除了「試錯」、「觀察」、「閱讀」之外，「思考」，準確地說，「正確地思考」，才是獲取真正意義上的知識的主要手段。沒有文字的時候，人類已經能夠思考。但局限於已認知的知識數量，人類很難正確思考。
比如，很容易想像，在遠古時代，人們對因果關係的認識當然會非常局限。而一切的現實生活經驗都在讓他們體會到「萬事必有因果」。當人們看到樹上的枝葉被風吹動的時候，當然可以理解風是枝葉飄動的原因。但是他們並不知道今天人們在小學的時候就已經從教科書里得知的「空氣的流動性成了風」。於是，他們自然地這樣認為：「肯定是有什麼力量造成了風，但是究竟是什麼呢？」在沒有任何「合理解釋」的情況下，他們會接著認為，「那隻能是神的力量」--因為，「萬事必有因果」。他們無法想像這樣這世間確實有「沒有任何目的」的事情存在。事實上，到今天為止，整個人類群體中存在一個絕大多數的比例的人依然堅信「萬事必有因果」，並把這樣的認識作為理解一切的根據。
托馬斯·索維爾曾經慨嘆達爾文的偉大，說，「達爾文不僅是生物學上的，更是人類思想發展史上的一個界標」7。達爾文之所以偉大，是因為他幾乎是第一個有完善的能力、可以用跨越長達幾百萬年的時間跨度、並徹底擺脫「個體感知」的局限去「正確地思考」問題的人；也因此使得後來無數的人可以「站在巨人的肩膀上」，建立並完善一個突破人類個體局限的系統的思考方法--「科學方法」（Stific Methods）。
1859年11月24日，在經過二十年小心謹慎的準備之後，達爾文出版了《物種起源》。第一版印了一千二百五十本，在一天之內銷售一空。然而，這並不意味著達爾文「勝利」了，宗教「失敗」了
達爾文逝世後的第43年，《物種起源》問世的第66年後，即，1925年，美國田納西州的一位中學教師約翰-斯科普斯，因在課堂上講解達爾文進化論的被告，被拉進了法庭，推上了審判台，最後被處以90美元的罰款--這就是歷史上著名的「猿猴訴訟案」（The Scopes Case， also called 「morial」）8。
儘管「猿猴訴訟案」的判決只限于田納西州，但，直到1968年，美國高級法院才根據《第一修正案》判決，學校可以講授進化論，因為這是科學。
1987年，一起來自路易斯安那州的案件使得爭議再起。最終高級法院判定，「要求學校在講授進化論的同時必須允許講授神創論」是違憲的。
1999年，堪薩斯州教育委員會投票決定從標準化考試中剔除作為考試科目的進化論。有些專家認為，這是個非常有效的阻止教師講授進化論的方法，因為學生不用被考到進化論了。
阿拉巴馬的教科書上，印著這樣的聲明：「進化論是某些科學家相信的學說，而非事實。」
在明尼蘇達，一位認為神創論是確鑿的科學的老師因在課堂上發表對進化論的批評而被勸退。這位老師將學校告上了法庭。
2005年12月20日，美國賓夕法尼亞州聯邦地區法院作出裁決，認為生物由某種高智能設計師所設計而成的「智慧設計」論系宗教理念，在公立學校科學課上講授該理論則違反了美國憲法第一修正案。
大多數關於這個話題的文章，總是從宗教和科學相互對立的前提出發，力圖用這些事件證明宗教實力的龐大和邪惡。對於宗教本身，我有我自己的理解和看法，但是即便我個人是個所謂的「沒有信仰的人」，我也不會反對「信仰自由」；同時也不應該，也做不到去強迫任何人放棄信仰。
事實上，宗教和科學並不一定對立。如果宗教和科學是徹底對立的話，那就沒辦法合理解釋這樣一個事實了：哥白尼、伽利略、達爾文、牛頓等等眾多的巨人都是有堅定的宗教信仰的。事實上直到今天為止，這地球上毫無疑問還有很多科學家依然有著很堅定的宗教信仰--儘管我們很難有辦法獲得一個確切的百分比統計數字。
與科學一樣，宗教也是人們用來「思考」這個世界、「解釋」這個世界的工具，只不過，在解釋物理世界方面（比如，生命的起源，天體運轉的機理），現代科學已經逐步地替代了宗教。今天的宗教勢力依然龐大，只是宗教的重心已經轉移到另外一個更需要它的方面去了--精神世界（也許應該相當於我們常常提到的「 精神文明」）。
