從甲午中日戰爭總體看，日本精心策劃，採取戰略進攻態度，相反地，清政府是被迫應戰，事前缺乏充分準備，事後也沒有制定合乎實際的戰略計劃，完全處於戰略防禦地位。這決定了清政府以後所採取的一系列方針以及北洋海軍逐步走向全軍覆沒的結果。
制定、實施「保船制敵」方針直接導致了平壤戰役的大敗。早在中日宣戰之前，日本戰時大本營就已經制定好入侵中國的戰略方針：以主力在渤海灣登陸，於直隸平原同清軍主力決戰，奪取北京。而在清軍方面，事先並沒有一個明確的戰略方針，直到正式宣戰，清政府才在宣戰詔書中，提出一個海守陸攻的戰略方針：「著李鴻章嚴飭派出各軍，迅速進剿，厚集雄師，繼續進發，以拯韓民於塗炭，並著沿江、沿海各將軍，督撫及統兵大臣，整飭戎行，遇有倭人輪船駛入各口，即行迎頭痛擊，悉數殲除。」根據這一方針，清政府決定再增調陸軍赴朝，先在平壤集中，然後南下驅逐入朝日軍，以海軍各艦隊分守各自防區內的海口，北洋艦隊即游弋於黃海北部，扼守渤海海峽，策應入朝清軍，並確保京都門戶的安全。
不久，日軍得知大批清軍將於平壤集中南下，決定命第三師團赴朝，與第五師團合編為第一軍，北攻平壤，先佔領朝鮮全境，作為進攻中國的橋頭堡。命聯合艦隊「從海上接應陸軍，使其完成進擊平壤之功」。根據這一部署，日本聯合艦隊放棄同北洋艦隊決戰，改用牽制北洋艦隊的辦法，控制仁川、大同北口，阻止清軍從海道增援朝鮮，以策應日本陸軍北攻平壤。
豐島海戰之前，李鴻章十分重視控制仁川、大同江口，但豐島海戰後，李鴻章懾於日本艦隊的威力，不僅主動命丁汝昌將艦船撤回，而且每當丁汝昌率艦隊往巡，總告誡他，無論發生什麼情況，以保全船為主。中日雙方正式宣戰後，李鴻章既害怕艦隊遠出有失，又怕敵軍艦隊突然闖入北洋各口。一八九四年八月九日，丁汝昌奉命率十艦赴朝鮮海面巡擊，但日本聯合艦隊不與他作戰，而是駛進威海、旅順港口，假裝要攻擊，實際目的是要北洋艦隊回航，把制海權讓給他們。而此時，光緒皇帝獲悉日本艦隊深入威海、旅順一帶活動之後，擔心他們會入侵大沽口，於是於八月二十三日電諭丁汝昌，要他在大沽門戶附近巡航，不得遠巡。這樣，拱手將仁川、大同江口的制海權讓給了日本。
因丁汝昌受李鴻章「保全堅船」的束縛，多次出巡無功，引起朝野不滿，光緒皇帝於八月二十六日將其革職，為此，李鴻章上奏為丁汝昌辯護，並乘機正式提出「保船制敵」的作戰方針。從此以後，「保船制敵」就成為北洋海軍對敵作戰的基本方針。按照這一方針，主動放棄與日本海軍爭奪黃海制海權，而退守「北洋各口」，不出渤海一步。這使日軍得以從海上順利地應援侵朝陸軍。
一八九四年九月十五日，日軍對平壤發動總攻，當夜攻佔平壤。十九日，李鴻章電告葉志超駐守義州，三天後，又令其全線撤回，退出鴨綠江，日軍隨即佔領了朝鮮全境。
在平壤戰役前夕，李鴻章為了及時增援平壤，決定將駐防大連一帶的總兵劉盛休所部銘軍八營四千人，由海道運至大東溝，然後轉由陸路開赴朝鮮，並命丁汝昌率北洋艦隊護航。一八九四年九月十七日，北洋水師十一艦護送增援平壤守軍開抵鴨綠江口大東溝登陸後準備返航。途中遇到十二艘懸掛美國國旗的軍艦。突然，十二艘船艦上的美國國旗全部換成日本旗幟，向北洋軍艦發動襲擊。中國軍隊奮起還擊。雙方激戰了五小時，北洋艦隊損失慘重：五艦被擊沉，六艦負傷，死傷官兵千餘人。日軍有五艦受到重創，死傷六百餘人，並先行撤離戰場，北洋水師也返回旅順。至此黃海大戰結束。
水陸兩線作戰清軍全部潰敗，一時議和輿論甚囂塵上。慈禧令戶部尚書翁同龢到天津同李鴻章商談和戰之事。翁同龢是當時主戰派的領袖，見到李鴻章後嚴厲責問其為何遲遲不肯發兵，以致貽誤戰機！李鴻章怒目而視，冷笑道：「翁師傅主管戶部，平時向您要經費時總遇冷臉，事到臨頭才來責問。我倒想問問您，那幾條軍艦能靠得住麼？」翁同龢反問道：「為臣者本應盡職盡責，為何不再向朝廷請求？」李鴻章答曰：「朝廷疑我飛揚跋扈，大臣彈劾我貪財舞弊，我若繼續索要經費，今天還有李鴻章麼？」翁同龢爭他不過，把話題引到戰局問題：「東北乃龍興之地，如果失守如何是好？」李鴻章坦白道：「奉天軍隊實靠不住，我鞭長莫及，東北防務一點把握都沒有。」半個月後，遼東半島淪陷，奉天危急！
