彼得通過托爾斯泰交給兒子一份「問題要點」。皇太子必須以書面形式回答這些問題。
托爾斯泰建議他不要隱瞞任何事情，因為似乎是沙皇已經知道了一切，只不過是要求他證實一下而已。
「爸爸是從誰那裡知道的？」皇太子問道。
托爾斯泰很長時間不想說。可是最後還是給他念了一道諭旨，這暫時還保密，要在建立宗教機關——聖主教公會時才能宣布：
「有人向自己的懺悔神父說出危害國家聲譽和安全之罪惡企圖時，該神父應立即向有關部門，主易聖容軍團或保密局報告。這樣做無損於懺悔，該神父不僅不違背福音書之規定，而且是履行基督之教誨：就是你兄弟不聽話，你也要揭穿他，向教會報告。主需要了解你兄弟的罪惡，更需要了解危害國君之罪惡陰謀。」
皇太子聽了諭旨，從桌子後面站起來——他是單獨跟托爾斯泰共進晚餐時談話的——正如前幾天在報答堂的密室里犯病時那樣，他那張蒼白的臉立刻變紅了。皇太子看了托爾斯泰一眼，讓托爾斯泰一驚，以為皇太子又犯病了。但這一次卻平安無事。皇太子安靜下來，好像是陷入了沉思。
他一連好幾天沒有擺脫這種沉思。有人跟他談話時，他心不在焉地看著人家，好像是不明白對他說些什麼，突然好像是僵住了——用托爾斯泰的說法，成了半死不活的人。但是對所提的問題要點卻寫了準確答案，肯定了懺悔時所說的一切，儘管預感到這是無益的，父親什麼都不會相信。
阿列克塞明白了，瓦爾拉阿姆神父破壞了懺悔的秘密，他想起了德米特里·羅斯托夫斯基的話：
「如果某一國君或民事法庭逼迫神父說出懺悔者的罪過，並用折磨或死亡來威脅他，那麼這個神父就應該去死，戴上痛苦的荊冠，而拒不泄露懺悔的內容。」
他也想起了一個分裂教派長老的話，當年他奉父命到諾甫哥羅德森林去砍伐造小橈戰船用的松樹時，跟這個長老進行了一次談話：
「如今在教堂里，在僧侶們的身上，在秘密中，在誦讀經文和吟唱聖詩中，在聖像上，在所有的事物中，都沒有上帝的恩賜——一切都被收回到天上去了。敬畏上帝的人不到教堂去了。你可知道，你們聖餐禮上的聖餅可像什麼東西？你明白我所說的：像是倒在城裡街道廣場上的死狗。只要領了聖餐，這個人就能獲得生命——可憐的人就死了！你們的聖餐可真是萬能，跟砒霜或升汞一樣——很快就滲進骨髓和大腦里去，魔鬼把靈魂給毒化了——然後你就得下到火焰地獄裡，受到火烤，就跟不可救藥的罪人該隱一樣！」
皇太子當時覺得這些話是胡說八道，可是現在這些話卻突然具有了可怕的力量。如果聖地真的一片荒涼——教會脫離了基督，反基督統治那裡，將會如何？
但誰是反基督呢？
這時開始了夢魘。
父親的形象一分為二了：皇太子看見變形人頃刻之間變成兩張面孔——一張是親生父親的面孔，善良而親切；另一張——跟他格格不入，讓他恐懼，猶如死人的面具——是野獸的面孔。最可怕的是，他不知道這兩張面孔中哪一張是真的——是父親的，還是野獸的？父親變成了野獸，還是野獸變成了父親？他驚恐萬狀，他覺得自己發瘋了。
就在這個時候，主易聖容軍團的監獄裡正在進行著嚴刑拷打。
宣讀詔書的第二天，2月4日，差役向彼得堡和蘇茲達爾飛馳，奉命將皇太子供出的那些人押往莫斯科。
在彼得堡捕獲了亞歷山大·基金、皇太子的聽差伊萬·阿芳納西伊奇、他的老師尼基福·維亞節姆斯基以及其他許多人。
基金在押往莫斯科途中企圖用鐐銬自縊而死，但被發現，沒能成功。
審訊時，他在嚴刑拷打之下，供出瓦西里·多爾戈魯基公爵是阿列克塞的主要謀士。
瓦西里公爵後來自己說：「我在彼得堡是偶然被捕的，押往莫斯科時披枷戴鐐，已經完全絕望，昏昏沉沉，被羈押在主易聖容軍團，後來押解到總部去見皇帝陛下，看到皇太子有關我的供詞不實，非常害怕。」
雅科夫·多爾戈魯基公爵出面為自己的兄弟說情。
他上書沙皇說：「懇請皇上開恩。臣等雖已年邁，但絕不帶著惡人的罪名進入棺材，這不僅過早割斷生命之繩，而且辱沒美名。卑臣叩請最仁慈的陛下開恩！」
