自公元7世紀以來，日本的意識形態一直在強化一個「神國說」，即日本人來自一個共同的祖先——天皇家族，天皇家族來自於太陽女神，第一代天皇神武天皇就是開天闢地的太陽女神的孫子，此後，神武天皇的子孫便由天神立法，世世代代統治日本。
日本的考古學家和歷史學家自明治維新之後，花費了巨大的代價企圖用現代科學技術手段證明這個神話，其結果卻適得其反。上個世紀80年代，日本學者在奈良地區發現了日本天皇家族的古墓群，古代天皇墓中出土了大量的高麗（朝鮮）或類似於高麗甚至中國的手工藝品，這使日本人非常擔心棺材打開後還會發現什麼對他們更為不利的東西。因此，日本宮內廳以「皇室古墓是神聖不可侵犯的禁地」為原因，至今未發掘石棺。
大和民族究竟形成於何時，先人來自於何方，在渺茫的史詩和紛紜的傳說中早已不可追尋。據日本歷史學家研究，至少前十餘代天皇，無法考證，其後的譜系也多有不足憑信之處。
在日本石器時代（繩紋時代）行將結束的公元前400年，中國已經處於春秋戰國時代，形成了由富裕的貴族和貧窮的平民組成的帝王之國；人們居住在高牆保護的城鎮中，國家正處於向中央集權過渡的階段，此後不久，中國變成了世界上最大的帝國。到了這時候，中國人至少已經有了900年的文字書寫史，1500年的金屬工具史，並且剛剛發明世界上第一個鐵器。這些發展同樣傳播到韓國。
事實上，日本古代歷史還要到中國史書中進行考證，公元2世紀以後，中國進入了漢朝的鼎盛時期，亞洲大陸先進文明開始大規模地進入日本列島，隨著移民不斷的遷入，日本列島的生產力條件大大提高，社會階級分化加劇，各部族軍事首領的戰爭形態也日益激烈，導致了日本列島的部族大混戰。
據《三國志》中《魏志·東夷傳》倭人條（通稱魏志倭人傳），用了約兩千字的篇幅介紹了三國時代倭國的情況。這篇文章里提到了當時在日本有一個很大的女王國叫作「邪馬台國」，下屬30多個小國。統治該國的女王就是「卑彌呼」。書中記載道，邪馬台國雖然歷代也以男人為王，但是在連續六七十年的戰亂之後，他們擁立了卑彌呼擔任女王。卑彌呼擅長用鬼神之事迷惑百姓，年紀雖然很大卻沒有結婚，只有弟弟輔佐朝政。卑彌呼為王以來從來沒有外人能夠見到她的面，只有千名仕女以及一名送伙食的男人出入宮闈。
據記載，公元238年，卑彌呼派遣使者難升米朝見魏明帝曹叡。魏明帝賜予卑彌呼以刻有「親魏倭王」的紫綬金印一枚，包括銅鏡百枚在內的禮物若干。邪馬台國與另一個由男王統治的狗奴國向來不和，她特地再次派遣使者來到魏國求助。魏明帝派出使者表示支持邪馬台國，但是狗奴國對魏明帝的檄文卻似乎並不在意。在長期的戰爭中，卑彌呼去世了。邪馬台國擁立了一名男性為王，但是國中卻引起大亂，只好再度擁立卑彌呼一族的女性「台與」為女王，這才平息了內亂。後來，台與再度派遣使者來到中國。此時三國時代已經結束，晉朝佔據了主導地位。再往後，邪馬台國就從中國的史書中失去了蹤影。
據有關專家考證，邪馬台國位於日本九州島和本州島，對日本人此後的歷史文化產生了巨大的影響，許多日本民族的精神和風俗在這個國家得以奠定成型，中國語言學家鄭張尚芳認為邪馬台是Yamato（日語大和）的音譯。二者之間的傳承關係可見一斑。
邪馬台國官吏從中央到地方分七級。中央一級官員由大倭、大率、大夫組成。大倭管理市場，大率是巡視地方的監察官，大夫是刺史。對外，卑彌呼遣使曹魏，受封為親魏倭王，對內專心對抗狗奴國。而那些不接受邪馬台統治的小國，則認為自己是吳泰伯（春秋戰國時期吳國第一代君主）之後，與吳國親近。
邪馬台國形成了日本最初國家的雛形，支配著日本民族後來的本土信仰和日常習俗。在邪馬台國，其政治制度是建立在嚴格的社會等級之上的，人群被劃分為貴族（大人）、平民（下戶）、奴隸（生口和奴婢）幾個等級，大人皆四五個妻子，是上層統治者，下戶則有兩三個妻子。兩者間的地位與尊卑差別明顯。而奴婢和生口則具有奴隸性質。政治權力在以國王為中心的貴族中按等級分配。邪馬台國以及在此基礎上形成的大和國都奉行嚴格的等級制度。
