在湘軍攻陷天京之後，曾國藩與清政府的關係驟然緊張起來。清政府深切地感到自己統治的最大威脅並不是太平天國餘波，而是手握重兵、廣攬利權的曾國藩。當時曾國藩總督兩江，督辦江、浙、皖、贛四省軍務。他所創建的湘軍已增至三十萬眾，他直接指揮的湘軍包括其嫡系曾國荃部在內亦多達十二萬人。他還控制著皖、贛等省釐金和數省協餉。他因「用事太久，兵柄過重，利權過廣，選者震驚，近者疑忌」。而權勢遠在曾氏之下的左宗棠、李鴻章等同清政府的矛盾則降到次要地位。清政府為了防止曾國藩的權勢繼續膨脹而同自己分庭抗禮，便採取了壓抑曾國藩兄弟，扶植左、李等人與之抗衡的分而治之的策略。一八六四年十一月六日，即在湘軍攻陷天京尚不到四個月的時候，清政府突然命令曾國藩前往皖、鄂交界「督兵剿賊，務其迅速前進，勿少延緩」，而改派李鴻章署理江督事。曾的幕僚趙烈文為此發出「殊咄咄可怪」的驚呼，曾國藩本人也「意殊寥落」。雖然不及一月清政府就收回了成命，但此舉卻是明顯的揚李抑曾。
曾國藩太精於權術，也深諳官場之道。此時的曾國藩身為兩江總督，督辦江蘇、浙江、安徽、江西四省的軍務，他統率的湘軍已經達到三十多萬，親自指揮的湘軍就有十二萬人。此外，他還控制著四個省的釐金和糧餉。如此巨大的權勢集中在他一個人的身上，豈能不讓清政府猜忌！「功高震主」這四個字不時地敲擊著曾國藩的心。他不由得琢磨起後路來。
曾國藩開始主動裁撤湘軍，以保住清政府對他的信任。他還希望通過保留李鴻章的淮軍，作為自己和清政府之間平衡的砝碼。曾國藩把手中的十二萬人分給了左宗棠、沈葆楨二人，對於朝廷最為擔心的曾國藩的嫡系部隊（即胞弟曾國荃所部），曾國藩也進行了大批裁撤，並安排曾國荃以生病為藉口回老家調養。
一八六五年五月，清政府的「剿捻」統帥僧格林沁在山東菏澤全軍覆沒。僧格林沁死在一個十幾歲的童子兵張皮梗的手下，場面煞是驚人。清政府馬上任命當時為兩江總督的曾國藩為欽差大臣北上督師，讓李鴻章以江蘇巡撫署理兩江總督。這意味著李鴻章即將掌握兩江的軍權和政權。李鴻章在各方面給曾國藩的剿捻活動以支持。首先是在兵力上，湘軍已經被裁撤的差不多了，李鴻章調給曾國藩三十三個營的淮軍。李鴻章又派出十個營的精銳部隊航海前往天津然後轉戰到景州、德州。李鴻章在糧餉上也給予曾國藩很多支援。他知道，在「剿捻」的大計面前，湘軍和淮軍必須團結一致。
曾國藩的此次剿捻，先後調集淮軍六萬。這些淮軍一律裝備著洋槍洋炮，還有堪稱完備的獨立炮隊。可是，曾國藩在指揮淮軍時卻很不靈光，因為淮軍只聽從李鴻章的調遣，而這一點他並不是不知道。曾國藩心中即使有一些怨恨和牢騷，也只好徒自興嘆。他此刻最大的感嘆，就是湘軍的盛況已去……曾國藩剿捻並不盡如人意，一八六六年九月，捻軍大破開封附近湘軍戰線。曾國藩得知後，十分憂慮，一下子病倒了。曾國藩給朝廷寫了請罪書，還把李鴻章叫到身邊幫忙。可是，清政府卻發來了聖旨，讓曾國藩返回兩江總督任內，令李鴻章為新的欽差大臣，接替剿捻重任。曾國藩臉都氣紫了，真是太有失顏面了。他為了平衡心態，一再要求留下來維持軍心，可是清政府卻讓他趕快回到兩江去。
一八六六年十二月十二日，清政府實授李鴻章為欽差大臣，專辦「剿捻」事宜，李鴻章成為「剿捻」主帥。
李鴻章派人到曾國藩那裡去取大印，曾國藩本來就生著病，看到此景格外感傷和落寞。他無奈地說，這麼快就拿走了？我還以為得辦個交接儀式呢！
李鴻章接任後，得意忘形，根本沒有把捻軍放在眼裡。不久，他就嘗到了接連四次潰敗的苦滋味。這四次分別在羅家集、倒樹灣、尹隆河、六神港。捻軍突破曾國藩的河防之後，在一八六六年十月分為東西兩部：賴文光和任化邦率東捻軍在河南活動，張宗禹率西捻軍攻打陝西。
捻軍和太平軍不同，他們人數較少，沒有根據地，作戰靈活，採取遊擊戰術。湘淮軍則人數眾多，調動起來很困難，經常被捻軍牽著鼻子走，疲於奔命。和李鴻章交手的東捻軍將領賴文光足智多謀，任化邦驍勇善戰，二人配合得相當默契。淮軍各營統率又各自為政，爭功心切，互不相幫。所以，李鴻章吃了不少苦頭。李鴻章吸取教訓，重新改組隊伍。他把淮軍改編成四支精銳部隊，即銘、武毅、鼎、勳四個營。此外，李鴻章還增加騎兵的力量，嚴加訓練。因為捻軍在北方平原上慣於騎馬，來去無蹤，飄忽不定，淮軍的騎兵怎麼也追不上他們。
