秦牧回到南京，京中百官也就安心了，文武百官開始全力籌備登基大典。
其實很多籌備工作很早就在做了，只是因為秦牧出征在外，有些事情未經他欽定，未能最後落實而已。
大秦五大都督蒙軻、劉猛、馬永貞、李過、李定國。以及霍勝、崔鋒、凌戰、寧遠、高一功、李辰、韓剛、惠登相、金聲桓、郝搖旗、秦翼明、蘇謹、李九、趙堅、螯拜、胡守亮、郭雲龍、秦祚明、秦佐明、閻應元、艾能奇、梁濤、劉體純、馬六兩、鄭四海、狄中行、劉忠秦、顧容等大批將領，也紛紛趕回南京參加大典。
一時間將星閃耀，齊聚南京。
他們每個人身上，都有為百姓所津津樂道的英雄事迹。
其中閻應元與馬六兩的事迹，更是被編成戲曲爭相傳唱，天下皆知。
南京城裡，所有商家自發地把店鋪裝扮一新，各種時鮮花卉點綴在店鋪的花架上，青香瀰漫。
青石板路面上，洒掃得纖塵不染，百姓象過年一樣，紛紛換上嶄新的衣裳；
秦淮河兩岸，香風陣陣，笙歌晝夜不息，寶馬香車華蓋如雲。
各個寺廟也來湊熱鬧，紛紛開辦各種廟會，引來人山人海。
城裡城外的空地上，百戲開鑼，精彩紛呈，歡呼聲滿城回蕩。
漠南蒙古四十多部頭領，或是親自前來，或是派子侄作為代表，帶著大禮趕來慶賀。
葡萄牙駐澳門總督瓦希基，朝鮮世子李浚也親自趕到南京。這景象頗有當年秦王掃六合，諸侯盡西來的味道。
其中李浚為了討好秦牧，可謂是煞費苦心，除準備一批珍奇異寶外，回國之後，還從朝鮮千挑萬選，選出了一名女子，然後由國王李倧封為公主。
這位女子是朝鮮開城郡公李隱之女，芳齡十六，不但長得貌美如花，而且知書達禮，更重要的是會說漢語，有利於溝通。
除了這位文惠公主外，李浚又另先36名美貌女子作為公主的陪嫁，一同前來。
所以賀使之中，就數朝鮮使團規模最大，加上護送的兵丁，人數多達四百。
在南京群臣緊張有序的籌備下，在萬眾期盼之中，欽天監選定的登基吉日終於到來。
這天一大早，霞光萬道，紫氣東來，太常寺數百樂工一齊奏樂，洪鐘大呂，跌宕起伏，響遏行雲。
天街兩側，衣甲鮮明的禁衛力士，手中或持旌旗，右持刀槍，林立道路兩旁，遠遠望去，嚴整而威武。
南京的百姓，早早就擠到道路兩旁，有的為了搶個好的位置，甚至天沒亮都來霸位。男女老少衣著光鮮，翹首以待。
在文武大臣擁戴之下，秦牧乘車出宮門，率文武大臣出天街，前往南郊的圜丘壇隆重告祭上天。
滿城百姓一見他的車駕起來，頓時歡呼陣陣。
「秦王去祭天了！」
「快看啊，那……那就是秦王，好俊啊！」
「什麼俊啊？秦王那叫龍璋鳳姿，不知道別胡說。」
「龍璋鳳姿不就是俊嘛！」
「唉呀，差點忘了，趕緊去城南……」
別處的百姓沒見過開國皇帝登基大典，或許都認為是在金鑾舉行的。
南京的百姓見多識廣，老一輩代代相傳下來，都知道這是謬誤，實際上開國皇帝的登基大典，主要的部分是在南郊的圜丘壇前舉行的。
後世的君主，他們的皇權是繼承自前一代皇帝，只要有前代皇帝的繼位詔書為依據就行了。
而第一代君主可沒有誰頒旨給他，所以只能請上天「授命」，以此作為自己統治天下的合法性。
所以，便不能在皇宮裡成禮，而是要到南郊的圜丘壇來，在這裡祭告上天，接受上天賦予的皇權。
秦牧車駕來到南郊圜丘壇時，外圍早已是人山人海，里三層又外三層，教坊司的樂工使勁地奏樂，樂曲氣勢磅礴，震人心魄。
在樂曲聲中，秦牧在祭壇前獻上三牲，焚香祭拜上天，儀式隆而重之。
圜丘告祭禮成之後，禮官遣校尉設金椅於郊壇前之東，南向，設冕服案於金椅前。
接著是司馬安這個首輔，率領所文武大臣、望座位跑奏曰：「告祭禮成，請即皇帝位」。
這個時候，不能別人一請，你就跑去坐那張金椅，你必須「猶抱琵琶半掩面」，或者象大姑娘上花轎一般，咳咳，總之要含蓄，要謙虛，要勉為其難，要……