在「進化論」和「神創論」（以及「神創論」的變體「智能設計論」，又稱「神力設計論」）至今的持續爭議中，爭論雙方都是對自己的看法確信無疑的。而真正關鍵的區別在於，達爾文的支持者，如果確實是在理解透了之後堅定地支持的話，都是有能力運用心智的力量擺脫自身感知的局限的人。而達爾文的反對者，是那些心智力量尚未發達到可以用來擺脫自身感知的局限的人，他們無法正確地理解並完整地運用新的思考工具--科學方法論--去思考問題，甚至並未意識到自己恰恰是因為這個原因而拒絕科學。
今天，與創世說的觀點相反，嚴肅的科學雜誌沒有過否定進化的報導。上世紀 90年代中期，美國華盛頓大學的 Gee W. Gilchrist 調查了列入原始文獻的數千種期刊，想要找到關於「神力設計」或創世說的文章。他查遍了數十萬個的科學報告，也沒有發現一篇關於創世說的報告。後來，由東南路易斯大學的 Barbara Forrest和凱斯西部保留地大學的 Lawrence M. Krauss用了幾年的時間分別獨立進行了同樣的調查，結果也是無功而返9。可以說，今天的所有嚴肅的科學家都應該是相信並能夠理解進化論的，儘管他們同樣可能有嚴肅的宗教信仰。
我們知道，我們每個人內心都充滿了恐懼，所有的恐懼其實都源自於我們害怕未知。於是，恐懼是永恆的，因為我們永遠不可能什麼都知道。托馬斯索維爾的類比特別精巧。他說，在茫茫而又無限的未知空間里，我們的「知識」只不過像其中的星球一樣，而星球與星球之間的空隙要不知道比那些星球本身大出多少倍。所以，我們需要「信仰」、「希望」、「愛」、「奇蹟」，甚至子不語之「怪力亂神」10等等被學者們稱為「必要之幻覺」（necessary fi）之類的東西去填補這些空隙才感覺心安理得。
所以說，去討論很多人熱衷於討論的關於「愛因斯坦的宗教信仰究竟是怎樣的」，或者「愛因斯坦究竟有沒有宗教信仰」是沒多大意義的事情。因為，即便是愛因斯坦也會心存恐懼或者說敬畏。因為他跟所有的人一樣，也要面對未知--即便他知道得比所有其他與他同時代的人都多得多，然而，他所知道的一切，與對他來講未知的一切來比，只不過是汪洋中的一個水分子而已。所以，即便他有信仰也並不令人驚訝；就算他有信仰，信奉的也肯定不是那些拒絕科學的人所信奉的神。
人類要是不會閱讀，不會記錄，不會表達，不會思考，會是什麼樣子呢？下面這個故事流傳頗廣11 ：
把五隻猴子關在一個籠子里，上頭掛著一串香蕉。實驗人員準備了開水，一旦有猴子碰香蕉，馬上就會有滾燙的開水澆向那隻猴子。首先有隻猴子想去拿香蕉，被開水燙，之後每隻猴子在幾次同樣的嘗試後，發現莫不如此。於是猴子們不再試圖去拿香蕉。
然後實驗人員把其中的一隻猴子換走，換進去一隻新猴子。這隻新猴子看到香蕉，當然馬上想要去拿。結果，還沒等科學家澆水，其他四隻猴子就對那新來的猴子一頓暴打。新猴子挨了幾次打之後，也不再試圖去拿香蕉了--怕再挨打。
此後，實驗人員再把另一隻猴子換走，換進去另外一隻新猴子。這隻新猴子看到香蕉，也是迫不及待要去拿，當然，一切如前，等待它的是其他四隻猴子的一頓暴打。於是，這隻新來的猴子也不敢碰香蕉了。
最好玩的是，上次挨打的猴子，這次出手最重。（其他的猴子也許出於愛護，這隻猴子肯定是出於報復--因為）儘管它並沒有被開水澆過。
最終，籠子里最初的五隻猴子都被換走了。現在的這五隻猴子並不知道開水的存在，它們只知道一件事情--誰要敢碰那串香蕉，上去就是一頓暴打。（它們的行為與愛護無關，全都是出於報復！）
這個故事據說可以說明傳統是如何形成的。事實上，這個實驗只能部分說明某些荒謬的傳統是如何形成的。很多今天看起來沒什麼道理的傳統，當初可確實曾經正確或者曾經最接近正確。這個故事真正可以讓我們看到的是，對於知識的正確傳播來講，語言和文字以及邏輯思維有多麼的重要。暫時不討論這個故事的真實性，讓我們繼續聯想：如果，猴子們可以講話，那麼就不用動手打了。如果，猴子們會寫字，無論換多少次，換多少只，新來的猴子都不用挨打--更不會無辜地被打。如果，猴子們竟然能完整地使用邏