維新變法失敗後，頑固派更加猖狂了。而李鴻章連遭彈劾，被調任閒職。然而，他沒有萌生引退之意，反而對失去大權憤憤不平。就這樣，幾個月過去了。
戊戌政變後，李鴻章的親家楊崇伊奏請「宣召北洋大臣榮祿來京，以資保護」，同時讓李鴻章「前往暫行署理」，說李鴻章「究竟曾任北洋，各將領皆其舊部，緊要之際，似乎呼應較靈。且李鴻章公忠自矢」。然而慈禧早有打算，命榮祿在軍機大臣上行走，擔任直隸總督，掌管北洋各軍。李鴻章因此不得不向榮祿求助。李鴻章與榮祿之間存在矛盾和分歧，但是政治傾向和利益上的一致又把他們聯繫到了一起。當時慈禧謀害光緒沒有成功，決定廢掉光緒，命榮祿從速辦理。榮祿向李鴻章傳達了慈禧的旨意，表示「天位當易，唯亡命者肆意鼓吹，恐友邦為所惑，夙知公嫻習外情，煩一探其向背」，請李鴻章試探一下各國的意見。李鴻章藉機提出讓他擔任兩廣總督，說「此係內政，先詢人，失國體，如必欲詢，當授我以兩廣總督，屆時外賓必來祝賀，即可順便探詢」。榮祿覺得有理，稟報慈禧。李鴻章如願以償，當上了兩廣總督。
李鴻章前往廣東之後，一九○一年一月三十一日，孫寶瑄到了由章太炎等人創辦的鼓吹維新變法的上海昌言報館。章太炎問起李鴻章此番路過上海的情形時，孫寶瑄便一五一十地講了與李鴻章交談的經過。
章太炎聽了覺得很有意思，覺得康有為一個六品官竟有一個做宰相的黨羽，真不可思議。
李鴻章一直不願對變法派採取慈禧一樣的殘酷態度。如一九○○年二月，朝廷讓李鴻章將康梁的祖墳剷平以洩憤，而李鴻章遲遲不肯動手，他經過一番思考，想出一條妙計，在三月二十七日上奏，聲稱香港近來有新黨勤王，正欲襲擊廣東省城起事。臣已密商港督查禁，但恐過激生變，剷平康有為本籍墳墓似宜稍緩。這引起了朝廷的極度不滿，強令他必須「力遏亂萌，勿瞻顧彷徨」。
康有為就說過，李鴻章曾三次讓人來勸他起兵勤王，對此寄予希望。康有為的弟子陸用翔證實李鴻章認為保皇會有實力完成起兵勤王。
正是由於這樣，康、梁很希望能利用李鴻章。四月十二日，梁啟超就寫信給康有為提出：一旦在廣東起義，「得省城不必戕肥賊，但以之為傀儡最妙。此舉有數利：示人以文明舉動，一也；借勢以寒奸黨之心，助我聲威，二也；西人頗重此人，用之則外交可略得手，三也；易使州縣地方安靜，四也。」
為了阻止清廷建儲，康梁屢次致書李鴻章請他從中出力。康有為在準備自立軍起義的同時也勸說李鴻章不要打擊保皇會：去年廢主，則聯電力爭；平居講求，則救國同憤，會人但以保教聖主，豈有他哉！此外，康有為又和李鴻章套近乎，取得好感，說：「昔者與公綢繆恩誼，助吾革政，虎率以德，榮祿相攻，敗入室告，八月出走，則遣人慰行，固感公相與之厚情，更深知公維新之同志。頃者徘徊隱忍，蓋狄仁傑、張柬之之將有待也。老臣謀國之深，忠臣救主之義，計公豈一日忘之哉！」
又通過英國公使交給李鴻章寫著「誅拳匪而清君側，扶聖主而輯邦交」的摺子，請其代遞。
然而，李鴻章上任後，開始嚴厲打擊勤王活動，又鏟了康有為的祖墳。他不但迫害保皇黨在廣東的親屬，而且也改變了對康、梁的態度，清政府緝拿康、梁的賞銀被他以十萬兩提到十四萬兩。一時間，保皇會人心惶惶，許多人都被迫退了會。雖然這些做法都有朝廷逼迫的成分，但還是徹底改變了變法派對李鴻章的看法。