為了盡快地訓練騎兵，劉銘傳採取了一個辦法。他把一個金元寶吊在大營門口，並點上一炷香。下令說，在一炷香的時間裡繞著營盤騎馬跑三圈，誰第一個到達就給誰這塊金子。這個辦法十分有效，騎兵們奮勇操練。三個月之後，跑得最快的兵士，已經能在一炷香的時間裡，繞著十四個營盤跑三圈了。
在對付捻軍的戰略上，李鴻章採取了「倒守河運」的方法，意圖是：捻軍已經在一八六七年的夏天突破運河防線，進入山東，李鴻章決定守住運河西線，不讓捻軍回師。決心已定，李鴻章不顧山東巡撫丁寶楨的不滿，把大營搬到濟寧。這樣，山東就成為主戰場。李鴻章還採用了「進扼膠萊」的方針。膠萊河位於山東半島中部，是元朝時候的一條運河，用於溝通東海和渤海。當時捻軍已經進入登州和萊州。李鴻章命淮軍各部分守膠萊河。捻軍識破李鴻章的意圖，多次反撲膠萊河各處，八月，突破東軍王心安部防線。李鴻章別無他法，繼續死守運河防線。可是，運河防線卻一再被攻破。曾國藩對他這招兒失去了信心，勸李鴻章另想辦法。可是，李鴻章卻不為所動。他對曾國藩說，我相信，堅持到底一定會勝利。後來，捻軍多次想過運河而不成，只好改去魯南、蘇北一帶遊擊。劉銘傳買通任化邦手下的一個小頭目開槍射死了任化邦，於是捻軍大亂。最後，賴文光也英勇就義。
消息傳到北京，朝野上下歡天喜地。曾國藩也跟著淮軍沾光了。一干人馬統統論功行賞。李鴻章一聲令下，八萬湘、淮軍全部會合於濟寧，共慶李鴻章剿滅了東路捻軍。
同治六年歲末，李鴻章各路大軍都回到濟寧慶功度歲，日日狂歡。十二月二十七日，朝廷論功行賞的聖旨下來，卻猶如一盆冷水，把湘、淮兩軍的歡慶氣氛滅下去了。首先是直隸提督劉銘傳，北上轉戰兩年多了，立功也多，幾乎送了性命，原以為這次可以撈個男爵，但朝廷卻只賞了個正三品的三等輕車都尉世爵。其他將領都不過是個正四品的騎都尉或正五品的雲騎尉。最吃虧的要數李昭慶了，因李鴻章命其去金陵城提餉，面見曾國藩。等他急匆匆趕回一線時，正好戰鬥剛剛打完，賴文光被俘了。時運不濟，李昭慶幹了兩年多，最終什麼世爵也沒有撈到。
李鴻章召集全體將領宣讀聖旨時，剛唸完了對劉銘傳的封賞，劉銘傳就蹦跳起來了，一臉的麻子急得一點一點通紅發亮。他喊道：「歇作罷（合肥語），這還有什麼幹頭！我們這兩年多東征西戰，如今把東捻一舉全殲了，沒有想到朝廷如此不講義氣。給我一個輕車都尉，還是三等的。我可要回合肥老家帶孩子去了！留著這條命回老家享享清福吧！」說著，他當場就要離開，抬頭見李鴻章正拿眼瞪著他，才低了頭站住腳了。
郭松林在這之前已授了江蘇福山鎮總兵，這回也才撈了個正四品的騎都尉。他當場就罵開了：「只要李大人點一個頭，我步行上紫禁城與慈禧太后論理去。她憑什麼只給我們兄弟們這麼低的封賞？是沒有幹頭了！」
周盛波咕嚕道：「太后、皇上這回的確不像話。湘、淮兩軍立了這麼一個大功，全殲了五萬人馬，封賞起來卻小氣得令人嚥不下去。還要去打西捻呢，打了西捻又能怎麼樣？」
李鴻章從心裡也覺得朝廷這一次賞功不高。但眼下這幫將領們也太出格了，不僅牢騷滿腹，還公開罵娘。這些罵娘的話若要是傳出去，那可不是鬧著玩的。於是，他拍案而起，把發牢騷的將領都訓了一通。見大家都不吭聲了，他才心平氣和地說：
「我以為朝廷這一次為何封賞偏低呢？因為我們雖然平了東路捻匪，還有那麼一大股西路捻匪。西路捻匪未平，都不算得了全功。朝廷一下子把諸位都封賞到頂了，你們還有勁頭去打西路捻匪麼？」
經李鴻章這麼一講，將領們好似反應過來了。心想朝廷或許真是這樣想的。於是，大家都把勁攢到了剿滅西捻的戰鬥上去了。但西捻當時還在河南濟源一帶，左宗棠派出一路軍馬前堵後追，西路捻軍因東路全軍覆滅，人心渙散，不敢向東，只好在河南西部一帶維持著。正值新年期間，淮軍裡不少將領都想回鄉看看。李鴻章准了劉銘傳、周盛波等人一個月的假期，嚴限準時返回前線。
劉銘傳、周盛波各帶五十名親兵回合肥家鄉去了。李鴻章與眾將領在濟寧城中過年。正巧錢鼎銘特地到濟寧來同李鴻章和其幕僚們賀歲。錢鼎銘已保舉為布政