清同治九年（1870）七月二十六日一大早，小妾鄭氏早早就醒了，馬新貽卻還在熟睡當中。剛想要去推醒丈夫時，鄭氏又有些不忍心起來。她知道丈夫昨夜批閱公文到很晚，上床躺下後又輾轉反側了許久，顯見在苦苦思索著什麼。遲疑了一會兒，見到外面天色已經發亮，鄭氏嘆了口氣，終於還是拍了拍丈夫。
「是誰？」馬新貽如同受了驚嚇的孩子，「騰」地坐了起來，一隻手本能地抄起了枕頭邊的短槍。鄭氏嚇了一跳，不及回答，馬新貽已經反應過來是在自己家裡，嘆了口氣，放下短槍，開始穿衣服起床。一旁的鄭氏有些發愣，獃獃地看著丈夫，想問點什麼，卻又不知道該怎麼開口。
今天會是個大晴天，馬新貽從床上一坐起來就感覺到了。果然，一出門，晨曦中曙光微露，一股清新的氣息撲面而來，令他精神為之一爽，人也立即振奮了起來，他大踏步地向外走去。
本來清朝官員出行，講究大張旗鼓，要使用「儀仗」和「儀從」，官越大，排場也就越大。舉例來說，兩江總督出行，馬新貽本人可乘八人抬的大轎，隊伍最前面有「引馬」兩人，衛士左右簇擁。其他各種儀仗器物如八面青旗，飛虎旗、杏黃傘、青扇、兵拳、雁翎刀、獸劍、金黃棍、桐棍、皮槊各二，四桿旗槍，迴避、肅靜牌各二面，一共是十三種三十四個。儀仗中還有專人負責鳴鑼開道。鑼聲也有講究等級，總督出行，鳴鑼六錘半（敲鑼後立即用手捂住鑼面，不讓鑼聲蔓延，稱為半錘），而州、縣官出行時，開道鑼只能鳴三錘半。總督所過之處，百姓必須肅靜、迴避。
不過，因總督衙門尚在修建中，馬新貽自上任兩江總督以來，一直暫借江寧府衙門作為總督署，閱射的校場也實際上是江寧府的校場。校場位於江寧府衙門西邊，二者各自獨立，並不相連。但江寧府後院的西門卻有一條箭道直通校場，距離不遠，因而馬新貽閱射也沒有搞過儀仗那一套，歷來都是經箭道徒步來往於衙門和校場，既不騎馬也不坐轎，為的是圖個清靜方便。他性格務實，從這點上也有很好的體現。
出了署府後門，馬新貽便直奔校場演武廳，心腹家丁張榮緊隨其後。除了負責警衛的督標中軍副將喻吉三，武巡捕葉化龍、唐得金外，跟在其身後的還有方秉仁、劉雲青、潮貴枝、王長發等八名差弁。
當時總督閱射已經成為江寧的例行儀式。課試時，允許當場投考員弁，因而每個月閱射時都有五六百人趕來投考，希望能就此吃上軍糧。加上允許普通百姓圍在校場外觀看，也有不少好事者趕來圍觀。再算上委考各道（除馬新貽外的閱射官）所帶的家丁轎役，委實有不少人，圍在校場外和箭道兩旁，煞是熱鬧。
閱射於五點準時開始。當天閱射分為四棚：馬新貽親閱頭棚；洋務局張道台閱第二棚；總務巡營處楊道台閱第三棚；總理保甲局郜道台閱第四棚。檢閱的內容包括洋槍打靶、抬炮動作、長矛對刺，馬新貽最為關注的是新兵使用洋槍射擊。他一向對這四營新兵要求嚴格，規定每日操演兩次，是以新兵動作嫻熟，槍法的準頭也很好，令人滿意。馬新貽的臉上終於露出了微笑，自昨日一早以來強烈的不安感終於消失了。
上午九點左右，馬新貽檢閱頭棚武生月課完畢，不過其他三棚尚未完成。外面艷陽高照，開始有些熱的感覺，正好馬新貽腹中有些飢餓，便不等其他三棚閱射完畢，交代督標中軍副將喻吉三留在演武廳中照料其他三棚後，先行由箭道步行回署。
此時，趕來看熱鬧的百姓並未立即散開，而是依舊聚集在校場外和箭道兩旁。這條箭道，實際就是府署外的一條小路，非常的長，且屬於公共地區，因此警衛不似校場那樣兵士林立。一行人中，武巡捕葉化龍和唐得金在前面領道，差弁們擁著馬新貽跟在後面。
當馬新貽走到後院門外、正要進去時，突然有一人奔上箭道，跪在他面前，操著山東口音叫道：「大帥！」雙手將一封信舉過頭頂。馬新貽認識此人，他是武生王咸鎮，因好賭輸了錢，曾經兩次以山東同鄉的名義向馬新貽求助，索要回鄉的路費。馬新貽接過信，一邊翻看一邊詢問道：「你怎麼還沒有回去？」王咸鎮回答說：「回大帥的話，盤纏用完了。今天特來相求大帥。」馬新貽有些不耐煩起來，反問道：「之前不是給過你兩次盤纏嗎？你怎麼又來了？」
武巡捕葉化龍見馬新貽神情不悅，立即上前將王咸鎮推開，另一武巡捕唐得金隨即上前查問。馬新貽一行繼續前行。剛走了兩三步，右邊又有一人高聲喊道：「大帥申冤！」快步走到馬新貽面前跪下。