這時呢，是文武大臣表演的時間，只見司馬安等人擁上來，將半推半就的秦牧扶擁至金椅坐下，雖然不至於象「綁架」那樣激烈，但整個過程必須體現出是文武大臣們「擁立」的。
秦牧坐定之後，百官先排班，執事官舉冕服案、寶案至前。司馬安諸大臣奉袞冕跪進，置於案上。
接著由司馬安、李源、路振飛、楊廷麟、蒙軻、劉猛、馬永貞這些最重要的文武大臣取袞冕加於聖躬。
這個過程也不能由秦牧自己動手，剛才你不願坐金椅，這個時候卻主動去穿戴袞冕，豈不是前後不一，所以啊，必須把謙遜進行到底……
司馬安等人幫秦牧穿戴好袞冕，然後退入班，通贊高唱：「排班」。
排班齊後，眾大臣鞠躬，奏樂。
然後眾大臣三拜，平身，樂止。
然後再三拜，平身，樂止。
通贊引司馬安至皇帝寶座前，通贊唱：「跪，搢笏」。
司馬安搢笏，「笏」就是官員上朝用的笏板，古代官員的官服沒有口袋，於是將笏直接插在腰帶上，叫「搢笏」。
承傳唱眾官皆跪。捧寶官開盒取玉寶（即傳國玉璽）授予司馬安，司馬安捧寶上言：「皇帝登大位，臣等謹上御寶」。
秦牧頷首示意，然後尚寶卿受寶，收入盒內。
通贊官唱：「就位，拜，平身。」百官按通贊指引拜、平身。
通贊官再唱：「複位」，引禮官引宰輔自西復歸原位。
通贊官接著再唱：「鞠躬、拜興、拜興、平身、搢笏、鞠躬、三舞蹈、跪左膝、三叩頭、山呼萬歲、再三呼、跪右膝、出笏」
百官按通贊官所唱步驟做，山呼的意思就是讓你有多大聲就叫多大聲，於是文武大臣練嗓子的時候到了，每一次叩拜，皆齊聲山呼：「吾皇萬歲，萬歲，萬萬歲！」
外圍觀禮的千千萬萬百姓，此時也全部拜倒，如同浩瀚的海洋，一起跟著山呼萬歲，一時間，聲震九霄，地動山搖，秦淮河的清波震起了細浪，鐘山為之久低昂。
山呼之後，新皇解嚴，通贊唱：「卷班」。百官退下，禮畢。
按照舊禮，這個時候應具鹵薄導從，皇帝率領大臣前往太廟，奉上冊寶，追尊四代考、妣，告禮節性社稷。
但大秦比較特殊，太廟並不設在南京，所以早有禮部官員以及兩百禁衛等候，帶上冊寶，日夜兼程趕往西京。
秦牧此時具袞冕回皇宮，御紫宸殿，百官上表稱賀。
然後文武百官各就位，太常寺奏大樂，樂曲氣勢恢宏，跌宕起伏，低沉的鼓聲，磅礴的大鐘，讓人蕩氣迴腸的音符，回蕩在金碧輝煌的宮闕間。
琉璃瓦覆蓋下的莊嚴大殿，大氣而不失瑰麗的大秦服飾，金黃色的巨大華蓋，漢白玉雕刻的台階，威武雄壯的金瓜武士；
目光所及，耳邊所聞，無不彰顯了這個國度莊嚴瑰麗、如同史詩一般輝煌的底蘊。
在大氣磅礴的禮樂聲中，一身黑色袞服、頭上戴著十二旒冕冠的秦牧，在萬眾注目之中，一步步沉穩地踏上玉階，升御座。
鼓吹至樂止。
將軍捲簾，尚寶卿捧御寶置於案上，拱衛司鳴鞭，引班引文武百官入丹墀拜位中，向北立。
然後奏樂，百官在通贊官的指引下，文武百官面向御座，行三跪九拜，齊聲山呼：
「吾皇萬歲，萬歲，萬萬歲！」
「吾皇萬歲，萬歲，萬萬歲！」
「吾皇萬歲，萬歲，萬萬歲！」
樂聲和響，萬歲的山呼震動了整個輝煌的宮殿群，秦牧高坐於御座之上，平視而去，萬眾臣伏，殿外祥雲繞脊，陽光普照，這一瞬間，大有舉頭紅日白雲低，五湖四海皆一望的感覺。
他徐徐地說道：「眾卿平身！」
從此，君臣名份定了下來。在這過程中，外國使節只能在金鑾殿外參拜，他們是沒有資格入殿的。
朝賀完畢，秦牧遣官冊立皇后，並向天下頒布即位詔書。
詔書由嗓子洪亮的太監奉至午門之上，午門外的寬闊的御街上，此時已經聚集了數以成千上萬的士民，等著聽皇帝即位詔；
太監打開黃卷，面向午門外大聲念道：
「皇帝臣牧，敢用玄牡，昭告於皇皇后帝：
天生民，而後之在德者為君也，奉天即安養其斯民。昔者明政陵夷，行氣數終，祿昨運盡，率土分崩，民亂四起，遂奪神器，建州虜酋，竊名亂制，民失安養，士骨露