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段祺瑞在威海隨營武備學堂作教官一干就是6年，直到l896年袁世凱奉命在天津小站督練新建陸軍，他才由威海被派往小站任新建陸軍炮隊統帶。這一年，段祺瑞32歲。
威海6年，隨營武備學堂為清軍培養了大批骨幹，這便為段祺瑞話來的軍統天下打下了基礎。
段祺瑞在威海期間，中國面臨著深重災難，1894年7月23日．日本軍突然進攻朝鮮王宮，擄去國王李熙，隨即對中國不宣而戰，進攻樂山的清軍這便是甲午中日之戰的開端。
中日之戰中方主帥是李鴻章，他的淮軍和所練北洋海軍，士氣消沉，不堪一擊，加上腐敗透頂的清政府無力抗敵，結果一敗塗地，旅順港所建炮台不聞炮響即淪於日軍之手。
清軍戰敗，李鴻章成了眾矢之的。同時。一個《馬關條約》，不僅承認了日本對朝鮮的殖民統治權，還把中國的神聖領土一台灣、澎湖和遼東半島割讓給日本；另外，在中國內地加辟了沙市、重慶、杭州、蘇州四個通商口岸，允許日本臣民在中國內地開設工廠，允許日本船隻在中國內河自由航行。中國還賠償日本戰費白銀二萬萬兩……中國人民陷入了深重災難之中。
在中國災難之中有一個人物活躍起來，他便是剛從朝鮮回國袁世凱機靈透頂，從朝鮮回來，看到中國的慘敗，便認定是敗在軍隊不景氣上。要改變大局，必須對軍隊進行徹底改革。於是，他就把自己在朝鮮接觸到的朝鮮、尤其是日本軍隊情況，再加上西方軍隊情況的有關材料匯在一起，請人捉刀寫了一部《兵書》發表出去。
袁世凱是不通軍事的，只是東拼西湊才湊成兵書。哪知這部《兵書》竟使他發了跡——清軍落後，管軍的人也守舊，何時見過這些新東西?何況處在國家「病重亂投醫」之際，結果，這《兵書》驚動了朝野上下。皇族奕瑕、奕勖會同軍機大臣翁同穌、李鴻藻、榮祿等奏請朝廷改革軍制，建議編練一支新建陸軍。因為袁世凱寫過兵書，便保舉袁世凱負責督練。
新建陸軍歸北洋大臣節制。此時，李鴻章已失寵，新任直隸總督兼北洋大臣是王文韶，由他決定，練兵處設在天津東南約70里的新農鎮。這裡是天津與大沽口之間的一個小站，所以，就叫它「小站練兵」——這就成了歷史上一個新名詞。
小站練兵是採用西式武器和編製，配有步兵、炮兵、騎兵、工兵等多兵配合。這就勢必要用一批新式武備學堂畢業的學生來當教官。袁世凱便去找曾任過武備學堂總辦的旗族道員席昌，請他推薦高材生來當教官。腐昌自然想到了段祺瑞，便極力推薦。袁世凱一聽，段既是高材生，又留學過德國，當然極表歡迎。這便開始了袁段的歷史結合。
小站有兵，不是從袁世凱開始的，最早是李鴻章。他曾派淮軍一部駐此。那是按照他「寓兵於農」的設想派駐和訓練的，軍隊一邊從事屯墾，一邊訓練。淮軍調走之後，1894年又派長蘆鹽運使胡炳櫱來此訓練「定武軍」，聘請德國教官主持。胡部調走之後，袁才來接統「定武軍」，以「定武軍」作為編練新建陸軍的底子。這個隊伍原為10個營，4750人，其中步兵3000人，炮兵l000人，工兵500人，騎兵250人。袁世凱又擴兵2500人，這才改名為「新建陸軍」。袁世凱有雄心，他要把這支新建軍隊練成最先進的部隊。他在小站成立了「新建陸軍督練處」，聘請老朋友徐世昌為營務參謀，靠段祺瑞等人用新辦法來進行督練。而段祺瑞也想在這個學堂之外的軍營中展示自己。
段祺瑞第一次見袁世凱，便出現了一段戲曲性的奇緣——
那是在小站軍營中的一間平房裡，袁世凱和徐世昌圍在一張八仙桌邊正磋商練軍計畫。雖然有人報「段祺瑞來見」，袁世凱只「嗯」了一聲，仍聚精會神於計畫，並沒轉神於段祺瑞。
袁世凱雖然東拼西湊寫了《兵書》，他畢竟是文人出身，更未經過征戰；徐世昌雖是進士，卻也不潤兵。談來談去，都是紙上的東西。段祺瑞一是年輕氣盛，一是自己經過武備學堂和德國軍校的專業訓練，自覺胸中有軍，便貿然插語。「二位大人所論，自然都是練軍要事。但卻顯不夠。依在下之見，訓軍要旨，著重為兩大要領，在將以謀，在兵以勇。這謀勇又可分別為……」
袁世凱轉臉朝說話人打量一下，不認識。便問：「你是什麼人?」「在下段祺瑞。」段祺瑞行了一個軍禮，又說：「特來向大人報到。」
