馬新貽遇刺後，江寧將軍魁玉用六百里飛驛緊急馳奏朝廷。奏摺送到北京後，十五歲的同治皇帝看了大驚失色，深感駭異，將這一事件比喻為「武元衡盜起身旁」。
武元衡，字伯蒼。緱氏（今河南偃師東南）人。武則天曾侄孫，清雅俊逸如鶴，有唐朝第一美男之稱。曾任西川節度使，與名妓薛濤交好。薛濤所得「女校書」的稱號，就是他向朝廷奏請所得。唐憲宗時任宰相，因力主削藩，遭藩鎮忌恨。元和十年（815）六月初三早朝時，為藩鎮派遣的刺客暗殺，號稱「唐朝第一驚天大案」。次日，清廷連發了四道諭旨：第一，命魁玉督同司道各官趕緊嚴訊，務得確情，盡法懲辦；第二，曾國藩著調補兩江總督，未到任以前著魁玉暫行兼署；第三，密旨安徽巡撫英翰加強長江防務和地方治安；第四，著魁玉督飭司道各官，設法熬審，務將因何行刺緣由及有無主使之人一一審出，據實奏聞。
雍正七年（1729），雍正皇帝在設立軍機處的同時，還建立了「廷寄」制度。「廷寄」與「明發」相對應。所謂「明發」，是指皇帝的諭旨由軍機處代起草後，先經過內閣，次及於部院，層層下發，無須保密，稱為「明發」。而對於需要保密的諭旨，則不經過內閣，由軍機處本處密封后，直接交給兵部捷報處，用寄信的形式發出，直達收件人，稱為「廷寄」（又稱「寄信」）。「廷寄」的內容一般均為機密要事，下發時，根據緩急程度，分為日行三百里、四百里、五百里、六百里，及六百里加快幾種。凡給經略大將軍、欽差大臣、參贊大臣、都統、副都統、辦事領隊大臣、總督、巡撫、學政的叫「軍機大臣字寄」，凡給鹽政、關差、布政使、按察使的，叫「軍機大臣傳諭」。字寄、傳諭封口處蓋有軍機處的印信，封函的表面均註明「某處某官開拆」，只許受命者本人拆閱，不許別人代拆。「廷寄」制度的建立，減少了很多中間環節，加強了中央和地方的聯繫，大大加快了辦事速度；同時，也使得皇帝擺脫了內閣的約束，使皇帝的意志可以毫無阻礙地直達地方。因一件事一天之內連發四道諭旨催辦，這在清朝的歷史上是十分罕見的。四道諭旨的口氣越來越嚴厲，可見清廷一開始就意識到此案非同一般，懷疑張文祥背後另有主謀。
四道諭旨中，最值得關注的是第二道——重新命曾國藩回任兩江總督，這是恭親王奕？的意思。第三道給安徽巡撫英翰的密旨也不容忽視。英翰是滿人，不屬於湘軍一系，而且他本人與馬新貽交好，可以說，是目前朝廷在兩江唯一信得過的實權人物。秘密交代英翰加強防務，實際上就是預防兵變。可見從一開始，湘軍就已經被朝廷放到了懷疑的天平上，現在就要看曾國藩的反應了。
對於曾國藩，執掌大權的慈禧太后和恭親王奕？都對他沒有任何好感。曾國藩之掌握兵權，得力於咸豐朝御前大臣肅順的倚重和推薦。尤其是後來曾國藩得到夢寐以求的兩江總督，全仗肅順的居間運作。說肅順對曾國藩有莫大的知遇之恩，一點也不為過。
恭親王奕？一向與肅順不和。奕？為咸豐皇弟，才幹過人，差點被道光皇帝立為皇儲，所以一直被兄長猜忌。咸豐登上皇位後不久，勒令奕？退出軍機處，改由肅順取而代之。咸豐皇帝重用肅順，明顯有牽制奕？的意思。奕？與肅順從此成為冤家對頭。咸豐皇帝病死於承德避暑山莊後，六歲的兒子載淳即位，是為同治皇帝。以肅順為首的八名「贊襄政務王大臣」受遺詔輔弼幼主，掌管朝政。奕？在皇族宗室中名望最尊，竟然無緣於輔政大臣之列，由此勢必要與肅順等人展開一場權力之爭。
而慈禧太后與肅順的恩怨，則更加是你死我活的局面。昔日漢武帝臨死前擔心「主少母壯，女主幹政」，處死了太子劉弗陵的生母鉤弋夫人，肅順曾經以此故事遊說咸豐皇帝除掉載淳生母懿貴妃，也就是後來的慈禧太后。咸豐皇帝一時心軟，未能下手。後來慈禧太后知道究竟後，恨肅順入骨，務必除之而後快。
而肅順之前曾大力整頓吏治，懲辦貪官，得罪的人不計其數。戊午科場案中，力主將主考官、大學士柏葰斬首；又彈劾戶部寶鈔處與官票所官吏和不法商人因緣為奸，交通舞弊，籍沒官吏、商人數十家。他為人剛硬，辦事不講情面，加上恃寵而驕，目中無人，引起不少王公大臣的嫉恨。這些人為了自己的利益，爭相投奔到恭親王奕？或是慈禧太后門下。其中，就包括手握重兵的蒙古親王僧格林沁和兵部侍郎勝保。
