李鴻章雖然對清廷盡心盡力地辦事，但是他並沒有因此得到更多的賞賜。很顯然，朝廷有意壓制日益壯大的淮軍。這從淮軍成功地剿滅東捻軍之後沒有得到太大的封賞就能看得出來。
此前，西捻軍採用圍魏救趙的策略攻打河北，希望解救東捻軍的危急。他們衝破壺口河防，進入冀南，再經順德、保定、易州，直逼北京附近的房山縣。但是，他們還是晚來一步，這時的東捻軍已經全軍覆滅。然而，京師附近沒有兵力，防務空虛。捻軍北上，頓時讓清政府上下一片驚駭。於是，朝廷連下五道詔令，要求李鴻章速來京城保駕。可是，淮軍將領們誰也不肯帶兵北上。李鴻章因為這次救援不利，受到處罰，被撤銷剛剛加封的騎督尉世職，革去雙眼花翎。一天晚上，李鴻章正冥思苦想難以入眠，忽然聽見外面吵鬧喧嘩。原來一些淮軍將領正在吵吵要帶兵北上，拿下京師，造清政府的反。李鴻章聽到這裡，趕緊跑出來勸他們不能有這種造反的想法，可是沒有人理會他。李鴻章十分苦惱，朝廷本來對自己不滿，如果淮軍再鬧下去，真不知該如何收場。即將離營的劉秉璋悄悄對李鴻章說，現在大家都不聽你的，你找潘鼎新想想辦法。潘鼎新是個讀書人，深明大義，又是您的學生，你如果做通了他的工作，其他人就好辦了。劉秉璋又去找潘鼎新說，我們是多年的好朋友，你又是老師的學生，如果老師真的被你們鬧的倒台了，對你們有什麼好呢？你們還有什麼前途可言呢？
第二天，李鴻章找到潘鼎新說，你知道我被處罰了嗎？潘鼎新說知道了。李鴻章說，你不為我的前途擔憂嗎？潘鼎新說：這有什麼好擔憂的，只要以後再立功勞，朝廷還會給你加官晉爵的。李鴻章說：那你就趕快帶兵北上護駕，幫我將功補過吧！潘鼎新帶著人馬先走了，於是，其他的人也紛紛跟著北上了。只有劉銘傳請了三個月的假回到家裡。李鴻章費了一番周折終於將內部矛盾解決。接下來又面臨著剿滅西捻軍的任務。李鴻章依舊主張重視河防，可是自比「當今諸葛」的左宗棠，卻一意主張全力追剿捻軍，二人就此爭執不下。李鴻章一直看不上左宗棠用兵，他寫信給曾國藩說：這個當今的諸葛亮，總是跟著諸多將領後面尋賊。這時，朝廷派來恭親王督陣，要求他們一個月內必須破賊。
一個月之後，張宗禹率捻軍一路攻到天津南郊。李鴻章、左宗棠二人由於作戰不力，都遭降職兩級處罰。經過這次的教訓，李鴻章和左宗棠終於達成一致的戰略主張，即河防和追剿並重。可是，前方缺少力敵的主將。當時，劉銘傳由於常年的騎馬，得了一種病叫「跨馬癰」，大腿上長了毒瘡。經醫治後，雖然病癒，但身體十分虛弱，加上沒有得到應有的獎賞，心中總是不平，所以當其他將領都帶兵北上的時候，只有他告病在家休息。曾國藩得知情況之後，派人前去慰問，並捎去一封信勸說他：你和李鴻章是人間難遇的知己，你應當早日奔赴前線，幫助他建立這個歷史功勳，你自己也會名垂青史。劉銘傳看完信後，大為震動，馬上奔赴前線，率部殺敵。
一八六八年八月十六日，淮軍把張宗禹圍困在山東茌平縣南鎮，張宗禹帶著親兵八名（一說是十八名）來到徒駭河邊，他脫下衣服，跳入水中。追來的劉銘傳部士兵看見地上的衣服，輕信張宗禹的親兵之言，認定他已經淹死。李鴻章上奏朝廷稱張宗禹已死。左宗棠卻認為，張宗禹生不見人，死不見屍，懷疑李鴻章撒謊向朝廷騙功，派人到處搜索。李鴻章知道後，特別氣憤，覺得左宗棠此舉是嫉妒，找茬兒。於是兩人之間的矛盾進一步激化，從此做了一輩子的仇人。
李鴻章滅了西捻，朝廷原定的賞封，就是一個協辦大學士。大學士屬內閣職位，兩殿兩閣，一共也是四人。大學士兩人，協辦大學士兩人，也都是滿人漢人各佔一半。一年前，體仁閣大學士周祖培出缺，讓曾國藩以協辦大學士身份升補了進去。這樣便空出來一個協辦大學士，慈禧把這個位子給了四川總督駱秉璋。不料到了年底，駱秉璋病故了，由慈禧的心腹吳棠充任了。而另一個協辦大學士的空缺，就作為「懸賞」，這會兒非李鴻章莫屬了。
秉承兩宮太后的聖旨飛速送達李鴻章的行營。李鴻章與諸將領鄭重地跪接了聖旨。聖旨道：
「李鴻章等平捻有功，積年巨寇，從此肅清，朕甚嘉慰。除著悖親王奕誄至定陵祭告文宗（咸豐）皇帝在天之靈外，李鴻章、左宗棠、官文俱官復原職，賞還花翎和黃馬褂。加李鴻章、左宗棠太子太保銜。李鴻章以湖廣總督協辦大學士。丁寶楨加太子少保銜，晉劉銘傳一等男爵，潘鼎新、郭松林一等輕車都尉，以郭松林為湖北提督。」
李鴻章終於入閣拜相了。這是讀書人的第一等的功名，李鴻章得到了。