抵達巴西不久，華萊士和好友貝茲隨即在帕臘郊區找了間房子，開始勤學葡萄牙語，並嘗試到森林中做幾次的短程探險來熱身。
日後，華萊士曾經如此回憶當年自己第一次有那種「發燒般的期望心情」，他這麼說：「當我第一次走入森林，便四目觀望，希望看到如動物園裏一樣多的猴子，以及遍地的蜂鳥和鸚鵡。」但好幾個晨昏過去了，不要說猴子，就連鳥也沒見到幾隻。於是他：「開始懷疑南美森林中這些生物，可能遠比那些旅行家們所描述的要少。」我想，任何腦袋裝滿繽紛的自然攝影印象的人，一旦走進雨林，大概也同樣會大失所望——其實，這是把「多樣性」和「數量多」搞混所導致的錯覺。
華萊士很快地領悟到，要在熱帶蒐集鳥類和昆蟲，並沒有想像的那麼容易。
的確，那兒的生物多樣性十足，但每一種類的個體數並不算相當多。因此，要親眼看到那些珍禽異獸並不簡單。初踏入林中的華萊士很驚訝，整個森林看起來竟是那麼空曠：鳥類稀稀落落的又貌不驚人，昆蟲的數目也不如預期的多，看不到獨角仙，只好先捉幾隻蝴蝶、螳螂和會抓鳥的大蜘蛛來湊合。相較於他們苦苦找尋、蒐集節肢動物的辛苦，蚊子和扁蝨要發現他們顯然就輕易多了。
雖然如此，一個月過後，華萊士還是逐漸學會在這兒該如何仔細觀察的竅門，也增加了不少常識。至於其他的疑難險阻，嘿！好戲還在後頭哩！
將蒐藏品運回英偷
在帕臘近郊蒐集了兩個月之後，華萊士和貝茲總算把第一批成果運回英國給史迪芬。「貨」平安地送抵倫敦後，史迪芬便開始積極進行他的銷售任務，他是個很可靠的商人，和華萊士間維持了多年的商業往來。
這次運回的第一批貨大部份是昆蟲，包括四百五十種甲蟲，和數量相當的各種蝴蝶。十月，華萊士和貝茲在帕臘上游不遠處，走一趟匯入亞馬遜河的托肯廷河（Rio Tocantins）。回來後，他們又裝妥另一批貨。同樣是以昆蟲為大宗，但多了些鳥類的皮毛和動物的骨骸。隨著這批貨附上一封信，信中華萊士描述了此行的概況：
我們為此行特地雇了兩名水手、四名印地安船員和一名黑人負責炊事，乘著一艘沉重的鐵皮船出發。據說其他旅人在此地曾遇到船員擅離職守的困擾，我們也不例外。溯流而上時就是因此而延誤了六、七天，一共花了三週才到瓜里巴（Guaribas），回程則歷時兩週之久。
我們到達阿若亞（Arroya）上游約二十英哩的地方，從那兒開始，在乾旱季節大型獨木舟無法通行，另外有急流、瀑布和漩渦，多少對這條大河的溯源之行有些妨礙。因此，我們被迫換乘一艘小船，這條船並無遮蔽處，我們在炎炎烈日下硬是曬了兩天，不過也得以飽覽美麗景緻，算是一點補償。
當時只見一英哩寬的河道中，星羅棋布著無數大小不一、或岩質、或沙質的島洲，島上植物蓊鬱；河岸很高而起伏有致，上面披覆著濃密如畫般的美麗森林；河水清澈如碧……那種興奮之情立即趕跑了心中的恐懼——面對赤道的驕陽（即使在樹蔭溫度都高達華氏九十五度），這樣清爽的興奮劑實在不能少。
亞馬遜探險開始的頭幾個月，華萊士可以從美麗的景色奇觀和刺激的急流奔騰，來彌補肉體上的辛勞。他補充說：「我們的蒐集工作，主要是沿著河進行的。」
話說此時，遠在英倫的史迪芬，正盡全力為這些蒐集品創造利潤。他甚至還把華萊士的信投到《自然史年報與雜誌》，而該期刊也欣然刊出摘錄。這篇摘錄應該是華萊士頭一次在《年報》中露臉。而後來就是在這本刊物刊載了他的沙撈越之文，才讓萊爾和達爾文注意到這麼一號人物。就在同一本期刊上，史迪芬也利登了一份廣告：「自然史蒐藏物經銷商」，供應由紐西蘭、印度和好望角等地的標本，其中最突出的是由貝茲和華萊士兩位先生蒐集的「兩批來自帕臘區漂亮無比的昆蟲標本，已整理妥當、狀況優良。」
好友分道揚鑣
華萊士跟貝茲決定分道揚鑣（友好地），以便於在亞馬遜的不同區域蒐集不同種類的標本。華萊士獨自離開帕臘溯河而上，展開隨後四年的艱辛探險。你能想像嗎？這段漫長的歷險歲月，他大部份的時間都是乘獨木舟穿梭於各支流。
首先，他沿主河幹來到上游的聖塔倫（Santarem）。聖塔倫深入內陸約五百英哩，大支流塔帕荷河（Rio Tapajos）自南方而來，於此匯入亞馬遜河。一八四九年九月十二日，他寫了封信給史迪芬：「迄今為止，我一直溯河而上，現在抽空捎個信給你。雖然這趟路途不算遠，卻花了我一個月時間才到達。」那時他正等待著再出發，「但僱人是個大麻煩，即使只要工作幾天也不容易。」