咸豐皇帝臨死前雖然將朝政交給肅順等八名輔政大臣，但為了防止重新出現清朝初年權臣鰲拜欺君專權的情況，又分授私章「御賞」和「同道堂」給皇后鈕祜祿氏和懿貴妃那拉氏（實際上是給了小皇帝載淳，但由懿貴妃掌管），即後來的慈安和慈禧太后。這兩枚私章作為皇權的象徵，代表了至高無上的權力，凡下達詔諭，必須有二章為印訖。由此杜絕了權臣專政，卻也撕開了後宮女人干政的口子。慈禧太后時年二十五歲，沒有年輕守寡的悲痛，反而野心勃勃，不甘心朝政大權落於肅順等人之手。剛好此時御史董元醇上疏，以皇帝年幼為理由，請求由皇太后暫時權理朝政。慈禧太后也一心想效法古人，垂簾聽政，遂聯合慈安太后，努力與肅順八大臣及恭親王奕？爭權。董元醇上奏的第二天，慈禧太后召見肅順八大臣，要求他們照董元醇所奏傳旨實行。肅順等「勃然抗論」，並聲稱自己「系贊襄皇上，不能聽太后之命」。雙方爭論激烈，嚇得同治小皇帝啼哭不止，以致「遺溺後衣」。這便是清朝著名的「垂簾之爭」。最後，肅順等以祖制無垂簾之禮為理由，駁回了董元醇的建議。但慈禧太后並未善罷甘休，開始在朝中尋找新的聯盟力量。
就在慈禧太后、肅順八大臣以及恭親王奕？三方明爭暗鬥、形成三足鼎立之勢時，肅順心腹幕僚王闓運寫信給曾國藩，勸他與肅順聯手，率湘軍入北京，阻止慈禧太后的垂簾聽政。曾國藩表面對這封信沒有作出回應，但內心未必沒有大起波瀾。
就在這個時候，慈禧太后主動聯合恭親王奕？，在北京發動了辛酉政變，搶先逮捕以肅順為首的八名顧命大臣。慈禧太后本想以貪污罪置肅順於死地，不過抄家時才發現肅順各處家產加起來不到二十萬，連恭親王奕？的十五分之一都不到，最後不得不定了個「假傳聖旨」的罪名。八名顧命大臣中，肅順處刑最重，被立即押赴菜市口斬首，怡親王載垣和鄭親王端華被迫自盡，其餘人則被革職。咸豐十一年（1861）十一月初一，慈禧太后與慈安太后在養心殿正式垂簾聽政。由於慈安太后性情「和易少思慮」，不願多問朝政，朝廷大權遂落入慈禧太后一人之手。自此，這個少年喪父、青年喪夫的女人正式登上了中國的歷史舞台。在之後長達四十七年的政治生涯中，她還將經歷中年喪子、晚年喪國的不幸。
牆倒眾人推，肅順敗亡後，僧格林沁趁機將第二次鴉片戰爭期間天津的敗績諉過於肅順。曾國藩對此十分不滿，慨嘆說：「天下無真是非。」以他陰冷虛矯的性格，加上為人之謹慎，出此言語十分罕見，可見他對肅順並非如傳說中那樣沒有任何感情。
咸豐十年（1860），英法兩國政府為了在中國掠奪更多的特權，開始積極籌備侵華戰爭。當年春天，英法兩軍陸續開到中國。六月中旬，英法聯軍艦隊兩次在天津大沽口外集結。當時，清朝負責天津一帶防務的為科爾沁親王僧格林沁。僧格林沁將全部重兵布置在大沽，在北塘一帶只埋設了一些地雷，沒有布置任何防務。此情況被先期到達渤海灣刺探清軍情的俄使伊格納切夫得知後，密報給英法聯軍。於是英法聯軍決定自北塘登陸，再抄襲大沽炮台後路。六月十五日，英法聯軍順利登陸北塘，沒有遇到任何抵抗，大沽炮台立即陷於腹背受敵的境地。七月初三，英法聯軍開始進攻大沽口。鎮守北岸炮台的清直隸提督樂善率守台將士頑強抵抗後，全部壯烈殉國，北炮台最終陷落。駐守南炮台的僧格林沁見大勢已去，率部撤往天津。直隸總督恆福在英軍的威脅下，將南炮台及全部軍火物資拱手交給英法聯軍，自己也逃回天津。僧格林沁撤回天津後，認為天津「較之大沽，不啻天淵」，更難扼守，於是將天津炮台大炮拆下，連夜運回北京，小炮及綠營官兵則撤至通州。此舉相當於將天津拱手讓給了英法聯軍。七月初八日，英法聯軍入駐天津，因與清廷談判無結果，又繼續向北京逼進。咸豐皇帝一面派人與英法聯軍議和，一面令僧格林沁在河西務一帶防堵。談判破裂的當日，僧格林沁兵敗，通州失陷，英法聯軍繼續向西推進。八月初八，咸豐皇帝自圓明園逃往熱河。八月二十一日，英法聯軍抵達北京城下，負責防衛的僧格林沁不戰自潰，退往西郊圓明園。英法聯軍尾追不舍，於次日佔領圓明園。在進行大肆搶掠後，侵略者放火焚燒了這座世界名園。慈禧太后垂簾聽政後，不遺餘力地剷除肅順黨羽，對肅順一手扶持的曾國藩自然也沒有什麼好印象，不過當時湘軍勢大，清廷又需依賴湘軍剿滅太平天國，是以慈禧一直對曾國藩和顏悅色，除了示好籠絡外，別無他法可想。