袁世凱站起來了，忙說：「你就是要來作炮隊統帶的段祺瑞?」「是在下。」
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「好好，請坐。」袁世凱作了自我介紹之後，又把徐世昌介紹給段祺瑞：「這位是新任營務參謀、徐進士世昌、徐卜五大人。」
「見過徐大人。」
徐世昌欠了欠身，表示還禮。「歡迎段統帶。」他側目望了望段祺瑞，又說：「剛才聞段統帶所說，卜五十分敬服。段統帶是李中堂武備學堂的第一高才，又是留過德的，治軍之略，自然比我們這些文人高明。我甚盼領教段統帶對謀、勇之高見。」
在下信口所言，不敢妄自高明。」段祺瑞這才想到自己剛剛狂言了。
袁世凱卻搖著頭，說：「既然走到一起來了，都是受朝廷所派，為興旺國家練兵，自當各盡其能，何必謙虛。段統帶你就說明所見吧，我們也好一同磋商。」
段祺瑞這才點點，說出自己的見解。「戰爭的謀略，這是為將者首要。謀略，在下認為系泛指軍事對抗和軍事實踐中所施行的手段；或者說，是作戰雙方為達到以巧制勝，以小的代價換取大的利益，在戰略、戰役、戰鬥中，指揮者總結和探索的軍事鬥爭規律。中國古代戰爭最有名的總結便是『孫子兵法』和『三十六計』；這方面的戰例則不勝枚舉，如宋楚爭霸的『泓水之戰』，晉楚之間的『城璞之戰，，齊魏之間的『馬陵之戰』，秦趙之間的『長平之戰』等等，都是以指揮將領的足智多謀而取勝的。謀在戰爭上至關重要。作將者，必須有謀。而作兵者則不然，……」
t·那該如何?」袁世凱問。「是不是你說的勇?具體如何解釋?」段祺瑞見這兩個文人早已聽得入了迷，心中暗喜，大著膽子把自己的腸肚都搜刮乾淨。他說：「勇，切不可理解只是武夫。武夫之勇，絕不可取!」
「統帶說的勇，如何理解?」徐世昌問。
段祺瑞對徐世昌點首微笑，說：「我們練出的新軍，要是一支勇敢的軍隊。勇，我覺得要具備兩個內涵：其一，要讓每一個兵都知道為什麼要打這一仗?戰爭是血與火的較量，不懂得流血的意義，就沒有勇氣去流血；其二，要讓每一個兵都會用武器。古代戰爭憑武力，今天戰爭要用槍炮，兵必須會使用槍炮，還得使用的精確。否則，手中的武器都不會用，依何趨敗敵人?」
好!段統帶所見甚是!」袁世凱走上去，拉住段祺瑞的手，大有相見恨晚之感。「好好，我們就要練出一支這樣的軍隊，步兵這樣，騎兵這樣，炮兵也這樣!段統帶，你坐下，咱們共同商討練軍大計。」俟近渤海灣的新農鎮，雖有小站之名，卻無小站之實，一天之中，不知有無一二輛車子行走在天津、大沽口之間。就大沽口而言，也空留下一片海港。
新秋的小站，曠野一片蕭疏。土牆草頂的軍營，一群群出出進進的年輕大兵，還算有點精神，唯有那二干余新募來的年輕人，卻像布滿天空的烏雲一樣，個個臉色灰暗——他們心系著剛剛離開的家。
段祺瑞只在炮兵營房走了一圈便回到自己的住處。他尚未思考如何帶好這l千位炮兵，他只在想在小站這片地方如何安排自己?他很滿意他和袁世凱的相遇。相比之下，他覺得袁世凱比徐世昌要強。徐世昌，一個書獃子罷了。
段祺瑞並不完全了解袁世凱。到小站來之前，他知道自己要在這位還沒大有名氣的河南人屬下帶軍了，他不能不了解了解他。可是，那時候的袁世凱並沒有什麼影響，只是一個小人物，若不是在朝鮮呆了l2年，他還不是一個平平小軍人。他走了李鴻章、奕瑗等人的門子，才混了個道台銜來建新軍。段祺瑞也明白：袁世凱能擔此任，證明了他不簡單，「此後在他手下領軍了，還得好好乾才行。」段祺瑞心神不定，思左思右，躺倒床上，一時也睡不著覺。他想出來走走，看看這片長滿荒草的地方是一片什麼樣的夜色?
段祺瑞正要出門，袁世凱邁著緩緩的步子走過來。並且徑直走進茅屋。
「袁大人，袁大人……」段祺瑞頗顯得拘謹。
袁世凱微笑著，說：「隨便散散步，走到你的營房來了。來看看你。」
「謝袁大人關懷。」
袁世凱不請自坐，然後說：「芝泉，你也坐下，咱們聊聊。」
段祺瑞心中一驚，袁世凱競呼他的雅號!段祺瑞這個號卻從無人知道。當初，老爺子段鞏為他起名的時候，號並未定。還是他跟著沈先生北上，又是先去泉城濟南，沈老先生一時