西蜀的譙縱出兵江陵，助戰盧循，在出兵之前譙縱還向後秦請兵。已經投降後秦的桓謙一聽要打東晉，很是興奮，極力勸說姚興出兵。他對姚興說：「我們桓氏在江陵很有勢力，也很得民心，如果我領兵南征，最起碼荊州的百姓會響應我，取荊州會很容易。」
姚興也知道桓家在荊州的勢力，於是一面派桓謙回荊州籠絡舊部，招兵買馬，一面派前將軍苟林率一萬五千士兵南下。桓謙悄悄地潛回荊州後，竟然很快組織起二萬多人馬來，進兵至枝江，苟林則進軍到江津。譙縱則派他的弟弟譙道福率三萬水軍進入荊州。
三路軍馬殺向江陵，老百姓都很害怕，擔心劉道規守不住城，紛紛要逃。劉道規乾脆把所有城門打開，貼出告示說，誰願意走我不攔著，但我保證江陵城一定能保得住。大傢伙兒一看劉道規這麼鎮定，逃出城的人也就少了。
面對三路強兵，劉道規認為坐著等他們在江陵城下合軍一處，然後決戰，那是坐以待斃的挨打戰術，他決定以時間換空間，發揮運動戰的長處，在三路兵馬未匯合之前，帶兵轉戰三處，將他們各個擊破。以他現在的兵力，只能全軍出戰方有勝算，但全軍出戰，就沒有兵力守城了。劉道規正在煩惱的時候，雍州刺史魯宗之率五千士兵從襄陽趕來援助。雖然兵力不多，足夠守城，這支兵力可真是救命啊。劉道規立刻請魯宗之替他守城，自己率兩萬軍隊去攻桓謙。
當時苟林距離江陵最近，其次為桓謙，再次為譙道福。從戰鬥力來說，以桓謙最強。劉道規捨近求遠，去攻桓謙，這在軍事上是有說法的。苟林是弱軍，而且此人既膽小又沒什麼軍事判斷力。如果去攻苟林，桓謙來救，必成一對二的形勢。反過來，劉道規捨近求遠去打桓謙，苟林則不敢當機立斷地迅速回軍援救。一旦攻破桓謙，苟林又會因為失去援助而迅速退兵。所以，與桓謙的決戰，是勝敗的關鍵。
劉道規在枝江與桓謙進行了一次慘烈的決戰，很快分出勝負。桓謙全軍覆沒，失敗被殺。劉道規打敗桓謙後迅速回師，那苟林果然沒有回援桓謙，而是去攻江陵。江陵有魯宗之死守，苟林一直不能攻下，又聽說劉道規擊敗桓謙回師，他急忙撤軍，但已經晚了。劉道規很快迎面攔住苟林的軍隊。面對劉道規的軍隊，苟林不堪一擊，也戰敗身亡，所有部眾全部投降。
不久，徐道覆也率一支軍隊從潯陽向江陵急速進軍，很快就要兵臨江陵城下了。這時魯宗之已經帶兵回到襄陽，再派人去請他回援助守，時間已經不夠。徐道覆雖然只帶了三萬人馬，但他的軍隊戰鬥力比桓謙要強得多，而徐道覆本人也能謀善戰。劉道規這次採取的是四面開花的戰術。他緊急招募了三四千民兵，簡單訓練後配以兩千名正規軍來守城。然後把約兩萬軍隊分成三路全部埋伏在城外。徐道覆的軍隊來攻打時，劉道規帶著數千民兵硬是艱難地守了七八個小時，一直堅持到天黑的時候。反攻的時間到了。先是劉遵率一支軍隊衝擊徐道覆的後路。這時，徐道覆還算冷靜，他分出一支部隊去阻擊劉遵的進攻。但很快又先後有兩支軍隊殺來，深夜之中徐道覆不知有多少軍隊殺來，趕緊撤退，劉道規趁勢帶兵出城。四路軍隊在後一陣掩殺，徐道覆大敗，順水路逃回潯陽，損失近萬人。譙道福本來已經攻破巴東（今四川奉節），殺死晉的守將時延祖，正在向江陵進軍，聽說兩支友軍皆敗，後來的徐道覆也被殺敗，不敢再進軍，退回了蜀國。
劉裕本來一直擔心江陵形勢，一連得到劉道規的兩份捷報後才長吁一口氣說道：「有劉道規在江陵，我可以放心了。」幾個月後，劉裕的船隻建造完畢，水軍也訓練得差不多了。劉裕遂帶大軍全面清剿盧循和徐道覆。
劉裕在進軍之前，先派建威將軍孫處、振武將軍沈田子率五千水軍，斷盧循後路，防備盧循失敗後重新逃到海島據守，又因為他知道劉毅已經和自己是貌合神離，遂讓劉毅留守建康。安排完畢之後，以王仲德和劉鍾為先鋒軍，向南而進。王仲德和劉鍾到達盧循手下部將范崇民的防區南陵，正巧這一天是大霧天氣，霧氣濃重，對面也只能看到影影綽綽的人影，再遠一些就什麼也看不到了。王仲德和劉鐘的船隻誤入范崇民的水寨，引起雙方的混亂。王仲德和劉鍾乾脆帶兵一頓猛殺，而范崇民則以為對方是有備而來，專門趁霧劫營，大霧中又辨不清對方來了多少人，急忙帶著手下人一頓亂殺，棄了南陵逃回潯陽。
