劉牢之回軍京口，謝琰則被任命為會稽太守，戍守沿海，以防備孫恩再次上岸。司馬元顯被封為中軍將軍、錄尚書事，一時成為朝中權臣。司馬元顯也是個貪財之人，利用權力四處經營，很快成為豪富之戶；他又掌握著百官的升遷貶降，百官都對他十分恭敬，甚至公卿以下的官員見到司馬元顯都要行叩拜大禮。司馬元顯既奢侈貪利，又驕橫跋扈，東晉朝政並沒有比他父親掌權時好多少。
謝琰鎮守會稽，武備鬆弛，對孫恩並不加防範，有人建議他好好整練隊伍，加強工事，鞏固海防。謝琰笑道：「孫恩不過是個海盜，敗逃入海，如果他再敢上岸，那是自尋死路。」
不久，孫恩又率眾登陸，由浹口（在浙江鎮海，甬江入鄞縣境經招寶山腳入海為大浹江，入海處曰大浹口）攻入餘姚，又攻破上虞，乘勝進軍會稽。眾將請出兵設伏，伏擊孫恩。謝琰道：「和這些烏合之眾打仗，還用費腦子想這多機謀么？」於是只讓將士留城中等待，一直等到孫恩兵臨城下後，謝琰才帶兵出擊孫恩的軍隊，孫恩大敗而逃。謝琰帶兵一路掩殺，孫恩軍隊許多人來不及登船都被殺死在岸邊。孫恩帶另一支軍隊從一條塘路逃跑，謝琰沿塘路追擊。孫恩事先沒有調查過地形，並不知道這條塘路是越走越窄。結果前面的軍隊擠成一團，後面的軍隊又收不住腳，前推後擠，擁作一團，甚至時有官兵落水。孫恩的一些已經上了船的軍隊本來正準備逃跑，見了這情況後便把船開回來，直開到塘路兩側，向官軍射箭，被擠在中間的官軍無路可逃，大多中箭而亡。謝琰帶殘兵撤退。逃跑的孫恩又轉回頭來追，謝琰一直逃到千秋亭，被孫恩的部將張猛趕上，謝琰不敵，於亂軍中被殺，他的兩個兒子謝肇和謝峻也都戰死，手下部隊全部被打散。孫恩再一次佔據會稽。
司馬元顯急派冠軍將軍桓不才、輔國將軍孫無終、寧朔將軍高雅之三路去攻會稽。三路軍馬很快被孫恩打敗。司馬元顯只好再一次派劉牢之率北府兵進攻會稽。孫恩一聽劉牢之來了，不敢迎戰，放棄會稽，乘船退回海中。
劉牢之得知孫恩棄守，冷笑道：「孫恩一定不會罷休，他肯定是去進攻海鹽，海鹽空虛，必須儘快去救！」當下撥給劉裕騎兵一千，日夜兼程趕到海鹽。
劉牢之不愧為東晉名將，事實正如他預料的一樣，海鹽令鮑陋剛把援軍劉裕迎進城來，孫恩已經帶兵來到城下。劉裕命令所有軍隊藏匿在城中，城門大開，派一些士兵化裝成百姓，向孫恩的軍隊說鮑陋知道城不能守，已經棄城逃了。孫恩認為鮑陋這支弱旅逃跑並不奇怪，但他沒有想到北府軍會來，於是毫無戒心地帶兵入城。他剛入城中便被劉裕的軍隊亂箭狂射了一通，又被騎兵來回衝殺。孫恩被打得暈頭轉向，趕緊退出城去，這時士兵已經損了十之二三。劉裕帶兵追出來繼續衝殺，孫恩的軍隊根本就沒想到北府軍來得這麼快，已無戰心，落荒而逃，再次退入海中。劉裕知道自己的兵少，剛才是殺了孫恩軍隊一個措手不及，所以才打了勝仗，於是並不追趕，而是趕緊回城加固城防。
孫恩見海鹽也有北府軍防守，不敢再進攻這裡，可是又不甘心就此回到海島，於是繼續北上進攻滬瀆。這一次他攻下了滬瀆，並把鎮守滬瀆的吳國內史袁崧殺死。孫恩以滬瀆為根據地，招募士兵，打造兵器，很快就擁有了十多萬大軍，以及一千多艘船隻。然後由滬瀆逆江而上，殺奔建康。
劉牢之因為離得太遠，追之不及，便下令北部的劉裕帶著他的一千騎兵飛速去援京城。
孫恩的先鋒軍隊在丹徒上岸，剛剛攻下丹徒，劉裕的軍隊趕到了。兩軍在丹徒決戰，孫恩大敗。孫恩十分納悶，北府軍怎麼會跑得如此之快呢？他趕緊撤軍，回攻郁洲（在江蘇灌雲縣東北。原來在海中為島，今天已經與大陸相連）。這時劉裕已經補充了兵力，率一萬精騎馳救郁洲。孫恩在郁洲又被劉裕打敗。孫恩沿著東南海岸一路南逃。劉裕則在陸地上跟著追，在滬瀆、海鹽接連大敗孫恩。孫恩非常苦惱：「劉寄奴這廝難道會騰雲駕霧么？究竟是人是妖？」被劉裕是人是妖的問題所困擾的孫恩最後放棄了進軍東晉的想法，又回到海島。劉裕又奏請朝廷禁止百姓出海，孫恩因此得不到大陸的供給，再沒有能力進攻。
桓玄成為江州刺史之後，以始安太守濟陰卞范之為心腹謀臣，發展勢力。楊佺期知道桓玄有野心，於是決定先滅掉桓玄。他揚言要去北伐後秦，開始集結兵力，並且向兒女親家殷仲堪請求聯兵攻滅桓玄。