於是懷疑的陰影也落到雅科夫公爵頭上。基金供認，多爾戈魯基公爵建議皇太子不要到哥本哈根去見皇上。
彼得沒有動這個老頭，但對他進行了威脅，雅科夫公爵認為有必要向沙皇提起自己以前的忠心耿耿，最後痛苦地說：「我聽說，如今我要得到嘉獎，將被鐵扦刺死。」
彼得再一次感到自己孤獨。假如雅科夫公爵這樣公正的人——也成了叛徒，還能信任誰呢？
格里高利·斯科爾尼亞科夫-皮薩列夫中尉從蘇茲達爾把前皇后阿芙多季婭——現在的修女葉蓮娜押往莫斯科。她在途中給沙皇寫了封信：
最仁慈之皇上：
數年前，不記得何年，吾根據自己之許諾，於蘇茲達爾波克羅夫修道院剃度為尼，更名葉蓮娜。剃度之後，衣半年修女服；後不願當修女，故脫之，但仍老老實實在修道院里隱居。吾之退隱已通過格里高利·皮薩列夫稟報聖上矣。如今吾期待陛下之寬宏大度。向陛下叩首，乞求寬厚，饒恕吾之罪過，勿讓吾暴死。吾將一如既往，保證當修女，於修道院中隱居至死，為皇帝陛下向上帝祈禱。
陛下最卑賤之女奴
聖上之前妻阿芙多季婭
那個修道院的女長老瑪列米雅娜供認：
「我們不能對皇后說，你為什麼脫下修女服？她多次說：『這都是我們皇家的事，你們也都知道，皇上為了自己的母親獎賞給火槍兵什麼東西了，而我的兒子已經長大成人！』斯捷潘·格列鮑夫少校在蘇茲達爾招募士兵，皇后讓他到自己的凈室來；兩個人鎖上門，說悄悄話，打發我回到自己凈室去裁衣服，給了幾個小錢，讓我們去念祈禱詞。格列鮑夫膽大包天，我對他說：『你以為怎麼的？老百姓會知道的！』皇后為此罵我了一通：『鬼問你啦？你竟然監視起我來了。』別人對我說：『你為什麼惹皇后生氣？』斯捷潘夜間到她那裡去，這是值夜女僕告訴我的，女侏儒阿加菲婭也說：『格列鮑夫經過我們那裡，我們連動都不敢動。』」
女長老卡普捷琳娜供認：
「格列鮑夫晚上常到前皇后葉蓮娜修女那裡去，跟她接吻和擁抱。我遇到這種情況便躲開。我收到過格列鮑夫的情書。」
格列鮑夫本人的供詞很簡短：
「我跟前皇后有過曖昧關係，跟她發生過淫亂。」
但對別的事則守口如瓶。給他施加了可怕的刑訊：用鞭子抽，用火燒，放在外面凍，打斷了肋骨，用鉗子夾他身上的肉，把他放到釘子板上，讓他赤腳站在尖木樁上，他的雙腳潰爛了。可是他忍住了這一切折磨，沒有出賣任何人，拒不招供。
前皇后供認：「2月21日那天，葉蓮娜女長老被帶到總部，跟斯捷潘·格列鮑夫對質時說，我和他發生過淫亂，我有罪。親筆寫下此供詞——葉蓮娜。」
沙皇打算以後在詔書中向百姓公布這個供詞。
皇后還供認：
「我之所以脫去修女服，因為多西菲主教談到聖像顯靈說話和其他兆頭時預言說，上帝將發怒，百姓將叛亂，皇上不久將死，皇后將和皇太子一起當政。」
多西菲被抓獲，宗教會議免去其高級教士之職，把他叫作被免職的神甫傑米德。
多西菲在宗教會議上說：「犯了案的只有我一個人。你們看看所有的人心裡是怎麼想的！你們聽聽老百姓怎麼說的！」
被免職的神甫傑米德在監獄裡給吊起來，問他：「你為什麼希望皇帝陛下快點兒死？」傑米德回答道：「我希望皇太子阿列克塞·彼得羅維奇繼位，好讓老百姓能輕鬆一些，縮小彼得堡的建設規模或者完全停建。」
他供出了皇后的弟弟、皇太子的舅舅阿甫拉阿姆·洛普欣。把他也抓起來，在跟傑米德對質時拷問他。洛普欣挨了十五下，傑米德挨了十九下。二人都供認，盼望皇上早死，讓皇太子繼位。
傑米德還供出了皇上的妹妹瑪麗婭公主。
公主說：「等到皇上不在世時，我高興儘力幫助皇太子關心人民和治理國家。」她還說：「你們這些高級僧侶是幹什麼的，皇上有妻子活在世上，卻讓他跟另一個女人結婚？他要麼把前皇后召回來，要麼死了！」舉行向彼得·彼得羅維奇宣誓效忠儀式時，被解職的神甫傑米德從宗教會議來見瑪麗婭公主，她說：「皇上這事做得不應該，廢黜長子，立幼子為太子，他只有兩歲，而長子已經成年了。」
公主本來是緘口不言，可是把她帶到獄中跟傑米德對質，她就招認了一切。
審訊持續了兩個多月。彼得幾乎每一天都親自到監獄