兩江總督，正式官銜為總督兩江等處地方提督軍務、糧餉、操江，統轄南河事務，是清朝最高級的封疆大臣。清朝初年，該總督管轄江南、江西兩省的軍民政務，由此得了兩江總督這個稱號。後因江南省人多物阜，遂分為江蘇、安徽兩省，分別取名於境內之重城江寧、蘇州和安慶、徽州的第一個字。此後，兩江總督總管江西、安徽、江蘇三省以及江寧布政使司所屬的蘇北地區，總督衙門一直設在江寧。
兩江歷來是人文薈萃之地，也是朝廷的財賦重地，「國家財富，悉出兩江」。兩江總督封疆三省，清朝最主要的賦稅基本上都是來自兩江總督下轄的地區。因此在當時的八大總督（直隸、兩江、陝甘、閩浙、湖廣、兩廣、四川、雲貴）中，兩江總督是最肥的差使。在太平天國之前，兩江總督大多由滿洲貴族擔任，很少輪到漢人頭上。直到太平天國後，清朝廷才不得不重用漢人，而靠湘軍一手發家的曾國藩想得到這個位子想了很多年。
咸豐七年（1857）春，曾國藩以父喪為名，擅自離軍回鄉，並上了一個《歷陳辦事艱難仍懇終制折》，一方面訴說自己報國事君之誠，一方面抱怨自己官職太低，只是個在籍侍郎，沒有兵權、財權和文武黜陟之權，所以辦事艱難。曾國藩原是想藉此要挾朝廷，索取兩江總督實權。不料咸豐皇帝本來就是想利用湘軍消耗太平天國的有生力量，讓滿洲貴族統率的江南、江北大營坐收漁利。加上當時漢人軍機大臣祁雋藻認為曾國藩「以侍郎在籍，猶匹夫耳」，不過一書生，卻能在短時間內迅速組建起湘軍，不由深為忌憚，向咸豐皇帝上奏說「恐非國家之福」。咸豐皇帝趁機順水推舟，批准曾國藩回鄉奔喪不說，還藉機將他湘軍的統率權一併奪走。曾國藩的政敵何桂清則被擢升為兩江總督。
曾國藩偷雞不成反蝕一把米。失去了湘軍，他就失去了在朝中保家立命的根本。追悔莫及之下，只得再上奏摺，表示軍務未定，粵匪未平，自回鄉以後，日夜憂慮，惶悚不安，請求重新統率湘軍，再為朝廷效力。咸豐皇帝素來忌憚漢人，對曾國藩也沒什麼好印象，照舊置之不理。然而，局勢很快就逼迫他不得不以皇帝之尊向曾國藩「匹夫」屈服。
湘軍自建立之初，便是依據明代抗倭名將戚繼光所創的「戚家軍」模式，以家族、同鄉、師生等關係為紐帶，依託於一張強大的私人關係網。整個湘軍從上至下採取層層相依、各對其上級負責的辦法，由曾國藩指定統領，統領自選營官，營官自選哨官，哨官則自行招募什長。各營編列番號，互不統屬，直接受曾國藩指揮。這一套系統，開近代軍閥制度「兵為將有」之先河，成為清代兵制一大變革。最直接的後果，就是導致湘軍具有很強的排他性，除了曾國藩外，旁人很難指揮得動。曾國藩坐了一年多冷板凳後，戰局惡化，湘軍將領完全不服清廷調遣，咸豐皇帝才不得不再次起用曾國藩，但仍然對他心存顧忌，未把他所希望得到的兩江總督位子給他。
直到咸豐十年（1860），清廷用來圍困太平天國京師天京的江南、江北大營徹底瓦解，已經到了無兵可戰、無餉可發的絕境，咸豐皇帝才被迫讓步，不得不將鎮壓太平天國的希望完全放到曾國藩等漢人大臣身上。他這一生中，最不能放心的有兩個人，第一個是他的弟弟奕？，第二個便是曾國藩。要說不放心的程度，曾國藩尚排在奕？之上。可是皇帝現在卻要倚靠一個他最不能放心的人來挽救清朝統治，這實在是歷史絕大的諷刺。
咸豐十年（1860），在御前大臣肅順（清朝宗室，鑲藍旗人，鄭親王烏爾恭阿第六子，鄭親王端華之弟）的傾力推薦下，曾國藩終於如願以償，被任命為兩江總督，統轄江蘇、安徽、江西、浙江四省軍務，巡撫、提督以下悉歸節制，從此集軍、政、財權於一身，成為清軍鎮壓太平天國的最高統帥。
具有諷刺意義的是，恰好就是在這一年，英法聯軍進犯北京，闖入圓明園，大肆搶掠之後，將這座中外馳名、精美絕倫的「萬園之園」付之一炬。圓明園的命運浸透著那個時代的風雨煙塵。最美好的東西，卻被以最粗暴的方式毀滅——在戰亂歲月，中國的人和物的命運常常如此。不過，最具有諷刺意義的是，當外國強盜們將圓明園燒成殘垣斷壁的時候，在中原腹地兩江，號稱大清中興第一名臣的曾國藩卻正在傾盡全力圍剿太平天國。
