淝水之戰後，東晉除了向北擴張外，內部一直沒有戰事和叛亂，在這樣和平的環境中，桓沖、謝安、謝玄相繼老病而亡，孝武帝司馬曜和前幾任東晉皇帝相比幸福很多，再沒有權臣把持朝政，也沒有了來自北方的威脅。司馬曜本可以放開手腳，在政治領域上大幹一番，但對經營國家並不感興趣。他把朝政交給自己的同母弟司馬道子管理，任命司馬道子為司徒，領揚州刺史、錄尚書事，自己每天和張貴人在一起喝酒玩樂。司馬道子和他的哥哥一樣也喜歡玩，於是把朝政扔到一邊，每天和孝武帝一起唱歌跳舞，喝酒遊戲。國政從此荒廢。
司馬道子還很迷信佛教，對和尚尼姑很是寵信，並給他們很大的權力。下面的人打官司、求陞官、孩子入學、批塊土地等等一切雜事全部請託和尚尼姑來辦，結果朝廷里出出進進的都是些尼姑和尚。這讓司馬曜有些不高興。司馬道子又仗著自己把持朝政日久，對司馬曜也不太尊重。司馬曜便對這個弟弟有了成見。後來司馬道子竟然煽動朝臣給自己假黃鉞，加殊禮。孝武帝一聽當時就罵司馬道子：「假黃鉞，加殊禮是當年周成王年幼的時候，靠周公輔政，所以才加給周公的禮儀。現在我正當壯年，你還要當周公么？」罵完之後，任命中書令王恭為兗、青二州刺史，鎮守京口，統領北府；以黃門郎殷仲堪為荊州刺史，鎮守江陵。用這兩個人來壓制司馬道子。
晉太元二十一年（396）七月，孝武帝司馬曜又在後宮大宴嬪妃，喝完酒後，由張貴人陪著回到清暑殿。司馬曜還要與張貴人對飲，張貴人因為已經喝了很多了，憑司馬曜怎麼說她也不肯再飲。司馬曜沉下臉道：「你今天如敢違抗君命，拒不陪飲，我可要定你的罪！」張貴人平時也被嬌寵慣了，聽了此話便頂撞說：「妾偏偏不飲，看陛下定我什麼罪！」
司馬曜畢竟是皇帝，被張貴人頂撞後心頭火起，借著酒勁冷笑道：「你用不著嘴硬。你已經年近三十，應該廢黜了。我有的是年輕貌美的佳人來代替你。」說到這裡，又是一陣嘔吐，左右慌忙將他扶入卧室，司馬曜昏睡過去。
張貴人自從得寵以來，恃寵生驕，從來沒有受過如此訓斥、羞辱，她又嫉妒成性，平日最擔心司馬曜再寵愛別人，廢棄自己。這時想到自己容貌將衰，司馬曜竟然厭棄自己，又氣又恨，頓起殺心。她洗臉換衣後，招來心腹宮女，命令她謀害司馬曜。宮女不敢答應，她威脅道：「你已經知道了這件事，就算你不從我。難道我能饒得了你么？我必先殺掉你，再滅掉你家全族！」這個宮女只好和張貴人一齊用被子蒙住司馬曜的口鼻，將司馬曜悶死。司馬曜堂堂一個大國皇帝，竟因為和老婆吵了幾句嘴威脅要離婚，就被老婆悶死，真是死得窩囊。更窩囊的事還在後頭。張貴人處理完現場，然後哭哭啼啼報說司馬曜飲酒過度，夢魘而亡。大家都知道司馬曜是個酒鬼，而執掌朝權的司馬道子也樂得司馬曜早點死掉，這個故意殺人案竟然也沒有人仔細去查，就這樣草草地糊塗過去。
司馬曜死後，太子司馬德宗繼位。司馬曜有兩個兒子，都是陳淑媛所生。長子就是司馬德宗，次子為琅琊王司馬德文。司馬德宗再一次把司馬家族的弱勢基因給顯露出來，他打小就說不了話，不辨寒暑，不知饑飽，連飲食起居都不能自理，還不如當年的晉惠帝司馬衷。司馬衷也就是個智力低下，而司馬德宗應當算作白痴。幸虧白痴皇帝有個對他很好的弟弟司馬德文。司馬德文性格良善，他像照顧兒子一樣照顧自己的白痴哥哥司馬德宗過得還算是不錯。
司馬道子這一回得到了假黃鉞，加殊禮的禮儀，繼續攝政，執掌朝權。他又安排自己的親信王國寶為尚書左僕射，又加授後將軍、丹陽尹，統領東宮禁軍。安排王國寶的堂弟王緒為建威將軍。這三個人貪污受賄，腐敗浪費，吃喝玩樂，大搞特權，比司馬曜在世時還要張狂許多倍。
兗、青二州刺史王恭打算髮動政變除掉這三個人，他和王導的孫子尚書令王珣商量時，王珣說：「先帝剛剛死去不久，他們的罪行也才開始，還沒有到砍腦袋的地步，現在你行動還有點早。再說你帶兵去攻京城，人家都要說是你叛亂。我看不如等到人們都把三個人的罪行看得清清楚楚，人神共憤的時候，你再發兵除之。一定會得人心。」
王恭這才暫時作罷。到了這年十月，為孝武帝司馬曜下葬以後，司馬道子想和王恭拉拉關係，親自為王恭送行。王恭教訓他說：「你現在在居喪的期間，又是丞相，應當起到表率作用，任用忠臣，遠離小人，維護國家尊嚴。不要每天只知道吃喝玩樂，貪圖享受！」
