1965年5月20日，《明報》創刊六周年，從最低谷的6100份，至此日平均發行穩定在8萬份以上，星期天超過11萬份。（這年8月6日，《明報》在頭版刊登消息：「本報1965年上半年度銷數繼續上升，每日平均凈銷數已增至80200份，上述銷數業由英國聯邦出版銷數公證會證明。」）金庸社評說，最近增加倫敦、紐約兩位特派記者張夏、吳嘉墩的通訊，其他地區的特約通訊也在發展中。這一年，世界性的通訊網粗具規模，過去一般國際新聞靠外國通訊社提供，消息雖快，卻是外國人的觀點，《明報》努力發展、組織國際通訊網，重點是「中國人觀點，香港人觀點」。7月還要增加幾個周刊，包括經濟、商品、內地和台灣新聞，特別是加強內地新聞的報道。
當時，香港記者不能到內地採訪，香港和海外對內地知之甚少，金庸看中這一點，在《明報》大量報道內地消息，作為主要特色吸引讀者。
隨著報紙業務的發展，灣仔謝斐道399號的社址顯得太狹小了，1966年9月19日，《明報》搬到北角英皇道651號的南康大廈，先租用十樓全層及地下半層，後又陸續租用了兩層，地下和二層放機器，十樓是編輯部，員工餐廳在頂樓。
正值內地發生「文化大革命」，《明報》對摧毀數千年文化表示了強烈反感和抗議，盡量報道這場鬥爭的過程和內幕消息。金庸執筆的社評更是獨闢蹊徑，預測政局走向常常準確，引起許多讀者的關注。3月1日，他在社評中分析：
……最近迦納總統克魯瑪到北京，赴機場歡迎的首腦中，赫然有林彪在。林彪久不露面，這次出現，相信也有特殊意義。可以想像，中共內部正在醞釀著一種相當重大的變動。
他預感到了內地政局的微妙變化。中共北京市委書記處書記鄧拓和《燕山夜話》《三家村札記》遭批判後，4月19日，《明報》根據日本《朝日新聞》的報道，率先在香港報紙中披露這一重要消息，大膽預測這是一場全國的群眾性批判運動的信號。5月6日，內地已處於大動亂前夜，海外輿論普遍沒有意識到中國將會發生什麼，金庸在《郭沫若認錯求饒》社評中指出，「從各種跡象看來，中共內部正在進行一項非常劇烈的權力之爭。這一次對吳晗、田漢等著名文人的清算，只是這場大鬥爭中的一小部分。鬥爭的真相可能要事隔多年才能為世人所知」。這一預測一語中的，當時很多人卻不相信，有人還對他提出批評。
《三家村札記》是鄧拓和北京市副市長吳晗、中共北京市委統戰部長廖沫沙合寫的專欄。與他們同時被批的還有北京市委宣傳部部長李琪、北京市委的機關報《北京日報》及《北京晚報》《前線》雜誌等報刊，5月10日、12日、20日，他在《明報》連續發表《彭真出了事么？》《彭真之頭痛矣！》《「大老闆」是誰？》等社評，「相信不出一個月，中共就會正面清算這位『大老闆』了」，點明這些批判的矛頭實際指向中共中央政治局委員、中共北京市委書記兼市長彭真。
5月26日，他在社評《是誰發給營業執照？》中說，拿「三家村」大做文章，不僅是要揪出彭真，「現在的問題，不單是老闆的問題，要追究比老闆更高級的人物——是誰發給營業執照？這問題可更加嚴重了，牽涉到的，一定是中共黨中地位極高的人物」。雖未點名，劉少奇已呼之欲出。半個月後，彭真被撤職，中共河北省委第一書記李雪峰兼任北京市委書記。6月4日，他在《彭真罷官》社評中分析：
現在值得研究的問題，一是彭真是不是真的「大老闆」？如果他是大老闆，那就罷了。要是在他之上更有大老闆，那似乎要牽涉到劉少奇了。因為「劉彭」關係向來十分密切，兩人的個性和作風極為相似。……
這場尚未明朗化的大鬥爭，有一個要點是很明顯了：劉少奇作為毛澤東之繼承人位置已不鞏固。本來，「毛去劉繼」是眾所公認的事，現在卻變成了「未必啊未必」。未必不是他繼承，也未必一定是他繼承，總之局面是動蕩得很。
8月13日，《明報》的報道預言中共高層領導內部將發生人員變動，林彪得勢，仕途不可估量，15日，他的社評即以《林彪得勢，全面推進》為題。19日，他在《天安門與玄武門》社評中說，「『文革』的主要內容是權力鬥爭，林在黨內的地位從第六位升到第二位，劉從第二位垮到第八位。這是暫時性的，恐怕不久就會像年羹堯那樣連降十八級，像莫洛托夫那樣去做外蒙大使，像馬倫可夫那樣去做偏遠小鎮上的水電站站長。今日天安門有點像唐朝長安的玄武門，李世民打垮太子李建成，皇位自然由他繼承了。周恩來都在極口頌揚林彪，可見其餘了」。