曾國藩在兩江總督的位子上一坐就是五年。這期間，湘軍已經攻破天京，曾國藩被封為一等勇毅侯，成為清代以文人封武侯的第一人。他隨即被任命為欽差大臣，調去圍剿捻軍，由李鴻章接替他做了兩江總督。不過，李鴻章兩江總督的位子還沒坐熱，曾國藩因圍剿捻軍無功，被免去欽差大臣職務，改由李鴻章接任，曾國藩又重新回來做了兩江總督。
「捻」本為淮北方言，意為一股、一夥。捻子（又稱捻黨）則為明末清初興起於淮河流域的一個秘密民間組織，後逐漸擴大到山東、河南、蘇北等地，成員主要為貧苦農民、小手工業者、鹽販、漁販、遊民等。一股少則數十人，多則數百人，稱為一捻，首領稱為「捻頭」或是「趟主」。各捻之間互不統屬，也無統一綱領、旗幟等。太平天國興起後，各地掀起反清起義高潮，河南、安徽等地的捻子也群起響應。其中以安徽亳州（今安徽亳縣）捻頭張樂行勢力最大，並開始有「捻軍」之稱。各地捻軍起義後，均是各自為戰，很少聯繫。但隨著時局的深入發展，各捻首領開始感到有必要聯合起來共同禦敵。咸豐五年（1855）秋，各路捻軍會盟於安徽蒙城雉河集（今安徽渦陽），公推張樂行為盟主。從此，捻軍聲威大震，由分散漸趨統一，成為北方的抗清主力，也成為太平天國的北方屏障。咸豐七年（1857）二月，太平軍李秀成部與捻軍龔得樹、蘇天福等部會師於霍邱。張樂行力排眾議，率領捻軍加入太平天國，正式接受太平天國的領導。捻軍將士開始蓄長發，軍中也以太平軍旗幟代替原來的五色旗，各部將領接受太平天國封號、印信。兩軍聯合以後，捻軍勢力更為壯大，不僅在淮河流域牽制了部分清軍主力，減輕了天京的壓力，並且與太平軍配合進行過多次重大戰役，有力地支持了太平天國。不過，捻軍參加太平天國是有條件的，即所謂「聽封而不能聽調用」。與太平軍有事則聯合作戰，無事則各自行動，依然保持著某種獨立狀態。同治元年（1862），太平天國英王陳玉成敗死，太平軍皖北根據地完全喪失，軍事形勢急劇惡化。同治二年（1863），清科爾沁親王僧格林沁率軍大肆圍攻捻軍，張樂行連戰不敵，連根本之地雉河集也落入清軍之手，張樂行僅率二十餘人突圍。張樂行與子張喜、義子王宛兒藏匿於鄉民李勤邦家，結果被李勤邦祖侄李家英出賣，被清兵俘獲後凌遲處死。捻軍將領張宗禹、任化邦等率領捻軍余部在河南南部與太平軍賴文光部會合後，奉賴文光為新的領袖。賴文光隨即將捻軍按太平軍軍制進行大規模整編，改建成一支戰鬥力很強的新軍。同治四年（1865），賴文光率捻軍一舉全殲了僧格林沁的蒙古馬隊。僧格林沁本人逃入麥田之中，結果被十三歲的捻童張皮綆搜到，一刀刺死。僧格林沁一直是清廷倚重的猛將重臣，他的敗亡對清朝造成了巨大的震撼，清朝急調曾國藩為欽差大臣督師剿捻。曾國藩採取挖壕設防、堅壁清野之策，力圖圍困捻軍。捻軍首領賴文光為了保存實力，決定將主力分為兩支：由遵王賴文光、魯王任化邦、首王范汝增、魏王李蘊泰等率東捻軍轉戰於河南、山東、湖北等地；梁王張宗禹、幼沃王張禹爵（張樂行侄）、懷王邱遠才等率西捻軍進軍陝、甘地區，與西北回民起義軍聯絡。自此，捻軍分為東、西兩支，互相配合作戰，曾國藩也因為剿捻無功被撤換。同治六年（1867），東捻軍經過贛榆、壽光兩次大戰，主力損失殆盡。當年十二月初八，遵王賴文光搶渡六塘河，率兩千餘人突破重圍，沿運河東岸南下多次，力圖渡過運河，均遭挫敗。不久，賴文光在揚州瓦窯鋪因坐騎為清軍擊斃而被俘，被押到揚州處死。東捻軍失敗。起初，西捻軍得知東捻軍被圍消息後，立即東進救援，計畫直接進攻北京，以吸引清軍主力，解東捻軍之圍。並於同治六年（1867）一月二十二日突破了清軍的黃河防線，經山西、河南進入直隸。同治七年（1868）一月，西捻軍直逼北京西南盧溝橋，京師大震。清廷急命恭親王奕？會同神機營王大臣辦理巡防事宜，又命欽差大臣左宗棠總統直隸境內各路清軍防堵西捻軍。西捻軍因孤軍深入，陷入清軍重圍，因寡不敵眾，損失慘重。最終被圍困於黃河、運河、徒駭河之間。六月二十八日平南鎮一戰，西捻軍全軍覆沒，僅梁王張宗禹率十八騎衝出重圍，不知所終。至此，長達十六年、縱橫八省的捻軍起義失敗。眾所周知，湘軍因曾國藩而崛起，之後湖南名人層出不窮，湖南一省開始在中國近代史上以強者的姿態出現，甚至出現了「中國不可一日無湖南」的說法，成為晚清歷史上顯赫的一頁。
從在朝廷中的勢力而言，湘軍最盛之時，湘軍將領擔任「總督、巡撫，其他專