儘管聖塔倫一帶地貌非常乾燥且遍地都是矮樹叢，還是讓他找到幾處蒼翠繁茂的森林。華萊士寫著：「在這兒，以鱗翅目的昆蟲居多；比較新奇的，是這裡有一些Erycinidae科的可愛昆蟲，以及一些較平常的種類（如Heliconia Melpomene和Agraulis Dido），數量挺多的。這些在帕臘都不曾見過。至於鞘翅目的昆蟲，跟以往一樣，還是沒有。」雖然找不到甲蟲，但各式各樣的蝴蝶讓他保持了愉快的心情。他猜想，也許在更上游，海拔一千英呎以上的高地，也會有很多甲蟲。
這個人甚至企圖繼續推進到玻利維亞境內，可能的話—還打算進軍波哥大（Bogota）或基多（Quito）。他請史迪芬給他意見：那些地方是否仍未開發？是否有人曾經蒐集、運送那裏的珍禽異獸去做交易？在華萊士年輕生涯中所有的科學性遊歷裏，蒐集工作一向都是以市場為導向。因為若不這麼做，他無以維生。他曾寫道：「無論何時，只要可以，請寫信給我。告訴我你可以得到的任何資訊，諸如什麼東西有市場需求，牠們屬哪一目，哪一科，以及產自何地？」
達爾文，是一個從未因生計而必須孜孜工作的富家子；但華萊士可就不同了，他隨時得為了五斗米而辛勤奔波。但也透過這種方式，強迫他去蒐集，因而聚集了眾多最華麗、且大多有市場價值的獨特標本。日後將證明這種生計上的需求，實際上是上帝的恩慈。
華萊士很喜歡聖塔倫這個地方。他回憶說：「這一段塔帕荷河水質清澈，又有沙質河岸，在那邊洗個澡真是人生一大享受。每到日正當中汗流浹背時，到河中泡個澡，那種舒適是你無法想像的。」
聖塔倫市場有柳橙和鳳梨，那些柳橙不僅甜又非常便宜。從萊斯特跋涉千山萬水來到這個新世界，華萊士正逐漸調適中。他跟史迪芬講：「這個地方我看得愈多，愈想多見識見識。」光是蝴蝶的多樣性，就好似無窮無盡。然而，雖然夢想成真讓他覺得滿足，心中卻也有幾分憂懼與寂寞。正如他所寫的，我的朋友們，勿忘我啊！
自聖塔倫沿亞馬遜河上行五百英哩，華萊士到達瑪瑙斯（Manaus）這個交易集散地，這是一處有著泥土街道和紅頂小屋的聚落，位於涅格羅河（Rio Negro）的匯入口。他沿河上溯，進入委內瑞拉境內，穿越沼澤環繞的分水嶺，造訪一個早五十年前洪堡就曾探險過的地方。華萊士曾兩度上溯涅格羅河中一條烏奧皮斯河（Rio Uaupes）的支流，因受阻於連串的瀑布和急流而改採陸路，到達一處還不曾有歐洲人張網捕蝶的地方。
華萊士學著以木薯粉為主食，佐以魚和咖啡。有時更只有木薯和鹽巴充飢。另外，他還攜帶一種以甘蔗蒸餾私釀，名叫卡加薩（cachaca）的白蘭地酒供作標本防腐之用。熟料，由鄰近村落雇來的土著，認為把卡加薩拿來醃製毒蛇簡直是暴殄天物，有幾次竟喝光華萊士所有的珍藏。喝完了卡加薩，這些傢伙還有一種以木薯醱酵而成的卡西瑞（caxiri）啤酒可解饞。不過華萊士可無法接受，他沒聽過有人用啤酒來保存標本的。
華萊士不斷地自我調適，讓自己能在帆布吊床上安睡，也訓練自己成為吃烏龜肉的老饕。當他在村子的慶典中共享著卡加薩時，仍不失維多莉亞時代那種隨時注意健康的節制。有一次，他誇讚一位正在河中沐浴的印地安少女體態婀娜——這是他曾經說過的唯一浪漫豔遇。
寂寞與病痛反覆折磨
除了歷險中少有的豔遇外，更多時候是痛徹骨髓的疾病纏身。穿皮潛蚤（chigoe fleas）在他的雙腳鑽洞築巢，雙腳因而潰爛以致不良於行；又有一次染上痢疾，讓他自以為吾命休矣；瘧疾也使華萊士不支倒下，第一次染上時，他停止食用木薯粥，藉飢餓療法而痊癒，第二次染上時，就改以奎寧來治療。
後來有一個弟弟賀伯（Herbert）遠從英國來，想跟他學著過一名生物蒐集者的生活。但賀伯缺乏華萊士那股對熱帶環境的愛好，身體也弱了點，因此只得半途而廢。當他們順流到達帕臘後，這位厭惡雨林生活的弟弟，便匆匆搭上下一班船逃回英國。沒想到，人還沒到英國，就因黃熱病去世了。
這件事發生時