而此時，北京城內歌聲悠揚，鼓樂沖天，正是慈禧太后的六十大壽。紫禁城和頤和園張燈結綵，喜氣洋洋，絲毫看不出戰爭的痕跡。「老佛爺」五十大壽時就因法國人作祟沒過好，這次可要好好慶祝一番。總管太監李蓮英下令，這段時間內凡可能令「老佛爺」不高興的事一律不準奏報！這一做法果然有效，慈禧下令，大赦天下，放假三天。李鴻章可沒閒著，前線救急電報雪片似的發來。李鴻章加緊了求和步伐：一面派人以祝賀俄國新帝即位為名請求俄國出面調停；一面委託天津海關稅務司德璀琳赴日議和。李鴻章對德璀琳充滿期待，對外宣稱：如果德璀琳和伊藤博文談判順利，中日可先停戰，再議和。日本政府此時全無議和之意，認為德璀琳不符使者資格，拒絕與其談判。德璀琳在日本待了幾天，連伊藤博文的面也沒見著，覺得很沒面子，便找了個藉口：「本日接到恭親王電報，說日本政府已承諾由美國政府來仲裁，所以本人沒必要在日本逗留，即刻返回中國。至於李鴻章的信函，我已在日本郵寄給伊藤伯爵。」隨後灰頭土臉地回到天津。日本報紙評論德璀琳此次斡旋是：「貿然而來，悵然而返，真是好生奇怪！」
李鴻章焦急等待德璀琳和美、德外交調解時，日軍連續攻陷金州、大連，向旅順猛撲。旅順口與威海衛隔海相望，是渤海門戶。日軍決定以「重大傷亡代價攻取旅順」。日軍攻佔旅順後進行了慘無人道的屠城行動，全城僅留三十六人負責掩埋屍體。負責旅順船塢工程的龔照璵，金州失陷後逃回天津。李鴻章令其回旅順前線效力。然日軍進攻旅順時，他棄船廠於不顧，喬裝改扮混在士兵中逃跑了。當時人們編了「文官三隻手，武官四隻腳」的歌謠諷刺淮軍逃跑之快。李鴻章一生都以淮軍為榮，此次敗逃實使其遭受了不小的打擊。
這次黃海大戰，是中日雙方海軍的一次主力決戰，規模大，戰鬥激烈，時間長。在戰鬥中，北洋艦隊雖損失大於日方，但也給日艦以重創，使日軍要「聚殲清艦於黃海中」的狂妄計劃未得逞。但客觀上講，黃海大戰中雙方海軍就實力而言，中國並不遜於日本。北洋水師如果準備充分，指揮有方，不至於損失那麼重。即使如此，日本是長線作戰，經費及武器供給和天時、地利、人和諸多因素均不利，如果黃海大戰後，北洋艦隊積極調整戰略部署，有可能挽回不利戰局。可惜的是，李鴻章進一步陷入畏懼、妥協之境地，積極尋求西方列強出面調停，想盡快結束戰爭。此外，由於李鴻章視北洋艦隊為私人資本，對於這次海戰損船較多，他大為憤怒，再次強調「保船」方針，使得丁汝昌不敢再戰，致使日本海軍基本上掌握了黃海制海權，對以後戰爭進程及北洋艦隊的全軍覆沒產生了重大影響。
日軍的下一目標是威海。李鴻章令丁汝昌不惜任何代價，也要守住威海衛。當時朝野均指認北洋水師提督丁汝昌貪生怕死、畏敵避戰，要求將其立即撤職。北洋海軍總教習德國人漢納根評價道：「有人責備北洋海軍，殊不知這不是北洋海軍的過錯，也不是丁提督的過錯。有人鉗制海軍，丁汝昌不能做主。」這個人就是李鴻章。李鴻章認為中日軍隊實力懸殊，攻打旅順時，丁汝昌曾請求艦隊與日本決一死戰。李鴻章堅決反對，對丁汝昌說：「你在威海衛守住那幾隻船，其餘不關你的事！」
日本此時突然改變戰略，在報紙上公開刊登議和「價碼」：中國賠償軍費四億兩，並將日當時所佔之區割讓日本。清政府認為條件雖苛刻，卻有議和的希望，任命邵友濂、張蔭桓為全權大臣，赴日談判。一向主張議和的李鴻章對此次議和態度並不積極，他認為日本此時提出議和，其中定有蹊蹺。果然，清方使臣還未踏上東瀛，日軍便發動了更大的攻勢。二人使團的迅速成行明確顯示出清政府無心戀戰、急於求和的真實意圖，也使日本政府堅信，戰爭越擴大就越有利可圖。
黃海海戰後，日軍戰時大本營為了首先實施侵入遼東半島的作戰計劃，令第一軍盡快打過鴨綠江，入侵遼寧，威脅瀋陽，以牽制正面清軍，並掩護由第一師團和第十二混成旅組成的第二軍於遼東半島進行登陸作戰；而清軍方面，為了阻止日軍向中國本土進攻，已由海守陸攻轉變為全面防禦。針對當時敵我態勢，李鴻章提出了所謂的「單純防禦作戰」方針。而光緒皇帝雖抱負很大，但他既動員不了全國力量，又受到慈禧的牽制，難有所作為，因此，清政府採取了李鴻章提出的單純防禦作戰方針。但即使採取這一方針，由於未弄清楚日軍主攻方向，