熹宗皇帝死後，祟禎登場，他先打掉魏忠賢反動集團，然後把目光轉向了遼東的冰天雪地。得有個人替他在遼東幹活。
祟禎想：「讓誰去好呢？」
於是群臣推薦已經辭職的袁祟煥：「陛下，就讓袁祟煥來吧，經略遼東，這活誰都不幹，他卻非要搶著干，這不擺明缺心眼嘛……不對不對，這不擺明了他還是希望表現一下的吧，就給他一個機會，如何？」
「好，疑人不用，用人不疑。」祟禎皇帝道：「既然要用袁祟煥，那就給他全權，去後宮拿柄沒開刃的劍來，就當尚方寶劍給袁祟煥送去吧。」
對於袁祟煥獲得了負責遼東全部權力的現實，朝臣都未置可否——畢竟自己不想去遼東，別人也不樂意去，這活只能交給袁祟煥，這是沒辦法的辦法。
但是，卻有一個人，對於袁祟煥的任命表示了最大程度地不屑。
皮島毛文龍！
駐紮在皮島上的毛文龍所部，大概應該算是中國歷史上比較早的東北抗聯了，其司令官毛文龍在極為惡劣的環境與條件下，堅持不懈不屈不撓地給努爾哈赤及其繼任者皇太極添麻煩。但是毛文龍和袁祟煥之間，同樣也存在著矛盾，這矛盾是什麼，誰也說不上來，總之就是你不服我，我不忿你，相互稱呼，也不是以友軍相稱，而是認為對方是頑軍。
總之，在袁祟煥看來，他所面對的局勢比較地嚴峻，他要與努爾哈赤的兒子皇太極的敵軍作戰，要與歸順了皇太極的偽軍作戰，還要與毛文龍的頑軍不斷的內耗摩擦，這樣不行，這樣下去怎麼行啊。雙拳難敵四手，一人難斗敵偽頑，攘外必先安內啊，還是要一個國家，一個主義，一個大老闆……於是袁祟煥來到皮島視察，等毛文龍出來迎接的時候，袁祟煥對毛文龍深深地掬躬，說：「你是為國家立了戰功的人啊，請允許我在殺你之前行個禮吧。有請尚方寶劍，斬毛文龍！」
有關袁祟煥斬毛文龍，史家眾說紛紜，有的說該殺——袁祟煥既然已經被授命負責整個遼東的軍事工作，那麼毛文龍就應該緊密地團結在以袁祟煥為核心的領導班子周圍，可毛文龍堅決不肯團結過來，豈不該殺？也有人認為不該殺——再怎麼說，毛文龍也是友軍啊，是皇太極的死對頭。正所謂遼東一葉，千古奇冤，兄弟鬩牆，自相殘殺，這豈不是令親者痛，仇者快嗎？
但是說什麼都沒用了，反正毛文龍已經被定點清除了。
——不過話再說回來，即便袁祟煥殺毛文龍不對，那應該如何責罰他？
要不要把他全家千刀萬剮？要不要把他的肉削下來煎炒烹炸？
如果你回答說應該——那你肯定是祟禎皇帝，因為他正是這麼乾的。
話說袁祟煥殺掉毛文龍而後，女真人皇太極改國號為大清，遂率部族戰士繞道喜峰口，嗚嗷怪叫著向著北京城撲了過去——單從軍事的角度上來說，皇太極這麼個搞法，無異是找死，只要袁祟煥從後面一抄後路，守衛北京城的明軍在兩廂里一夾，大清帝國就徹底江湖除名了。
然而軍事是軍事，大明帝國最重要的不是軍事，而是政治。政治就是，眼下皇太極率清軍圍北京城，你身為三軍統帥，必然要在第一時間趕到北京城下護駕，以免祟禎皇帝被嚇到。應該說，袁祟煥多少還是有點政治頭腦的，在大是大非面前，他經受住了考驗，率軍疾馳，狂追皇太極，一路追逐到了北京城下，與皇太極展開了北京決戰。
正當袁祟煥跟皇太極較勁的時候，祟禎皇帝突然宣召他人城。袁祟煥去了，就聽祟禎皇帝溫柔地問道：「阿煥啊，你丫為啥要殺毛文龍？」