劉裕軍立刻進逼到潯陽，用火攻的方法擊敗盧循，盧循又退守豫章，劉裕再攻下豫章，盧循和徐道覆分兩路南逃。盧循逃到番禺，徐道覆逃到始興。盧循來到番禺時，孫處已經從海路行軍佔領了此城。盧循仗著手裡還有一萬多軍隊，便攻打番禺。孫處堅守城池不出，與盧循相持了十多天。徐道覆的軍隊在始興被擊敗，徐道覆被殺，始興被占。劉裕派劉籓和孟懷玉率輕騎一萬，飛速去援孫處。盧循被城內守軍和城外的援兵夾擊，戰敗後率殘部逃往交州。
交州刺史杜慧度帶兵在龍編津擊敗盧循殘部，盧循無處可逃，將自己所有妻妾殺死後，投水自殺。這一年是東晉義熙七年（411）四月庚子日。自隆安三年（399）十一月，孫恩在浙東起義，到盧循在交州龍編津被消滅，這次起義長達十一年零五個月。
盧循被滅的第二年，荊州刺史劉道規病卒，劉毅被任命為衛大將軍、荊州刺史。前文說過，劉毅認為當年反桓玄，打江山，自己一點兒不比劉裕的功勞小，可是劉裕越混越好，成為一朝之主；而自己卻只是一個高級將領而已，心裡很是不平衡。兩個人在朝廷中也互相有小動作，劉毅暗地裡給劉裕使絆，劉裕則利用權力壓制劉毅，不讓他抬頭。這一次劉毅到了荊州，立刻就開始準備起兵與劉裕抗衡。劉毅還有個堂弟劉籓遠在兗州當刺史，手下也有數萬兵馬。為了穩妥起見，劉毅託病向劉裕申請把自己的堂弟劉籓調到荊州當副手。
劉裕一見到劉毅這個要求，便嘆了一口氣道：「劉毅要反啦。」不過劉裕接著又說道：「他這是自尋死路。」劉裕不動聲色地同意了劉毅的申請，等劉籓按慣例來朝中謝恩時，劉裕將劉籓殺死。接著以迅雷不及掩耳之勢，迅速出兵，一路攻城奪地，很快攻下江陵城二十里地以外的豫章，進兵到江陵城下。劉毅根本沒時間調集兵力，加固城防，倉促應戰，很快城破逃跑，逃到牛牧佛寺的時候，僧人閉門不納。劉毅問為什麼。寺僧道：「前幾年桓玄事敗時，我的先師就是因為收留桓氏逃難者被一個叫劉毅的將軍給殺了。後來我們再不敢收留不明來路的陌生人。」劉毅聽罷，嘆口氣道：「為法自弊，一至於此！」說完就在寺廟外上吊自殺了。他的屍體不久被劉裕手下謀士王鎮惡所帶的部隊發現，將其屍體斬首，並搜殺劉毅的子侄。劉毅死後，會稽內史司馬休之升任為平西將軍、荊州刺史。
這時，當年起兵反桓玄的第三路領導人諸葛長民暗中寫信給冀州刺史劉敬宣，找他一起造反。劉敬宣委婉拒絕，並將此事向劉裕報告。劉裕正打算趁勢進兵收復西蜀，知道後方諸葛長民可能會有叛亂後，便把所有軍隊都給西陽太守朱齡石帶領，讓他進攻西蜀。由於軍隊中很多人比朱齡石資格老、功勞大、經驗多，論級別和官職也比朱齡石高，絕大多數老將對劉裕任命年輕人朱齡石為帥感到很不理解。劉裕說：「古有陸遜，今有謝玄，都是沒有經過大戰的年輕人，後來都以少勝多，一戰成名。朱齡石有大才，我當然要不拘一格，委任不疑。」劉裕力挺朱齡石，手下這些將領們也就沒說的了。
劉裕送朱齡石出兵後，只帶了身邊的侍衛長丁旿，兩個人日夜兼程，很快乘船回到建康。回去後什麼也不提，只說是好久不見，要請諸葛長民喝酒。諸葛長民自恃已經備下兩千精兵，而劉裕只帶丁旿一人，於是欣然赴宴。劉裕與諸葛長民在酒席上東拉西扯，談天說地，一敘舊情，說到最後，劉裕突然問道：「咱們兄弟兩個這麼有感情，你為什麼還要害我呢？」
諸葛長民一愣，這時身高體壯的丁旿走了出來，用一根繩子把諸葛長民給勒死了。諸葛長民一死，他手下的軍隊全部散去。廷尉命人搜捕諸葛長民的兄弟。諸葛長民的大弟弟諸葛黎民拒捕被殺，小弟弟諸葛幼民逃跑後很快被捕獲，當即斬首。諸葛全家男子全部被殺。
朱齡石被任命為益州刺史，帶三萬水軍來到白帝城。白帝城有內、中、外三條水道都可通往成都。上次劉敬宣攻打川蜀走的是內道，結果大敗而歸。朱齡石料定這回蜀軍一定會加強外水的防禦，以防晉軍從外水進攻。但內水險峻，實在是不適合進攻；外水又有重兵，進攻也會很吃力。
朱齡石經過策劃後是這樣部署的：他把最好的上百艘高大船隻配給戰鬥力最不強的五千士兵，一路虛張聲勢，如大軍行進般從內水進發；他把主力調到外水，偃旗息鼓，悄悄前進；同時又派臧熹率三千精兵，從中水向廣漢進攻，吸引敵方的注意力，並分散敵人兵力。
譙縱那邊是這樣想的：晉軍上次在內水失敗，了解到內水的險峻，按道理這次應當從外水進攻，自己要加