殷仲堪擔心桓玄一旦被滅後，楊佺期趁機發展勢力，成為自己的勁敵，認為還是保持現狀為好。所以他一方面勸說楊佺期不要出兵，一方面派堂弟殷遹率兵來到荊州北部邊境，向楊佺期示威。楊佺期一看殷仲堪這個樣子，只好罷兵。
桓玄見楊佺期集結大量軍隊，揚言要北伐，又突然解散了；同時殷遹也非常奇怪地屯兵在荊州北境。他問卞范之這是怎麼回事。
卞范之說：「這肯定是楊佺期以北伐為借口，實際是要與殷仲堪聯兵襲擊你。殷仲堪是個多疑之人，他為了保持三方平衡，所以不但不從，還派兵阻止楊佺期進攻你。」
桓玄於是決定先下手為強。卞范之向他獻計說：「你也可以揚言要北伐後秦，也給殷仲堪寫一封信，請他幫助你進攻楊佺期。殷仲堪肯定故技重施，派重兵反過來援楊佺期。你等殷仲堪把主力派出後，由江口入長江，乘虛取江陵，占荊州。殷仲堪被你趕走後，楊佺期也終將被你所擒。」桓玄大喜，立刻按卞范之的計策，一面聚齊兵馬揚言北伐，一面請殷仲堪共同討伐楊佺期。
殷仲堪果然中計，立刻告訴楊佺期防範桓玄，同時命令殷遹再率主力軍，駐紮在荊州北境。桓玄留卞范之、庾楷守武昌，自己帶著郭銓、苻宏二將逆江西上，先攻取巴陵，奪得荊州儲備糧草。殷仲堪這才明白過來，急忙讓殷遹帶兵回來。殷遹在回來的路上遭到桓玄的伏擊，大敗而逃。桓玄乘勝又攻佔零口，這時離江陵只有二十多里地了。殷仲堪急忙請楊佺期來救援。楊佺期道：「江陵沒有糧食，我派援軍助你守城也守不了多長時間，不如你帶兵來我這裡，咱們共守襄陽吧。」
殷仲堪實在是捨不得放棄自己的地盤，於是騙楊佺期說江陵已經有了許多糧草。楊佺期於是親率八千騎兵，馳救江陵。等他到了江陵，才知道江陵即將斷糧。楊佺期氣得大罵殷仲堪。因為無糧不能守城，只好出戰，以求速戰速決。桓玄帶兵撤退，不給楊佺期決戰的機會。楊佺期帶兵追擊，又中了桓玄的埋伏。楊佺期和兒子楊廣拚命殺出重圍逃出，在逃往襄陽的路上，正碰上桓玄部將馮該的軍隊，父子被擒。桓玄命將楊氏父子二人斬首。殷仲堪遂棄守江陵北逃，欲投後秦，在冠軍城又被馮該追上擒獲，被逼自殺而亡。
桓玄得了荊、雍二州，遂派人入朝，請求得到荊、江二州。朝廷孱弱，只得下詔以桓玄為都督荊、江、司、雍、秦、梁、益、寧八州及揚、豫八郡諸軍事，領荊、江二州刺史，又以其兄桓偉為雍州刺史，其侄桓振———乃桓石虔之子———為淮南太守。到這個時候，東晉三分天下，桓玄已得其二。這時桓玄又有了進軍京城，把持朝政的想法。這個時候，孫恩一路向京師殺來，桓玄便要求帶兵去討孫恩。
司馬元顯擔心桓玄趁機入京把持朝政，不敢答應。但桓玄已經開始集結士兵來京了。司馬元顯正在著急的時候，劉牢之、司馬尚之擊敗了孫恩，孫恩退回海島。司馬元顯趕緊以孫恩已敗的理由制止了桓玄進兵。
桓玄因為沒能進軍京城，惱恨司馬元顯作梗，便把長江漕運給斷了，於是上游的物資不能進入京城。京城附近剛剛遭到孫恩之亂，方圓數百里都殘破無收，京城得不到補給，人們吃的都是麩皮和橡果。桓玄把司馬元顯逼到這分上還不罷休，還寫信給司馬元顯，出言譏諷他是昏聵之徒。
司馬元顯被桓玄逼得沒有辦法，問張法順怎麼辦？
張法順說：「桓玄剛得到荊州，人心未附。不如趁這個時候以劉牢之為前鋒，你親帶大軍進攻他，這樣勝算會很大。不然等桓玄羽翼豐滿了，那時就難勝他了。」司馬元顯恨透了桓玄，便請下詔書，宣布了桓玄的罪行，討伐桓玄。司馬元顯被任命為驃騎大將軍、征討大都督、都督十八州諸軍事，以劉牢之為前鋒都督，以司馬尚之為後軍統領。
大軍出發的時候，張法順對司馬元顯道：「劉牢之性格反覆無常，如果他萬一陣前倒戈，我們將全軍大敗。現在京城中有很多桓氏的子弟，請您命令劉牢之把他們都殺了。這樣劉牢之就不可能投奔桓玄了。如果劉牢之不願意，說明他還想給自己留反叛的後路，那你就先把劉牢之殺了，再另派別人為先鋒將軍。」司馬元顯既捨不得劉牢之，又不願意讓劉牢之去殺桓族子弟，其實還是怕劉牢之不殺桓族子弟，自己下不來台，最後沒有聽從張法順的話。
桓玄見司馬元顯帶大軍來攻，便打算退守江陵。卞范之說：「司馬元顯不過是一個乳臭未乾的小兒，劉牢之也不過是一個無威無信的戰將，如果我們兵