毛文龍？袁祟煥還沒弄明白是怎麼一回事，早有勇猛的錦衣衛撲將上來，將他拖進了天牢之中。
袁祟煥被捉，嚇壞了他部下戰將祖大壽，祖大壽當即掉頭狂逃，摧毀山海關，向荒山野嶺飛奔，幸虧是袁祟煥在天牢里寫了封信，才又把祖大壽叫了回來。
祖大壽回來了，這就證明袁祟煥對大明帝國絕無二心，朝臣們長鬆了一口氣，也不理會在城外嗚嗷怪叫的清兵，商量如何宰殺袁祟煥。
要殺袁祟煥，就需要先解決兩個問題——他有什麼罪？應該如何一個殺法？
而且，這裡的定罪與刑罰，同樣是一個政治問題，而非一個法律問題。
什麼叫政治問題？什麼又叫法律問題？
法律問題就是，該什麼罪就定什麼罪，該怎麼懲罰就怎麼懲罰。罪狀越嚴重，懲罰的手段也越重。
政治問題就是，有沒有罪，是次要問題，琢磨個罪名，更重於實際。此外就是，定的罪名越重，懲罰反而越輕，定的罪名越輕，懲罰反而越重——徜若袁祟煥真的是漢奸叛徒，那問題就好辦了，鐵定是當廷釋放，並委託他作為中間人與滿清議和。然而糟糕的是，袁祟煥偏偏不是漢奸，又沒有什麼非殺不可的惡行，這下子他可就慘了。
再說清楚些，就是徜若袁祟煥罪該萬死，這恰恰是展示祟禎皇帝仁君氣度的好機會——朕赦你無罪！正是因為有罪，所以皇帝才可以開恩赦你無罪。偏偏袁祟煥真的是沒什麼罪，最多不過是殺掉毛文龍，可他卻是負責遼東軍事的一把，祟禎又授予了他尚方寶劍，殺得對錯倒還在其次，至少袁祟煥是有這個權力的——即或不然，毛文龍殺錯了，那也不過是決策錯誤。既然要決策，總難免犯錯誤，不至於把袁祟煥千刀萬剮吧？所以朝臣們議論來議論去，最後擬定的懲罰是將袁祟煥千刀萬剮。而且這已經是法外開恩了，因為袁祟煥家裡還有一個小女兒，會議上有人強烈要求，把袁祟煥的女兒拖出來，拉到街頭剝除衣衫，再把小女孩身上的肉一片片削下來。只是因為這一招太過於陰毒，最後被大家否決，那可憐的女孩子被流放充軍，發配到三千里以外——為什麼要對袁祟煥如此殘忍呢？
已經說明白了，因為袁祟煥無罪。
史學界還有一種觀點，認為袁祟煥死得不冤。因為袁祟煥在經略遼東的時候，確實是犯下了一些錯誤。但這個解釋遠不足以說明白，僅以袁祟煥犯下的錯誤而論，千刀萬剮的酷刑，是否罪如其罰？真要是犯錯就活該千刀萬剮的話，無論如何也輪不到袁祟煥第一個挨刀。
所以袁祟煥是否有錯有罪，這個跟他的凄慘下場，沒絲毫關係。
事實上，袁祟煥是當時唯一干實際工作的人，即便工作中有錯有罪，也不該當此酷刑——但是顯然，百姓們不這樣想。史書上記載，當袁祟煥被剮的時候，百姓們激動得紅光滿面，蜂擁上前，用牙咬用嘴撕，袁祟煥還沒有死盡，他的腸子已經被百姓強用牙咬著，揪出了體外。有人說百姓不知道事情究竟，以為袁祟煥是漢奸，所以恨之入骨——這種辯解就沒什麼意思了。你什麼也不知道，哪來的如此酷毒之恨？
實際上，袁祟煥被屠殺的唯一原因，就是他是大明帝國時代唯一有良知的人。或者說，他是唯一為國家做事的人，他好傻好天真，不知道做事就難免犯錯，而這個國家對於犯錯的人，向來是趕盡殺絕，不留情面的。
追根溯源，祟禎當是袁祟煥之死的罪魁，這個心理異常的帝王，他非唯沒有能夠修正大明帝國那已經跌破底限的不良社會法則，反而將這種不公正推至了極限之極限。