當時，北京還沒有正式向外界宣布這些消息，後來的事實證明，這些預測多數準確。
1966年下半年，紅衛兵登上「文革」的舞台，扮演極為重要而又讓人感到撲朔迷離的角色，8月18日、31日，毛澤東接連在天安門接見紅衛兵。大量的報道都是紅衛兵如何改路名、改招牌、剪頭髮、趕修女，等等。8月24日金庸在《紅衛兵大鬧北京城》社評中一語道破紅衛兵運動的本質，中心還是「權力鬥爭」。9月10日，他在《「炮打司令部」》社評中再次說，紅衛兵的真正目的決不在改招牌、斬鞋尖、剪頭髮，這些行動只不過是「立威」，「根本目的是鬥爭黨內的當權派。……身在北京而居高位，卻無資格到天安門廣場去出席大會之人最是岌岌可危」。
當他在報紙上公開提出紅衛兵運動的真正目的是打倒劉少奇時，劉還是中華人民共和國主席、中國共產黨第一副主席，這不能不令世人震驚。香港的左派報紙紛紛抨擊金庸和《明報》「造謠」，不料後來的事實證明了他的預測。
11月29日，林彪為海軍首屆活學活用毛主席著作積極分子代表大會題詞：「大海航行靠舵手，幹革命靠毛澤東思想。」次日在《解放軍報》頭條位置發表。12月1日，《解放軍報》又發表《海軍全體指戰員給偉大領袖毛主席的親密戰友林副主席的決心書》。12月3日，遠居香港的金庸發表社評《林彪漸露跋扈相》：
北京的軍人所以為這小事大舉慶祝，當然是林彪在顯示他槍杆子的力量，不但是做給劉鄧派看，做給周恩來和江青看，也是在做給毛澤東看。為什麼指戰員的決心書不寫給毛澤東而寫給林彪，其中便大有文章。如果毛澤東目前已精力就衰，那就罷了，否則林彪此舉，定然大犯毛氏之忌，這是「震主」和「挾主」之行，什麼時候毛澤東赫然震怒，再來造林彪一反，亦非奇事。
（1969年在中共九大通過的黨章確立林彪為「接班人」後，7月3日，他在《林副統帥，功高震主》社評中預感，「一場新的矛盾和鬥爭，在中共內部又開始醞釀」。）
1968年1月2日，他發表社評《極左派紅衛兵將受整肅》，從「兩報一刊」元旦社論中新一年五個任務的措辭推斷，紅衛兵在今年之內將逃不過被整肅的命運。8月6日他在《敗事有餘，成事不足》社評中斷言：「這場大鬥爭，不管中間有多少反覆，有多少曲折變化，最後的結果非常明顯：紅衛兵永遠不可能得到勝利。如果哪一天紅衛兵真正在全國範圍中取得了勝利，我們的社評立即收檔，從此不寫，因為這是事理之所必無。如果這樣淺白明顯的事情也看不通，也下錯了結論，哪裡還有資格評論天下大事？還不如及早收檔之為妙。讀者們如果不信，不妨將這篇社評剪了下來，立此存照，看我們的判斷會不會掉了眼鏡。」
當江青炙手可熱之時，他在1967年12月15日的社評《「算老幾」江青失勢》中卻說：「江青的突然崛起，當然百分之百是仗了毛澤東的勢，她自己本人在黨內有何資歷？有何貢獻？有何才幹？有何實力？所以中共黨內許多人提到江青時，只稱其為『算老幾』而不名。」
1968年5月27日的社評《女主弄權，必斗將相》講到呂后，武則天，「太陽底下無新事，許多事件似乎很現代化，其實其真正本質，和一二千年前的事並無多大分別」。
12月28日，他的社評《電影明星和自殺》說：「若不是憑著毛氏個人的威信，中共的功臣宿將早已將這個過氣電影明星解決了。……江青只有兩種命運，要麼大權獨攬，要麼就給秘密清算，長期軟禁。……但以江青為人，在毛逝世之後，是絕對不會脫離政治圈的。……國家的政權是一種極為猛烈的毒藥，身體抵抗不住而偏要去服食，那是非死不可的。」
「文革」以來，《明報》頭版幾乎全是「文革」的報道，他開闢「北望神州」專欄，還推出「鄉土」版，每隔幾天就出一期，每期至少佔半版，後來發展為「中國消息」版，成為香港乃至世界了解中國的一個重要窗口（其他報紙紛紛仿效，開闢內地版）。內地稿件的來源一是外國記者對中國問題的報道，或來自外國通訊社，或譯自日本報刊。二是轉載紅衛兵報刊上的文章，先後轉載過《江青上海灘演業史披