按照清朝律例規定，遇到這類百姓攔路喊冤的情況，官員必須受理接狀子，不然就是「不作為」。馬新貽當即停了下來，正準備盤問究竟，剎那間，那人右手從靴筒中取出了一把明亮的短刀，站起來直撲馬新貽。馬新貽猝不及防，竟然沒有抵擋。那人左手拉住他的手臂，右手往上一遞，只見亮光一閃，短刀已經刺入他的右脅肋下。
馬新貽就在這個時候看清了刺客的臉——他的眼睛裡閃耀著猙獰可怕的光芒，臉上滿是興奮和得意之色，整個人呈現出一種生動的刻毒報復的神氣。馬新貽突然大喊了聲：「扎著了！」他是山東人，有濃重的山東口音，旁人聽起來則是：「找著了！」
刺客先是一愣，顯然對馬新貽沒頭沒腦地喊上這樣一句話感到莫名其妙，隨即絞動著短刀，用力向下拔出。由於用力過猛，短刀竟然已經卷作螺旋狀。
從上前，到刺殺，到絞刀，到拔刀，動作一氣呵成，嫻熟快捷，沒有任何遲滯，刺客顯然是訓練有素的職業殺手。
短刀一經拔出，馬新貽腹部鮮血汩汩流出，瞬間染紅了半邊身子。他再也站立不住，當即仆倒在地。
事出突然，周圍的人一時都沒有反應過來。距離馬新貽最近的差弁方秉仁先是愣了一下，這才上前抓住刺客的辮子，奪過他手中的短刀。其他差弁一擁而上，將刺客扭住。不料刺客既不抗拒，也不逃跑，束手就擒，態度極為從容，口中還不停地嚷道：「刺客就是我張文祥。養兵千日，用在一朝。大丈夫一人做事一人當，今日拚命，二十年後又是一條好漢。」說罷仰天狂笑。
家丁張榮急忙扶起馬新貽，只見他面如土色，雙手緊抱胸部，右臂緊緊夾著右肋，萎縮著身子，已經無法站立。差弁們急忙就近取下一塊門板，將馬新貽抬進江寧府衙門救治。
兩江總督是威震一方的封疆大吏，竟然於眾目睽睽下遇刺，這在清朝開國二百三十多年來還是第一次。此事一經發生，立時風傳四方，朝野震驚，舉國矚目。人們最好奇的是，刺客張文祥到底是何方神聖，從何而來？如何刺殺了隨從眾多的兩江總督？昔日荊軻刺秦王，窮盡心智，依舊不能得手，張文祥又是如何能在電光火石的瞬間一擊而中？
駐紮江寧的地方官員聞訊後大驚失色，江寧將軍魁玉、江寧知府孫雲錦、署理藩司（布政使）孫衣言、臬司（按察使）梅啟照、學政殷兆鏞等即刻趕來江寧府衙探視。只見馬新貽仰卧榻上，臉色慘白，精神十分萎靡。
江寧城中最好的大夫已經都在最短的時間內被召到江寧府衙，但一看馬新貽的傷口深至右肋數寸，血跡模糊，人人搖頭，表示即使華佗再世，也無回天之力。到場眾官員面面相覷，除了不斷用衣袖抹滿頭的汗外，都束手無策。
此時，馬新貽尚能開口說話，他先是當眾口授遺疏，由兒子馬毓楨（馬新貽無子，以四弟馬新祐之子馬毓楨為子）代為書寫，請江寧將軍魁玉代呈朝廷。遺疏內容如下：同治九年七月二十七日
奏為微臣猝被重傷，命在頃刻，伏枕哀鳴，仰祈聖鑒事。
竊臣由道光二十七年進士，以知縣即用，分發安徽。到省後迭任繁劇，至咸豐三年以後，軍書旁午。臣在營防剿，隨同前漕督臣袁甲三等克複鳳陽、廬州等城，馳驅軍旅，幾及十年。同治元年苦守蒙城，仰托國家威福轉危為安。旋蒙文宗顯皇帝及皇太后、皇上特達之知，洊擢至浙江巡撫，升授浙閩總督。同治七年六月，恭請陛見，跪聆聖訓。出都後，行抵濟寧即蒙恩命調任兩江總督，九月到任。兩江地大物博，庶政殷繁。江寧克複後，經前督臣曾國藩、前署督臣李鴻章實心整理，臣適承其後，謹守成規，而遇事變通，總以宣布皇仁休養生息為主。本年來暘雨幸尚調勻，民物漸臻豐阜。臣寸衷寅畏，倍矢小心，儉以養廉，勤以補拙，不敢稍逾尺寸，時時以才智短淺，不克勝任為懼。
五月間，天津民教滋事，迭奉諭旨，垂詢各海口防守事宜。臣一聞外人要挾情形，憤懣之餘繼以焦急，自顧身膺疆寄，苟能分一分之憂，庶幾盡一分之職。兩月來，調派水陸各營並與江皖楚西各撫臣，及長江提臣密速妥商。所有公牘信函皆手自披答，雖至更深漏盡不敢假手書記。稍盡愚拙之分，彌懍縝密之箴。所有水陸布置事宜，甫於本月二十五日詳析密陳在案。二十六日遵照奏定章程，於卯刻親赴署右箭道校閱武牟月課，巳刻閱竣，由署內後院旁門回署。行至門口，