這種等級制度在日本人心中形成了極其牢固的等級思想，並在大和國建立後更加強化。對內，日本人把人們分成天皇、貴族、武士、農民和商人、賤民等若干等級。對外，日本人則把日本人理所當然地排在了地球人的第一等，以下依次是歐美人、中國人、朝鮮人、蠻夷人等等。
中國社會科學院人類學家湯重南指出，日本天皇的血統問題是日本歷史學的一段公案，至今無解。即便在日本學者那裡也沒有統一答案。首要的原因是日本早期歷史記載一度是個空白。「日本國沒有完整的歷史，而更多的是神話傳說。其中包括許多虛構的歷史」。
現在研究者把日本民族的起源歸於以下幾個版本：來自中國東北通古司的騎馬民族；來自稻作文化發達的中國江南；來自阿拉伯文明；來自中國雲南，因為歷史上這兩個民族都有「黑齒」的習俗；此外，還有東南亞、蒙古高原等說法。湯重南分析，日本人的祖先的確應該有中國血統，但是最終形成了一個多族雜交的日本民族。
有學者認為，日本最早的天皇應該是公元6世紀在位的繼體天皇，之前並沒有相關記載。後來日本為了美化和延長自己的歷史，編撰了一個「辛酉年革命」，於是把時間前推，從公元601年一直往前推了1260年，並且人為製造了一個神武天皇，作為日本天皇歷史的發端。實際上，連日本研究者也承認這個神武天皇是不存在的。繼體時期日本還非常野蠻落後，中國已經到了隋唐時期，日本還是部落等地方政權割據。部落的首領叫做大王，後來才演化為天皇。更多的人相信，「繼體」這一稱謂就是表明了當時的日本體制發生了轉折性的變化，而且是非常大的變化，這個應該是日本天皇雛形最早出現的時期。
打開世界地圖，人們很容易發現，日本位於亞洲的最東面，太平洋的西北角。在大約1.5萬年前，日本列島仍舊與亞洲大陸相連，此後，日本各地發生海進，出現了日本海，先後形成了朝鮮海峽、津輕海峽、宗谷海峽等。從此，日本逐漸脫離大陸。到距今1萬年前，成為今天的日本列島。
從日本往東，是浩瀚無垠的太平洋。從日本往北，是荒涼的西伯利亞。從日本往南，是太平洋最深的馬里亞納海溝。以上三面，都決定了日本人被上帝安排在了一個與世隔絕的絕望境地。可以說，日本所處的地理條件和資源環境使它最有可能成為地球上一個被遺忘的角落。
日本資源極端匱乏，其陸地上除了盛產木材以外，基本上沒有什麼可用的能源。日本本島65％以上是山地，不利於農耕。在狹窄的日本島上，只有20％的田地適合於耕作，而且每塊耕地平均面積不超過2.5英畝。日本還是世界上自然災害最頻繁最嚴重的地方之一，颱風、地震、海嘯、火山爆發以及洪水暴雪，一樣也沒少。在日本列島周圍，每天3級以上的地震就有四次，日本國內共有活火山83座，佔世界活火山總數的1/10，而且日本1/4的國土被火山噴出物覆蓋著。日本國內沒有大江大河，不具備產生原始文明的條件。更可怕的是，日本自古以來就屬於人口密度最高的地區，貧瘠又狹窄的島嶼上，又必須承載著這麼多的人口。如果讓日本人株守孤島，沒有外援，那麼，這個地方遲早就會變成一個死島。
可是，造物主在它的西面，安排了一個最敦厚的鄰居，那就是漢文化發源地，世界上最古老繁榮的文明古國之一——中國。而且更有意思的是，日本離中國之間的海運直線距離為700餘公里，通過朝鮮半島陸路來華也不過500公里。這樣的一個地理環境的安排使日本處於一個絕佳的自衛地位。首先，中國人要跨海襲擊日本，700多公里的海運距離是一個大陸民族難以輕鬆逾越的。而從陸路進攻日本列島，不但要越過崎嶇的朝鮮山脈，還要準備越過日本海峽的海軍，這也是冷兵器時代很難實現的。而這樣的地理位置對日本人則極為有利，當需要襲擊中國時，淺淺的日本海峽對於人人熟悉海潮的日本人來說，如同兒戲。而一旦戰爭失利，撤回本土就意味著安全，因為中國人從來就是大陸民族。
中華文明自有文字記載的歷史就已經有了5000多年，從中華文明進入成熟期的漢朝開始，日本文明才在世界文明史上第一次露出了身影。世界上用文字記載日本人歷史的不是日本人自己，而是中國人。
中國的東漢時期的史書中，已經有關於倭人的記錄，大約是說，在朝鮮附近的大海上，有倭人居住，那裡的人身材矮小，所以稱為倭人。倭，就是矮小的意思。當時的日本，還處於刀耕火種的蠻荒時代。
古代的日本人只能