司馬道子聽了很不高興，回去跟王國寶說：「王恭這個人太可惡了。每回和我談及國家大事，總是板起臉來教訓我，我實在是受不了！不除此人，我心裡不舒服。」
王國寶便和堂弟王緒帶禁軍去追殺王恭。王恭正往回走呢，忽聽得後面人喊馬嘶，塵煙四起的，知道這是有人要殺自己，急忙從小路逃走。他一回到京口，便整頓兵馬，並派人去江陵邀殷仲堪一起起兵征討王國寶。
殷仲堪對這件事很猶豫。桓溫的小兒子桓玄來訪殷仲堪，他極力鼓動殷仲堪起兵。桓玄是個很有能力的人，他原本想在朝中混個出身，但一方面他父親的聲名不好，影響他的仕途，另一方面司馬道子很看不起他，處處壓制他。雖然官場上有很多人幫桓玄的忙，但桓玄最終鬱郁不得志，只做一些中下級官職。後來他乾脆辭去官職，回到江陵。桓家在江陵的根基還是很深的，頗得人望，因此桓玄在這個地方做地頭蛇還是很吃得開。就是殷仲堪也得讓他五六分。桓玄聽說要反司馬道子，當然很高興，極力慫恿道：「王國寶等人和你是死對頭，早就想除去你。現在你不反他，將來他把你調回朝中，你不是束手就擒，白白讓人家除去你么？如果你同意和王恭東西兩路齊攻京城，我願率我的手下為你做先鋒！」殷仲堪遂下決心起兵。
王恭和殷仲堪以討伐王國寶的名義進軍京城。王國寶派王緒去竹里拒敵，但很快被王恭的前鋒軍劉牢之的部隊打敗，王緒逃回京城。王恭進逼京城，司馬道子非常害怕，於是把自己的兩個賣命心腹王國寶和王緒都殺了，然後寫了一份極為深刻的檢查，派人送給王恭，請他退兵。
王恭一看這兩個仇人都死掉了，司馬道子也服軟了，於是收兵回到京口。殷仲堪這時帶兵剛剛到了巴陵，得知王恭已經把事情搞定了，也帶兵回江陵。
經歷過這件事以後，司馬道子深深地感覺到手中掌握幾千名禁軍是幹不成什麼事的。要想大權在握，必須手握重兵。於是他聽從司馬尚之、司馬休之兄弟的建議，又任命王國寶的異母兄王愉為江州刺史，都督江州及豫州等四郡軍事。司馬道子此舉讓豫州刺史庾楷很不高興，他見司馬道子要奪自己兵權，便派人向王恭訴苦說：「司馬道子這是要削弱藩鎮的權力，現在當趁著還沒有對你下手，趕緊想辦法對付他。」
王恭於是又約殷仲堪、桓玄出兵。劉牢之則勸王恭道：「司馬道子的這個任命，雖說是有失公允，也不算大過錯。而且削的是庾楷的兵權，與你並沒有損害，你何必再次起兵。」
王恭沒聽劉牢之的，再次起兵。這次聲討對象是王愉、司馬尚之、司馬休之。
司馬道子聽說王恭和殷仲堪又帶兵來了，又急又怕，嘴裡不住說：「看來這回只有等死啦。」
司馬道子的兒子司馬元顯表示願意出戰。司馬元顯當時只有十七歲。司馬道子問他道：「北府兵天下聞名，劉牢之又是名將，你一個小孩子家家的，也敢說大話？」
司馬元顯道：「王恭這個人恃才傲物，而且並不重用劉牢之。以劉牢之之才，怎甘屈居其下？兩人必有矛盾。父親只要給劉牢之寫一封親筆信，向他許諾：如果陣前反戈，除去王恭，便把王恭的官職爵號全給他。我再派一個能言會道的人送這封信，不信劉牢之不反。只要劉牢之反了，王恭必敗。」
司馬道子覺得這個計策相當不錯，於是派司馬元顯為征討大都督，率軍去竹里拒敵；任命司馬尚之為豫州刺史，去守石頭城，對付庾楷。
司馬元顯到竹里後，立刻派廬江太守高素拿著司馬道子的親筆信去勸降劉牢之。高素原來也是北府軍舊將，和劉牢之是戰友，他來到營中先不說勸降的事，卻對劉牢之說：「現在朝廷雖然算不上好朝廷，但也沒到周幽王、周厲王的地步吧。王恭是受過先帝大恩的，又是當今皇帝的舅舅。他兩次帶兵來京，這是對皇室的侮辱和輕慢。我看此人將來必有稱帝之心，你要是繼續跟著他混，那你將來就是附逆之臣。想將軍當年赫赫有名，為天下名將。連史冊都把你記在功臣傳中，而今卻要毀於一旦，真讓我痛心啊。」
這些話正說中劉牢之的心事，他也嘆氣道：「我哪裡是心甘情願啊，只是我屢次勸諫王恭，他不聽我的，你說怎麼辦？」
高素道：「你勸他，他不聽，你就當討伐他。你這叫做討逆，是不世之功啊！」
劉牢之想了想道：「我不忍心去討伐我的老上級，這麼辦吧，