤非但無所表示，反而一再傳言鬼力赤有寇邊的意圖。朱棣對此十分警覺。永樂三年五月庚申，韃靼頭目察罕達魯花遣人歸附明朝，使人言，鬼力赤見在卜魯屯之地。朱棣聯想到不久前山西地方曾報告說雲內及天城小尖山有火，因而料定「此必鬼力赤遣人覘我邊也」。他敕諭迤北巡哨武城侯王聰、同安侯火真曰：「爾等可遣精驕密偵其動靜，若來寇開平，即設伏出奇擊之。」朱棣一再通過各種途徑了解蒙古的動靜，並令緣邊兵馬加緊備御。永樂四年二月丙子，朱棣以書諭趙王朱高燧：「小旗孫成自虜中逸歸，見鬼力赤阿魯台也孫台向東南行。其來寇掠邊境，亦未可知。爾速遣人馳報武安侯鄭亨等，令堅壁清野以待。自黑峪、車坊至魚台領隘口，可塞者塞之，不可塞則鑿深壕以斷其路，仍督兵屯田，且守且耕，寇來則相機用事。爾居守北京，一切邊務皆當究心。」他同時還諭武城侯王聰、同安侯火真率將士往興和同武安侯鄭亨備御，敕諭甘肅總兵官西寧侯宋晟「訓練士馬，堅固城池以俟，無為虜所乘」。
永樂四年三月辛丑，朱棣派遣指揮哈先、千戶火兒忽答恍惚兒阿忽來齎書再諭韃靼可汗鬼力赤，其口氣已較前大為強硬。
聯嗣天位撫天下，體天心以為治，惟欲萬方有生之眾鹹得其所。今海內海外萬國之人番已臣順，安享太平。嘗遣使致書可汗，謂宜通好往來，安為一家，而可汗不晤，拘我使臣掠我邊境，自阻聲教之外。夫天之所興，孰能達之；天之所廢，孰能舉之？昔者天命宋主天下，歷十餘世，天厭其德，命元世祖皇帝代之。元數世之後，天又厭之，命我太祖皇帝君主天下。此皆天命，豈人力之所能也！不然，元之後世自愛猷識里達剌北徙以來至今，可汗更七主矣，土地人民曾有增益毫末者否？古稱順天者昌，逆天者亡，況而之眾甲胄不離身，弓刀不釋手，東遷西徙，老者不得終其年，少者不得安其居，今數十年矣。是皆何罪也哉！可汗聰明特達，宜敬天命，恤民窮，還前所遣使者及掠去邊境之人，相與和好，且用寧息爾眾，同享大平之福，顧不偉哉！若果負倔犟之性，天命之窮有所不顧，必欲以兵一較勝負，朕亦不得獨已。中國士馬精強，長驅迅掃之勢，恐非可汗能支也。可汗其審度而行之。文綺二表裡往致朕意。
永樂五年十月壬辰，朱棣再次致書諭鬼力赤：「前遣使致書可汗，本朝通好，共享太平乃拘留信臣不報，今再遣百戶早花等審求其故。禍福之機，天有顯道，惟可汗省之。」然此次致書仍不獲報。
這時，蒙古韃靼、瓦剌之間攻殺不已。可汗鬼力赤實際在韃靼頭目阿魯台的控制之下，被當作號召蒙古各部的工具。但因鬼力赤「非元種」。「其臣不肯下」。
與此同時，元裔本雅失里的勢力卻在興起。本雅失里又名完者禿，流亡於帖木兒帝國，居撒馬兒罕之地。蒙古兀良哈部來朝者向明廷報告說本雅失里欲率其卒合別失八里之眾南掠。雖然別失八里遠在西北，且據說本雅失里部屬不過百人，但以其元裔的身份，必有相當的號召力，朱棣絕不能掉以輕心。又有消息說蒙古將遣人「迎立之」。於是，他於永樂六年正月甲子派遣太監王安往別失八里，潛察其所向，同時敕令甘肅總兵官何福等遣人往哈密以買馬為名而覘本雅失里動靜。三月辛酉，朱棣又遣使齎書諭本雅失里，勸其勿做非份之想。
鴻臚寺丞劉帖木兒不花等回，知爾自撒馬兒罕脫身居別失八里，今鬼力赤等迎爾北行。以朕計之，鬼力赤與也孫台文結肺腑之親，相依為固，今未必能■親就疏矣，況乎握重兵！雖或其下有附爾者，亦安敢與之異志？今爾與鬼力赤勢不兩立矣！夫元運既訖，自順帝之後傳愛由識里達臘至坤帖木兒，六輩相代瞬息之間，且未聞一人遂善終者。此亦可以驗天道。然則，爾之保身誠不易也。去就之道正宜詳察善處。古之有天下者，皆於前代帝王子孫封以爵土，俾承宗祀，如周封舜之後胡公滿於陳，封夏之後東樓公於杞，封商之後箕子於朝鮮，微子於宋。漢唐宋亦皆封前代之後。我皇考太祖高皇帝於元氏子孫存恤保金尤所加厚，有來歸者皆令北還，如遣妥古思帖木兒還，後為可汗統率其眾，承其宗祀，此南北之人所共知也。今朕之心即皇考與前古帝王之心，爾元氏宗嫡，當奉世祀，吉凶二途，宜審思之。如能幡然來歸，加以封爵，厚以賜齎。俾於近塞擇善地以居，惟爾所欲。若為下人所惑，圖擁立之虛名，雖禍機在前有不暇顧，亦惟爾所欲。朕愛人之誠同於皦日，今再遣劉帖木兒不花等諭意，並賜織金文綺衣二襲，彩幣四端，爾其審之。
朱棣的一紙詔書自然沒能阻止本雅失里東來，權位的誘惑力是至為強大的。但有一點則被朱棣說中了，鬼力赤必與本雅失里勢不兩立，而首先受害的竟是鬼力赤。永樂六年十二月，傳來蒙古迎立本雅失里戕殺鬼力赤的消息。鬼力赤的被戕殺，也許不都因為他「非元種」，有傳說「鬼力赤欲歸附而未決」是否與其被戕殺有關，亦未可知。
本雅失里雄心勃勃，甚至要恢複大元帝國。朱棣被迫接受了本雅失里被立為可汗這一現實。永樂七年三月，朱棣派都指揮金塔卜歹和給事中郭驥出使韃靼，郭驥曾出使帖木兒汗國很可能與本雅失里相識，朱棣在信中說：
邊將得爾部下完者貼木兒等二十二人來，其言眾已推立爾為可汗，爾欲遣使南來通好，朕心甚喜。今遣都指揮金塔卜歹、給事中郭驥等齎書諭意。可汗誠能上順天心，下察人事，使命往來，相與和好，朕主中國，可汗